gromacs中pairs的存在感

diaok

求教
gromacs的itp文件中
理论上在pairs中是必须写出所有1-4位置的原子组合吗？
按照这篇帖子
http://sobereva.com/4
的确去掉pairs的确就没有1-4项了

而lammps软件中没有pairs这个设定
看special bonds的说明是直接通过dihedral来得到1-4列表

gromacs的dihedral中有些参数是通过几个限制势的组合来表示同一个二面角
由于dihedral参数可能需要调整，所以gromacs软件不会自动生成1-4列表？

我在尝试把gromacs的文件转换成lammps格式，是直接忽略这一项就行吗？

diaok

补充
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
     1      2      3      4      9     0.00   0.65084   3 ;     C1-    C2-    C3-    O1
     1      2      3     11      9     0.00   0.65084   3 ;     C1-    C2-    C3-    H7
     1      2      3     12      9     0.00   0.65084   3 ;     C1-    C2-    C3-    H8
     2      3      4      5      9     0.00   0.66944   3 ;     C2-    C3-    O1-    H1
     2      3      4      5      9     0.00   1.04600   1 ;     C2-    C3-    O1-    H1
     4      3      2      9      9     0.00   0.00000   0 ;     O1-    C3-    C2-    H5
     4      3      2      9      9     0.00   1.04600   1 ;     O1-    C3-    C2-    H5
我用acpype加高斯得到的某个itp
后面两个二面角都用了2项，
O1-    C3-    C2-    H5还用了双0的参数，是可以直接去掉吗？
另外查到的gaff力场formic-acid参数
[ pairs ]
;  ai    aj funct
     1      5      1
     3      5      1

[ angles ]
;  ai    aj    ak funct  theta   cth
    1     2     3     1  1.2000e+02  4.6359e+02
    1     2     4     1  1.1370e+02  4.5271e+02
    2     4     5     1  1.0737e+02  4.2844e+02
    3     2     4     1  1.2288e+02  6.4768e+02

[ dihedrals ]
;i  j   k  l         func        C0  ...  C5
    1    2    4    5      3    19.24640     0.00000   -19.24640     0.00000     0.00000     0.00000        ;
    3    2    4    5      3    27.19600    -7.94960   -19.24640     0.00000     0.00000     0.00000        ;
    1    3    2    4      3    87.86400     0.00000   -87.86400     0.00000     0.00000     0.00000        ;
3个二面角却只写了2个pairs

sobereva

必须明确写所有1-4组合。不写的就当成没有1-4作用。这样好处是可以直接控制1-4作用的参数，以及是否考虑1-4。
lammps的事我不清楚，既然lammps自动就产生1-4项，可以先忽略试试。

sobereva

diaok 发表于 2016-1-5 15:46
补充
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9

力常数为0的都可以去掉。
gaff那个，看具体结构。不是所有二面角都得有1-4作用，有的时候设定了1-4反倒不妥。比如我以前模拟-O-SO3H基团的时候，如果给H-O-S-O设定1-4作用的话，结果会发现O和H吸到一起去导致模拟崩溃。

diaok

sobereva 发表于 2016-1-5 16:09
力常数为0的都可以去掉。
gaff那个，看具体结构。不是所有二面角都得有1-4作用，有的时候设定了1-4反倒 ...

非常感谢

按照H-O-S-O的例子
就是说这个体系正常转移到lammps里面肯定会崩溃了

我就先用这个基团试试

sobereva

diaok 发表于 2016-1-5 16:56
非常感谢

按照H-O-S-O的例子

你先不用管这个基团，就用你研究的分子，实际在lammps里试试，跑起来结构没问题就行了

tjuptz

sobereva 发表于 2016-1-5 16:09
力常数为0的都可以去掉。
gaff那个，看具体结构。不是所有二面角都得有1-4作用，有的时候设定了1-4反倒 ...

老师，补参数时力常数为0的就直接删掉就可以了呗
注：没必要