计算化学公社

标题: 求助计算分子的亲脂性logP的值是实验数据的10倍 [打印本页]

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-12 10:07
标题: 求助计算分子的亲脂性logP的值是实验数据的10倍
大家好！想计算一下实验分子的亲脂性logp，采用了https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11320130 这篇文章的计算方法，如下图所示。但是计算出来的值是实验数据的10倍，请问这合理吗？用这种计算方法可靠吗？

管理员注：本帖作者严重不当引用北京科音基础量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）的ppt，已删除处理。ppt见12L

作者
Author: chands 时间: 2022-5-12 10:24
是logP差了10倍，还是P差了10倍？

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-12 10:26

chands 发表于 2022-5-12 10:24
是logP差了10倍，还是P差了10倍？

您好，算出来logP比实验值大十倍

作者
Author: chands 时间: 2022-5-12 10:30

weixue 发表于 2022-5-12 10:26
您好，算出来logP比实验值大十倍

你做优化时是各自带着溶剂模型吗，还有这个分子在溶液中不要有太复杂得过程，比如解离。

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-12 10:32

chands 发表于 2022-5-12 10:30
你做优化时是各自带着溶剂模型吗，还有这个分子在溶液中不要有太复杂得过程，比如解离。

是的，我的分子是带正电荷的金属离子，直接用的m052x/lanl2dz/6-31g(d) 加上smd溶剂模型计算的

作者
Author: chands 时间: 2022-5-12 10:45

weixue 发表于 2022-5-12 10:32
是的，我的分子是带正电荷的金属离子，直接用的m052x/lanl2dz/6-31g(d) 加上smd溶剂模型计算的

你干脆把你的体系贴出来，说一下过程步骤，优化用的级别，算溶解自由能用的级别，让大家看看。

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-12 11:07
标题: 采用公式计算分子的亲脂性logP ，计算值比实验值大10倍

大家好！想计算一下实验分子的亲脂性logp，采用了https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11320130 这篇文章的计算方法，如下图所示。我的分子是带两个正电荷的金属配合物，但是计算出来的值是实验数据的10倍，实验值是0.5，我计算的是5.4，请问这合理吗？用这种计算方法可靠吗？具体的输入文件如下图和附件所示。

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-12 11:08

chands 发表于 2022-5-12 10:45
你干脆把你的体系贴出来，说一下过程步骤，优化用的级别，算溶解自由能用的级别，让大家看看。

您好！我又发了一个新的帖子，谢谢您的帮助

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-12 11:26
这是计算的在两种溶剂中的结果文件

作者
Author: chands 时间: 2022-5-12 14:12

weixue 发表于 2022-5-12 11:26
这是计算的在两种溶剂中的结果文件

你的文件一个是G16 A.03(Linux)，一个是G16 C.01(Linux), 我的GV是6.0.16Win，不知道为什么两个文件都打不开，奇怪的是我能打开我的G16 B.01(linux)，所以更详细的东西我看不到。这是过渡金属体系，你用这个级别优化结构未必最优，可以试用其他泛函加溶剂模型优化结构，再用M05-2X算溶解自由能。
（1）我不知道你的logP在哪个量级，咋眼一看这个分子在水和辛醇中的溶剂度都不会太小，相差10倍具体是多少，溶剂模型是有一定误差的，这个公式两个溶解自由能相减，不知误差是抵消了还是叠加更大了。
（2）第二个公式实际上假设分子在水中和辛醇中的结构是相同的（或者在水中的结构和在辛醇中的结构有相同的单点能），这个分子有一定柔性，在水中和辛醇中的结构是未必相同的，搞不好还要做构象平均啥的。
我暂时想到这两点，看看其他人还有什么想法。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-12 14:53
因为实验上这个阳离子在辛醇/水之间分配的时候，必然带着阴离子一起，不可能只有阳离子从一相跑到另一相而阴离子不动。所以实验测得的不是这个阳离子自己的logP，而是阳离子加上抗衡阴离子这个总体系的logP。所以计算必须考虑抗衡阴离子，其中如果已知抗衡阴离子基本是完全电离开的，那么应该单独算抗衡阴离子再把自由能加进来；如果已知抗衡阴离子基本是完全没有电离开的，那么应该把抗衡阴离子放在阳离子附近一块优化、一块算（这个要做得严格的话还涉及到构型搜索的问题）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-12 20:39
完全相同的问题，发两个主题帖子干嘛？这次扣50 eV予以警告处理。这次我把帖子合并了，下次再发现积分扣光

引用我的培训班ppt的时候不得把顶端的版权信息截掉

(, 下载次数 Times of downloads: 58)

已经把你帖子里的图片删除处理，下次再发现此行为将删帖处理

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-12 20:43

weixue 发表于 2022-5-12 11:08
您好！我又发了一个新的帖子，谢谢您的帮助

这种情况不得重新发帖！
别人提示后，有要补充的内容直接在回帖里发，如果没别人回复过直接编辑原帖！仔细看置顶的新社员必读贴
相同问题发两个帖子会严重扰乱论坛秩序！

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“采用公式计算分子的亲脂性logP”改了，以后务必注意，下次再违规扣分处理

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-14 09:00

wzkchem5 发表于 2022-5-12 14:53
因为实验上这个阳离子在辛醇/水之间分配的时候，必然带着阴离子一起，不可能只有阳离子从一相跑到另一相而 ...

您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-14 09:00

chands 发表于 2022-5-12 14:12
你的文件一个是G16 A.03(Linux)，一个是G16 C.01(Linux), 我的GV是6.0.16Win，不知道为什么两个文件都打 ...

您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

作者
Author: chands 时间: 2022-5-14 09:26

weixue 发表于 2022-5-14 09:00
您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

我不知。有一堆文章给出logP的经验公式，基本思想是用分子基团、极化率等参数做拟合，中性分子居多，对盐类的拟合好不好我不知道。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-14 14:40

weixue 发表于 2022-5-14 02:00
您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

没有必要不用公式啊，这公式才一次减法一次除法，又不麻烦，干嘛不用？
即使有软件可以不用这个公式来给你计算，那也是因为这个软件内部自动调用了这个公式，而不是因为这个软件可以不用这个公式。又因为这个公式也就是多按两次计算器的事，远比你学一种新的软件要容易，所以没必要只为了不用这个公式而去学其他软件。

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-14 18:29

wzkchem5 发表于 2022-5-14 14:40
没有必要不用公式啊，这公式才一次减法一次除法，又不麻烦，干嘛不用？
即使有软件可以不用这个公式来给 ...

我想用这个公式，但是我的分子没有晶体结构，导致我抗衡离子的位置不知道如何加，如果不加，则算出来比实验值大10倍

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-14 18:48

weixue 发表于 2022-5-14 11:29
我想用这个公式，但是我的分子没有晶体结构，导致我抗衡离子的位置不知道如何加，如果不加，则算出来比实 ...

可以用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验上已知抗衡离子是完全电离的话，也可以单独算抗衡离子，把自由能加到阳离子的自由能上面

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-14 18:53

wzkchem5 发表于 2022-5-14 18:48
可以用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验 ...

您好，如果单独算的话，是直接优化抗衡离子吗？因为我的涉及到两个抗衡离子，两个的位置应该如何摆放。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-14 19:44

weixue 发表于 2022-5-14 11:53
您好，如果单独算的话，是直接优化抗衡离子吗？因为我的涉及到两个抗衡离子，两个的位置应该如何摆放。

对，直接优化单个的抗衡离子，然后把算出来的自由能乘以2，加到阳离子的自由能上去

作者
Author: weixue 时间: 2022-5-14 20:08

wzkchem5 发表于 2022-5-14 19:44
对，直接优化单个的抗衡离子，然后把算出来的自由能乘以2，加到阳离子的自由能上去

非常感谢您的回复，请问有具体参考文献吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-14 20:52

weixue 发表于 2022-5-14 13:08
非常感谢您的回复，请问有具体参考文献吗

”如果离子完全电离的话，总体系的自由能等于各个离子的自由能之和“这是不言自明的，不需要用参考文献证明。至于你的体系是否真的是完全电离的，那可能需要用参考文献证明，但那个是你应该去查的，我不了解你的体系，也不可能找到相关的参考文献。

作者
Author: MolAICal 时间: 2022-5-17 20:17

weixue 发表于 2022-5-14 09:00
您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

http://bbs.keinsci.com/thread-29619-1-1.html

你试试MolAICal这个教程，或者使用官方教程的2.5和5.1部分算一下LogP: https://molaical.github.io/tutorial.html

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