计算化学公社

标题: 关于计算大体系结构问题（石墨烯吸附） [打印本页]

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-2 17:37
标题: 关于计算大体系结构问题（石墨烯吸附）
这个结构放在老的工作站跑了7天了。中间用GV查看发现最大位移一直不能收敛，且结构自从过了20帧以后，下一帧与上一帧的结构只有轻微的位移变化。但是一直没收敛。
我的问题是：目前我们实验做完了，与导师沟通，我老师的意思是确定分子官能团和GO上N基团是否有作用以及相互作用是什么类型就行了，我们是实验为主计算为辅。那这样的话，我想请问下大家：有没有快速定性的方法。当前这个速度太慢了。
这是我计算条件：
%mem=100GB
%nprocshared=40
%chk=G:\GO_N_PFOA.chk
# opt freq ub3lyp/gen scrf=(solvent=water) em=gd3bj

Title Card Required

-1 2
略

1-201
6-311g*
****
202-204
6-311+g**
****

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-2 20:01
优化用2-zeta的基组就行，换6-31G*和6-31+G*。另外对这么大共轭体系最好不要用B3LYP-D3(BJ)，用ωB97X-D更好一些，虽然会慢大约40%。有一两天应该能算完。

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-2 22:55

snljty2 发表于 2022-6-2 20:01
优化用2-zeta的基组就行，换6-31G*和6-31+G*。另外对这么大共轭体系最好不要用B3LYP-D3(BJ)，用ωB97X-D更 ...

谢谢大佬，祝你发几篇Nature

作者
Author: agent99 时间: 2022-6-3 02:58
GO的模型是否可以缩小一些来加快计算？从你的图上来看，左边的一半都和PFOA分子没有作用

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 04:25

agent99 发表于 2022-6-3 02:58
GO的模型是否可以缩小一些来加快计算？从你的图上来看，左边的一半都和PFOA分子没有作用

左边完全可以简化

一些很不重要的区域的碳原子，用6-31G代替6-31G*也可以接受

这么大体系，核这么多的CPU，绝对甭用Windows版，下文明确说了。用Linux能快N倍
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: flyingchow 时间: 2022-6-3 04:45
要求不高的话，先用xTB拿个定性正确的数据没压力。这个体系，xTB应该不到一个小时就结束了吧。

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-3 10:33
本帖最后由段家康于 2022-6-3 17:56 编辑

flyingchow 发表于 2022-6-3 04:45
要求不高的话，先用xTB拿个定性正确的数据没压力。这个体系，xTB应该不到一个小时就结束了吧。

我看文献几乎都是gaussian算的

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-3 10:39

agent99 发表于 2022-6-3 02:58
GO的模型是否可以缩小一些来加快计算？从你的图上来看，左边的一半都和PFOA分子没有作用

谢谢大佬的提议。我也感觉太大了，我是看卢老师那篇吸附文章，构建的GO，看来还得缩小一下

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-3 10:43

sobereva 发表于 2022-6-3 04:25
左边完全可以简化

一些很不重要的区域的碳原子，用6-31G代替6-31G*也可以接受

谢谢卢老师的指导！！您这片博文我之前看过，对我这种小白太友好了
之前是图windows操作界面方便，shell脚本语言太麻烦了。看来现在也不得不换了。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-3 11:37

段家康发表于 2022-6-3 10:43
谢谢卢老师的指导！！您这片博文我之前看过，对我这种小白太友好了
之前是图windows操作界面方便，shell ...

shell哪里麻烦了，感觉比Windows的图形界面点来点去方便多了...而且比cmd不知道高到哪里去了

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-3 12:52
PS:本人课题组也买了不少Material、Vasp的课，感觉根本听不懂，甚至没有sob老师文章说的通俗。我下次课一定得报

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-3 17:38

段家康发表于 2022-6-3 03:33
XTB的数据可以水文章吗，我看文献几乎都是gaussian算的

如果你的目的是“水”文章，那趁早别做科研。问题不是这么问的。

如果投特别差的期刊，不管怎么算都可以发。
如果抱着水文章的目的，又投的是好期刊，那么不管怎么算都发不了。
如果抱着解决科学问题的目的，而且使用正确的软件解决正确的问题，那么用什么软件都可以发，哪怕再小众的软件都可以发。何况xtb并不小众，看http://sobereva.com/599，国内xtb用户数有高斯用户数的1/5左右。只不过个别小领域里可能都是比较守旧的人，如果你在这样的小领域里，有可能对小领域外的人用什么软件了解得不是很准确。

作者
Author: 段家康 时间: 2022-6-3 18:33

wzkchem5 发表于 2022-6-3 17:38
如果你的目的是“水”文章，那趁早别做科研。问题不是这么问的。

如果投特别差的期刊，不管怎么算都可 ...

非常感谢老师的即时指正！确实是我用词不准，表述的有问题。低情商用词真是我头疼的问题，但我本意是想保证数据准确的同时，能快速且科学的解决问题，绝对没有糊弄的意思。
对于科研，我的态度一直都是：如果能通过自己努力能解决自己所在领域的一个微小问题，那都将会是一件非常棒的事情。

作者
Author: flyingchow 时间: 2022-6-4 04:34

段家康发表于 2022-6-3 18:33
非常感谢老师的即时指正！确实是我用词不准，表述的有问题。低情商用词真是我头疼的问题，但我本意是想保 ...

xTB对于全是主族元素的体系，上千个原子都毫无压力，而且结果其实还可以的，尤其适合用于预优化。算吸附能这种也肯定是定性正确的，xTB自带dispersion correction。
而且xTB还可以导出localized molecular orbital（LMO）的数据，用xtb-IFF做一个EDA，有时候也能说明一些问题的。
https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4991798?cookieSet=1

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 05:57

段家康发表于 2022-6-3 12:52
PS:本人课题组也买了不少Material、Vasp的课，感觉根本听不懂，甚至没有sob老师文章说的通俗。我下次课一定 ...

我写的博文都是贴合着读者相关常识底限去写的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 06:00

段家康发表于 2022-6-3 10:43
谢谢卢老师的指导！！您这片博文我之前看过，对我这种小白太友好了
之前是图windows操作界面方便，shell ...

用Linux不等于要写脚本，只不过你要用命令行操作
除非打算永远停留在做计算的很初级阶段，否则用Linux（或等价于Linux的环境）是绝对避不过的
脚本不是必须会写，但如果不会写脚本，面对需要大批量处理的任务的时候还试图徒手操作，等同于原始人，很多情况更是根本无法完成的任务（比如计算几千几万个分子的描述符）。

更何况写脚本又不是什么难事，很多不超过10行的脚本就能解决实际中的大问题，看比如
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258（http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html）
写脚本的常识知识（保姆级教程）：
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: xujiangbin 时间: 2022-6-16 21:19
你好，我想问下你这个是用windows 系统跑的么？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)