计算化学公社

标题: xtb 6.5.0 发布了（2024更新6.7.0） [打印本页]
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-6-1 15:54
标题: xtb 6.5.0 发布了（2024更新6.7.0）
本帖最后由 paramecium86 于 2024-3-6 22:40 编辑

03/06/2024 官网更新6.7.0版
链接：https://pan.baidu.com/s/1A2KnPw7SM26tgoufoOWn2A?pwd=lytu
提取码：lytu
win版重新打包已经放入crest  
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08/01/2023 官网更新了6.6.1版，win版经测试没有问题可以使用。
链接：https://pan.baidu.com/s/1A9lubANnLVqEnx5Cp0H4dg?pwd=u4qj
提取码：u4qj

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07/26/2023 更新
官网重新更新了 6.6.0 win版的xtb程序。我试了几个任务都没啥问题。
压缩包里我把crest直接放进去了。直接设置好环境变量就可以用了。

链接：https://pan.baidu.com/s/1gJrTxwvr15N6GQzc-7kKcw?pwd=v5bm
提取码：v5bm


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03/16/2022更新
官网已经删除预编译的6.6.0 win版xtb程序。有bug无法使用。
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02/11/2023 更新
xtb 6.6.0 官网上已经更新。更新网盘链接

链接：https://pan.baidu.com/s/18E8SDDUrBQdSZKOeBLvdIA?pwd=zn3h
提取码：zn3h
--来自百度网盘超级会员V9的分享


New features

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07/17/2022 更新
xtb 6.5.1官网上已经更新。
应坛友回帖要求。上传论坛大佬以前编译的的crest（非最新版）
我是直接放在xtb/bin 下 之后直接在环境变量里加上crest.exe的路径就可以任意路径调用了。

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无意中发现
xtb 6.5.0发布了。
有官方的win版了。

https://github.com/grimme-lab/xtb/releases/tag/v6.5.0

release notes：
New features
初步测了测官方的win版。看起来是比6.4的win版快些。

***********************win版安装**********************************
环境变量设置（win10）：
右键点击左下角 “开始”--->“System”------>右边栏“Advance system settings”----------- > "Enviroment variables"

新添加两个变量
XTBPATH    值设置成 xtb文件夹中的 share\xtb
OMP_NUM_THREADS  MKL_NUM_THREADS   这俩值分别是运行xtb时并行核心数，和调用数学库并行时候的核心数。

另外需要在Path中添加 xtb文件夹内bin文件夹的路径。

设置如图所示










作者
Author: 无敌菠萝派    时间: 2022-6-1 16:01
等各位大佬出个官方win版的教程
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-6-1 16:08
无敌菠萝派 发表于 2022-6-1 16:01
等各位大佬出个官方win版的教程

好像也不需要什么特别的安装教程。。就是把xtb/bin里的xtb.exe 的路径加进环境变量里就行了。就能命令行里直接调用了。
作者
Author: WaterMirror    时间: 2022-6-1 16:11
Para老师好快呀！
作者
Author: 无敌菠萝派    时间: 2022-6-1 16:32
paramecium86 发表于 2022-6-1 16:08
好像也不需要什么特别的安装教程。。就是把xtb/bin里的xtb.exe 的路径加进环境变量里就行了。就能命令行 ...

好的，谢谢指教
作者
Author: snljty2    时间: 2022-6-1 23:07
paramecium86 发表于 2022-6-1 16:08
好像也不需要什么特别的安装教程。。就是把xtb/bin里的xtb.exe 的路径加进环境变量里就行了。就能命令行 ...

应该还要设置XTBPATH指向XTBROOT\share\xtb，不然GFN-0找不到参数（至少旧版本是这样）。另外并行相关的OMP_NUM_THREADS和MKL_NUM_THREADS也要设置
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-6-2 00:03
snljty2 发表于 2022-6-1 23:07
应该还要设置XTBPATH指向XTBROOT\share\xtb，不然GFN-0找不到参数（至少旧版本是这样）。另外并行相关的O ...

嗯嗯 是的。谢谢提醒。我在帖子里补充了如何设置这几个环境变量。
作者
Author: qlyfe    时间: 2022-6-2 00:14
可不可以直接使用lyj714编译的xtb6.4.0中的cmd.bat文件用在官网的6.5.0版本中呢
cmd.bat

@echo off

rem for cp -r and rm -rf command with wildcard * (slower than linux)
rem maybe diffcult for creating C/Fortran interface instead of it
rem although I think the best way is to use SHFileOperation function
set PATH=%PATH%;%~dp0\bin;%~dp0\bin\bash

rem for xtb openmp stack size
set OMP_STACKSIZE=4G
set XTBPATH=%~dp0\share\xtb

rem for openmp threads, you can set it
set OMP_NUM_THREADS=8

rem start a cmd console on Desktop
cd /d %userprofile%\Desktop & start cmd

作者
Author: paramecium86    时间: 2022-6-2 03:01
qlyfe 发表于 2022-6-2 00:14
可不可以直接使用lyj714编译的xtb6.4.0中的cmd.bat文件用在官网的6.5.0版本中呢
cmd.bat

倒是也没啥不行。毕竟就是在当前的cmd窗口设置好临时环境变量。把bat文件里对应位置的变量设置成6.5.0的路径就可以了。
作者
Author: 18392667184    时间: 2022-6-2 22:13
等一手win版教程，para老师
作者
Author: snljty2    时间: 2022-6-2 22:34
18392667184 发表于 2022-6-2 22:13
等一手win版教程，para老师

贴主已经写的很清楚了...你看上面那一大串**********************************
作者
Author: lonemen    时间: 2022-6-2 23:44
多谢多谢，如此详细的安装教程
作者
Author: lanthanum    时间: 2022-6-9 22:54
snljty2 发表于 2022-6-1 23:07
应该还要设置XTBPATH指向XTBROOT\share\xtb，不然GFN-0找不到参数（至少旧版本是这样）。另外并行相关的O ...

请问，大神您做楼主的那个帖子里OMP_NUM_THREADS=8,1这里的1表示什么？
另，期待大神把新版的crest给编译成win版。
作者
Author: Chela    时间: 2022-6-10 11:24
本帖最后由 Chela 于 2022-6-10 16:54 编辑
snljty2 发表于 2022-6-1 23:07
应该还要设置XTBPATH指向XTBROOT\share\xtb，不然GFN-0找不到参数（至少旧版本是这样）。另外并行相关的O ...

各位老师，请问我设置好环境变量之后，运行xtb闪退是什么原因？另外，我看到楼主贴的图片里环境变量设置了crest，我下载的安装里bin文件夹下并没有crest.exe,是我下载的安装包不对吗？
我下载的是[color=var(--color-accent-fg)]xtb-6.5.0-windows-x86_64.zip这个压缩包。
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-6-11 07:06
Chela 发表于 2022-6-10 11:24
各位老师，请问我设置好环境变量之后，运行xtb闪退是什么原因？另外，我看到楼主贴的图片里环境变量设置 ...

没有。我用的还是之前论坛里大神编译的老版本crest。 虽然crest版本是老的但是一样可以调用新版的xtb跑构象搜索，批量优化什么的。
作者
Author: 护卫天使    时间: 2022-6-13 13:05
您好，请问为什么我的windows 10 家庭版中，在环境变量中没有找到变量1？
作者
Author: 护卫天使    时间: 2022-6-13 13:15
护卫天使 发表于 2022-6-13 13:05
您好，请问为什么我的windows 10 家庭版中，在环境变量中没有找到变量1？

抱歉，没看仔细，已解决。
作者
Author: lyh77    时间: 2022-6-19 14:25
各位老师我想问一下，我根据楼主提出的环境变量更改好了之后为什么点击xtb.exe打不开？还是需要别的步骤才能进行构象搜索？
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-6-19 15:03
lyh77 发表于 2022-6-19 14:25
各位老师我想问一下，我根据楼主提出的环境变量更改好了之后为什么点击xtb.exe打不开？还是需要别的步骤才 ...

xTB的win版也是使用命令行运行的。不是双击exe文件。  在命令行的用法跟在linux下基本也是一样的。（简单的用法可以看这个帖子。http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）
作者
Author: lyh7    时间: 2022-6-19 16:00
paramecium86 发表于 2022-6-19 15:03
xTB的win版也是使用命令行运行的。不是双击exe文件。  在命令行的用法跟在linux下基本也是一样的。（简单 ...

谢谢老师 所以我还是需要在linux系统下才能用xtb做动力学模拟才能得到初始的构象是吗？想做环状分子的构象搜索
作者
Author: 乐平    时间: 2022-6-19 20:47
lyh7 发表于 2022-6-19 10:00
谢谢老师 所以我还是需要在linux系统下才能用xtb做动力学模拟才能得到初始的构象是吗？想做环状分子的构 ...

不是在 Linux 系统下运行……
Windows 系统也有命令行，或者称之为“命令提示符”，你在 Windows 10 的底部任务栏内的搜索中输入 cmd，或者按键盘上的 Windows键+r 再输入 cmd 就可以键入命令行。


现在的小朋友真的是连基本的工具都不知道，哎……
作者
Author: 星斗如盘    时间: 2022-6-20 08:42
半经验法的极限在哪里呢？感觉再拟合也就比pm6强一点，但是也有限，距离dft还是差得远
作者
Author: bobosiji    时间: 2022-6-26 20:31
可算周期性体系尤其是周期性材料，比如mof了么？多谢提点~
作者
Author: tjugonghao    时间: 2022-6-29 09:52
请问xtb方法能模拟化学反应吗？谢谢
作者
Author: xinyanli    时间: 2022-7-6 15:09
请问一下为什么我使用cmd运行时界面会显示中文呢？
作者
Author: RAL    时间: 2022-7-6 15:23
xinyanli 发表于 2022-7-6 15:09
请问一下为什么我使用cmd运行时界面会显示中文呢？

那个伪是小写alpha的字符，0.1242是Angstrom的字符，估计是cmd没有正确解析字符的编码
作者
Author: xinyanli    时间: 2022-7-6 15:27
RAL 发表于 2022-7-6 15:23
那个伪是小写alpha的字符，0.1242是Angstrom的字符，估计是cmd没有正确解析字符的编码

那请问有什么解决办法吗？还是说直接不管呢？
作者
Author: RAL    时间: 2022-7-6 15:32
xinyanli 发表于 2022-7-6 15:27
那请问有什么解决办法吗？还是说直接不管呢？

不用管，不影响结果
作者
Author: xinyanli    时间: 2022-7-6 15:41
RAL 发表于 2022-7-6 15:32
不用管，不影响结果

好的，谢谢您。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-7-6 15:47
tjugonghao 发表于 2022-6-29 02:52
请问xtb方法能模拟化学反应吗？谢谢

能，但精度比较差
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2022-7-13 09:15
xinyanli 发表于 2022-7-6 15:27
那请问有什么解决办法吗？还是说直接不管呢？

可能有用的办法是在运行程序之前，往cmd里面输入“chcp 65001”或“chcp 437”。我是看的这里的 https://www.cnblogs.com/lzmrex/articles/12553666.html 。
作者
Author: xinyanli    时间: 2022-7-13 10:18
Daniel_Arndt 发表于 2022-7-13 09:15
可能有用的办法是在运行程序之前，往cmd里面输入“chcp 65001”或“chcp 437”。我是看的这里的 https:// ...

好的，谢谢您。我试下
作者
Author: 护卫天使    时间: 2022-7-16 04:49
paramecium86 发表于 2022-6-11 07:06
没有。我用的还是之前论坛里大神编译的老版本crest。 虽然crest版本是老的但是一样可以调用新版的xtb跑构 ...

您好，能否分享一下编译版老版本的crest,万分感谢！
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-7-17 09:36
护卫天使 发表于 2022-7-16 04:49
您好，能否分享一下编译版老版本的crest,万分感谢！

我在一楼加了个crest的附件。
作者
Author: lishen123    时间: 2022-7-23 15:30
为什么打不开System设置环境变量
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2022-8-9 10:16
lishen123 发表于 2022-7-23 15:30
为什么打不开System设置环境变量

不同版本的Windows操作系统设置环境变量的步骤略有不同，百度一下就可以知道。这里我以我办公室里的电脑为例（Windows 10英文版），说明一下。在Explorer里面，从左侧的文件夹树找到“This PC”，右击一下之后，在弹出菜单中单击“Properties”，接着就会出现“Settings”。“Settings”左侧有个搜索框，里面用灰色显示“Find a setting”。然后，单击一下搜索框，输入“path”，接着会出现“Edit the system environment variables”，单击一下，出现“System Properties”窗口，在“Advanced”选项卡中单击“Environment Variables...”，然后就可以设置环境变量了。
作者
Author: lishen123    时间: 2022-8-10 09:07
Daniel_Arndt 发表于 2022-8-9 10:16
不同版本的Windows操作系统设置环境变量的步骤略有不同，百度一下就可以知道。这里我以我办公室里的电脑 ...

好的，谢谢
作者
Author: 深爱小李    时间: 2022-10-10 22:45
请问大家下载了楼主分享的crest 运行时提示这样的报错怎么解决呀
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-10-10 23:24
深爱小李 发表于 2022-10-10 15:45
请问大家下载了楼主分享的crest 运行时提示这样的报错怎么解决呀

因为CREST不是双击运行的，是从命令行运行的。
仔细看https://crest-lab.github.io/crest-docs/page/documentation
作者
Author: 深爱小李    时间: 2022-10-10 23:52
wzkchem5 发表于 2022-10-10 23:24
因为CREST不是双击运行的，是从命令行运行的。
仔细看https://crest-lab.github.io/crest-docs/page/doc ...

可是我通过命令行调用时也是提示出错
作者
Author: GHL    时间: 2022-11-5 09:25
snljty2 发表于 2022-6-1 23:07
应该还要设置XTBPATH指向XTBROOT\share\xtb，不然GFN-0找不到参数（至少旧版本是这样）。另外并行相关的O ...

请问一下，XtBpath ,跟bin那个一样吗？ 同时添加到path中，并行相关的OMP_NUM_THREADS和MKL_NUM_THREADS该怎样设置，请指教，谢谢了
我现在采用Gfn-0 直接报错，gfn 1 的话每个3-4s，构象有几万个，太耗时了
作者
Author: funyboy    时间: 2022-11-5 09:37
多谢了，按部就搬就是了
作者
Author: paramecium86    时间: 2022-11-5 12:02
GHL 发表于 2022-11-5 09:25
请问一下，XtBpath ,跟bin那个一样吗？ 同时添加到path中，并行相关的OMP_NUM_THREADS和MKL_NUM_THREADS ...

这两个环境变量同样可以加到windows的环境变量里 添加方法类似于帖子里那个样子
作者
Author: GHL    时间: 2022-11-5 17:07
本帖最后由 GHL 于 2022-11-5 17:27 编辑
paramecium86 发表于 2022-11-5 12:02
这两个环境变量同样可以加到windows的环境变量里 添加方法类似于帖子里那个样子

我按照楼主所述都尝试过了，但是还是有报错，

报错信息如下

         *** Configuration    17  ***
Current date: 2022-11-05   Time: 17:26:26
Loading geometry        17 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:       0 s

作者
Author: 乐平    时间: 2023-3-9 10:41
遇到一个奇怪的问题。xtb-6.5.0 按照楼主的方法在 Windows 10 的环境变量中设置可以正常运行。

但是解压了 xtb-6.6.0， 将原先的 xtb-6.5.0 的环境变量全替换成 6.6.0 ，同样的输入文件，同样的命令却无法运行。 (, 下载次数 Times of downloads: 50)

(, 下载次数 Times of downloads: 48)

(, 下载次数 Times of downloads: 46)

可以看到，环境变量已经设置了。查看 xtb 版本也正常显示的是  xtb version 6.6.0 (unknown) compiled by 'Marcel@Raven' on 2023-02-10

但是运行计算任务却报错。

作者
Author: aaq2800    时间: 2023-11-25 08:19
乐平 发表于 2023-3-9 10:41
遇到一个奇怪的问题。xtb-6.5.0 按照楼主的方法在 Windows 10 的环境变量中设置可以正常运行。

但是解压 ...

我也碰到同样的问题，你这么解决的？原来6.5.0用的好好的，换了6.6.0就不行了
作者
Author: paramecium86    时间: 2023-11-25 10:50
aaq2800 发表于 2023-11-25 08:19
我也碰到同样的问题，你这么解决的？原来6.5.0用的好好的，换了6.6.0就不行了

之前是因为版本问题。现在版本已经修复了 或许你可以试试最新的xtb6.6.1版。
作者
Author: aaq2800    时间: 2023-11-26 08:36
paramecium86 发表于 2023-11-25 10:50
之前是因为版本问题。现在版本已经修复了 或许你可以试试最新的xtb6.6.1版。

换了最新版本的Molclus，现在可以跑了，应该是以前用Molclus版本有些老，兼容问题
作者
Author: paramecium86    时间: 2024-3-6 23:13
aaq2800 发表于 2023-11-26 08:36
换了最新版本的Molclus，现在可以跑了，应该是以前用Molclus版本有些老，兼容问题

现在又更新了6.7.0版不定输出部分有没有又改了什么。



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