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标题: 使用43A1力场模拟蛋白配体复合物，gmxmpp命令报错：No default Proper Dih. types [打印本页]

作者
Author: zhuceyu 时间: 2022-7-15 09:14
标题: 使用43A1力场模拟蛋白配体复合物，gmxmpp命令报错：No default Proper Dih. types
本帖最后由 zhuceyu 于 2022-7-15 16:52 编辑

gromacs版本2021，命令为：
gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top  -o ions.tpr

报错内容如下：
Generated 279 of the 1225 non-bonded parameter combinations

ERROR 1 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 40890]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 2 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 40946]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 3 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 40947]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 4 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 40964]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 5 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 40965]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 6 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 41036]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 7 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 42165]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 8 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 42186]:
  No default Proper Dih. types
-------------------------------------------------------
Program:    gmx grompp, version 2021
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/topio.cpp (line 556)
Fatal error:
Syntax error - File ligand.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

1.Error1 line 40890贴图如下，ERROR1-9的错误均为dihedrals参数中最后一个值存在缺失。gd_xx,这个值应该是重要的，因为我复制缺失值下行的值填充进去同样会报错，这个值不是随意生成的。
2.ligand.itp 的line3 错误没发现有异常的缺失值，不清楚是什么原因。

是.itp文件的原因，按照sob老师发的图片里的信息对照配体itp文件'[ atomtypes ]'这个的错误已经解决。但是仍旧有Dih.types的错误（是error不是warning），该如何解决，具体信息如下：

ERROR 1 [file topol.top, line 55594]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 2 [file topol.top, line 55669]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 3 [file topol.top, line 55692]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 4 [file topol.top, line 55693]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 5 [file topol.top, line 55724]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 6 [file topol.top, line 57517]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 7 [file topol.top, line 57518]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 8 [file topol.top, line 57549]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 9 [file PIP2.itp, line 64]:
  Atomtype HS14 not found
There was 1 note
-------------------------------------------------------
Program:    gmx grompp, version 2021
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp (line 1409)

Fatal error:
There were 9 errors in input file(s)

作者
Author: zhuceyu 时间: 2022-7-15 09:31
请问，是gromacs2021版本的原因吗？我需要换成gromacs2018或2019吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-15 09:51

zhuceyu 发表于 2022-7-15 09:31
请问，是gromacs2021版本的原因吗？我需要换成gromacs2018或2019吗？

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

老生常谈的周经问题，没版本的事

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甭用43A1这么过时的力场

作者
Author: zhuceyu 时间: 2022-7-15 11:44
本帖最后由 zhuceyu 于 2022-7-15 16:00 编辑

sobereva 发表于 2022-7-15 09:51
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

谢谢老师，我之后补充问题会注意。atomtypes的问题我会调整顺序再做，但是力场我选择54a7也会有类似的报错，我以为是力场太新一些参数不支持，然后选择较老的43a1仍不能解决。都会出现ERROR1-9的dihedrals对应参数中存在缺失值，gd_xx这个值该如何修补呢？缺失值内容是我上方的贴图。

这部分问题部分解决，根据这篇帖子及介绍(http://bbs.keinsci.com/thread-2497-1-1.html 、 http://sobereva.com/4)，dihedrals参数gd_xx的缺失，是力场或者源文件对这部分参数无定义，一般会报warning。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-16 09:10

zhuceyu 发表于 2022-7-15 11:44
谢谢老师，我之后补充问题会注意。atomtypes的问题我会调整顺序再做，但是力场我选择54a7也会有类似的报 ...

我说的是字段顺序的事，没说改力场版本能解决，这个报错跟力场版本根本没直接关系

如果分子的itp是从ATB弄来的，include ATB网站上的修改版GROMOS力场包

作者
Author: zhuceyu 时间: 2022-7-18 11:20

sobereva 发表于 2022-7-16 09:10
我说的是字段顺序的事，没说改力场版本能解决，这个报错跟力场版本根本没直接关系

如果分子的itp是从A ...

好的，谢谢老师，我现在也在尝试别的方法解决这个问题

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