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标题: 关于GV中分子的对称性问题 [打印本页]
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 14:04
标题: 关于GV中分子的对称性问题
本帖最后由 好多于 于 2022-5-7 21:14 编辑

我拿了卢老师优化出来的24环碳的坐标，自己换了泛函，又进行了进一步的优化。卢老师在SI里说这个分子是D12h，可我只能优化出D6d，这是什么原因啊。

结构已附上


作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 14:48
GV经常搞错对称性，据说是判断标准太严。建议用shermo检查一遍。
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 14:53
chands 发表于 2022-5-7 14:48
GV经常搞错对称性，据说是判断标准太严。建议用shermo检查一遍。

去哪里下载呢，没用过之前
作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 14:57
好多于 发表于 2022-5-7 14:53
去哪里下载呢，没用过之前

http://sobereva.com/soft/shermo/
用你优化的out或log文件拖进Shermo就行。
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 15:02
chands 发表于 2022-5-7 14:57
http://sobereva.com/soft/shermo/
用你优化的out或log文件拖进Shermo就行。

好的，多谢！
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-5-7 15:03
好多于 发表于 2022-5-7 07:53
去哪里下载呢，没用过之前

也可以把GV里的判断对称性的阈值设松，Edit菜单->Point Group
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 15:13
wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:03
也可以把GV里的判断对称性的阈值设松，Edit菜单->Point Group

谢谢老师回复，设置松了还是不行，最高到D8h。另外，Dinfh是什么意思？
作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 15:17
本帖最后由 chands 于 2022-5-7 15:21 编辑
wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:03
也可以把GV里的判断对称性的阈值设松，Edit菜单->Point Group

怎么操作，直接勾enable point group symmetry再优化吗，优化好的文件改不了了（比如熵就不能重算）。有一次Gaussian居然把我的H2O判成Cs。从此多了个心眼。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-5-7 15:52
chands 发表于 2022-5-7 08:17
怎么操作，直接勾enable point group symmetry再优化吗，优化好的文件改不了了（比如熵就不能重算）。有 ...

把tolerance提高，直到识别出正确的点群为止，然后点symmetrize，这样会把分子进行对称化，变成严格符合这个点群。然后另存为成gjf，重算。
如果只是要重算转动熵的话，可能最快的方法还是手算。
作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 15:56
wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:52
把tolerance提高，直到识别出正确的点群为止，然后点symmetrize，这样会把分子进行对称化，变成严格符合 ...

谢谢
作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 16:05
我拿你的结构做了个振动分析，能给出D12h
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 16:31
chands 发表于 2022-5-7 16:05
我拿你的结构做了个振动分析，能给出D12h

优化的输出文件不是D12h，用这个算频率能算出D12h么，这合理嘛
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 16:37
chands 发表于 2022-5-7 16:05
我拿你的结构做了个振动分析，能给出D12h

我知道了，我的opt.log文件在GV中Tools > Point Group里看是D6d，但是在Results > Summary里是D12h，为啥这俩不一样呢
作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 16:38
本帖最后由 chands 于 2022-5-7 16:39 编辑
好多于 发表于 2022-5-7 16:31
优化的输出文件不是D12h，用这个算频率能算出D12h么，这合理嘛

你的gif是初始没优化的？那就不合理。你传一个优化的log看看，现在我这里在GV报D12h, Shermo报C1，看来要找社长。
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 16:42
chands 发表于 2022-5-7 16:38
你的gif是初始没优化的？那就不合理。你传一个优化的log看看，现在我这里在GV报D12h, Shermo报C1，看来要 ...

我上传的gif，是优化后保存出来的
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 16:43
chands 发表于 2022-5-7 16:38
你的gif是初始没优化的？那就不合理。你传一个优化的log看看，现在我这里在GV报D12h, Shermo报C1，看来要 ...

另外，因为要扫描，关键词我加了nosymm，
作者
Author: snljty    时间: 2022-5-7 16:50
你先在输出文件里搜Full point group，看Gaussian计算时候判断的是什么点群。
作者
Author: chands    时间: 2022-5-7 19:09
本帖最后由 chands 于 2022-5-7 19:32 编辑

社长过来瞄一下，@sobereva 我做[24]碳环的振动分析，结构是优化好的，Gaussian报D12h, Shermo报C1，我没设PGlabel，是Shermo自己判断的。
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-7 19:58
snljty 发表于 2022-5-7 16:50
你先在输出文件里搜Full point group，看Gaussian计算时候判断的是什么点群。

第一步是D12H，最后一步是D4H
作者
Author: granvia    时间: 2022-5-7 23:58
本帖最后由 granvia 于 2022-5-8 00:00 编辑

Gview的bug，对称性最高只能识别到8重轴好像。应该看out文件里的输出点群
作者
Author: sobereva    时间: 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸碳环的研究我都是这么做的。用Shermo的时候也应当手动指定点群。
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2022-5-8 09:55
我有次算个符合D3h点群的分子，要么使用直角坐标，关键词里加“symmetry=loose”，要么就得手动写z-matrix，而且写z-matrix的时候要用B1、D1这类东西，然后输入文件的末尾写上“B1=”（后面是距离）、“D1=”（后面是角度）。
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-8 14:36
granvia 发表于 2022-5-7 23:58
Gview的bug，对称性最高只能识别到8重轴好像。应该看out文件里的输出点群

感谢回答
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-8 14:36
Daniel_Arndt 发表于 2022-5-8 09:55
我有次算个符合D3h点群的分子，要么使用直角坐标，关键词里加“symmetry=loose”，要么就得手动写z-matrix ...

好的我试试
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-8 14:37
sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

好的老师，有没有关于shermo设置对称性的帖子呀，因为我目前还没用过shermo
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-8 14:41
sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

主要是看log文件的时候，初始结构可以准确识别为D12H，后边一优化就成了D4H了
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-8 14:42
sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

是不是因为换了泛函呀
作者
Author: chands    时间: 2022-5-8 23:01
好多于 发表于 2022-5-8 14:42
是不是因为换了泛函呀

跟泛函没关系，对称性只用坐标就可以判断。
作者
Author: 好多于    时间: 2022-5-9 11:17
chands 发表于 2022-5-8 23:01
跟泛函没关系，对称性只用坐标就可以判断。

好的蟹蟹。我用symmetry=loose得到了想要的对称性，但是在shermo里，对称性又降低了
作者
Author: sobereva    时间: 2022-5-9 21:18
好多于 发表于 2022-5-8 14:41
主要是看log文件的时候，初始结构可以准确识别为D12H，后边一优化就成了D4H了

纠结这个没意义
对于如此高阶旋转群，根本没必要优化过程中强求Gaussian始终判断出来真实的点群。而且是否判断出来对于优化结果并没什么影响
作者
Author: sobereva    时间: 2022-5-9 21:18
好多于 发表于 2022-5-8 14:37
好的老师，有没有关于shermo设置对称性的帖子呀，因为我目前还没用过shermo

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

Shermo手册里搜PGlabel
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Author: 好多于    时间: 2022-5-10 11:14
sobereva 发表于 2022-5-9 21:18
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.kein ...

好的，谢谢老师回复



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