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标题: CP2K编译错误（按照sob老师的教程），麻烦各位老师看看 [打印本页]

作者
Author: yopoxia 时间: 2022-7-15 10:32
标题: CP2K编译错误（按照sob老师的教程），麻烦各位老师看看
本帖最后由 yopoxia 于 2022-7-15 10:40 编辑

sob老师教程：http://sobereva.com/586

系统是Ubuntu 22.04 LTS ，CP2K是v9.1
通过toolchain安装CP2K依赖的库这一步成功，无任何错误。然后编译CP2K
运行教程里的三行命令，按实际修改为自己的机器路径
等待了很久，最后报错
collect2: fatal error: ld terminated with signal 9 [已杀死]
compilation terminated.
make[3]: *** [/home/yp/cp2k/obj/local/psmp/all.dep:154：/home/yp/cp2k/exe/local/libcp2k_unittest.psmp] 错误 1
make[3]: *** 正在等待未完成的任务....
collect2: fatal error: ld terminated with signal 9 [已杀死]
compilation terminated.
make[3]: *** [/home/yp/cp2k/obj/local/psmp/all.dep:134：/home/yp/cp2k/exe/local/cp2k.psmp] 错误 1
make[2]: *** [/home/yp/cp2k/Makefile:158：all] 错误 2
make[1]: *** [/home/yp/cp2k/Makefile:140：psmp] 错误 2
make[1]: *** 正在等待未完成的任务....
cd /home/yp/cp2k/exe/local; ln -sf cp2k.ssmp cp2k_shell.ssmp
cd /home/yp/cp2k/exe/local; ln -sf cp2k.ssmp cp2k.sopt
make: *** [Makefile:135：all] 错误 2

然后我又重新运行make -j 4 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"

Discovering programs ...
make -C /home/yp/cp2k/exts/dbcsr -f /home/yp/cp2k/exts/build_dbcsr/Makefile \
ARCHFILE=/home/yp/cp2k/arch/local.ssmp \
LIBDIR=/home/yp/cp2k/lib/local/ssmp/exts/dbcsr \
OBJDIR=/home/yp/cp2k/obj/local/ssmp/exts/dbcsr \
USE_ACCEL="" \
ACC="" \
ACCFLAGS=""
make -C /home/yp/cp2k/exts/dbcsr -f /home/yp/cp2k/exts/build_dbcsr/Makefile \
ARCHFILE=/home/yp/cp2k/arch/local.psmp \
LIBDIR=/home/yp/cp2k/lib/local/psmp/exts/dbcsr \
OBJDIR=/home/yp/cp2k/obj/local/psmp/exts/dbcsr \
USE_ACCEL="" \
ACC="" \
ACCFLAGS=""
Removing stale archives for psmp ...
Removing stale archives for ssmp ...
Removing stale archives ...
Removing stale archives ...
Resolving dependencies ...
Resolving dependencies ...
Resolving dependencies for ssmp ...
Resolving dependencies for psmp ...
echo git:d8d7100 > "/home/yp/cp2k/obj/git-ref.tmp"
echo git:d8d7100 > "/home/yp/cp2k/obj/git-ref.tmp"

作者
Author: abin 时间: 2022-7-15 10:45
要不你下载官方预编译好的二进制? 又不是不能用?
要么下载官方提供的docker镜像?

或者其他人转编译的singularity镜像?

或者使用我提供的优化编译的镜像?
搜索一下都有.

另, 把系统默认语言搞成英文, 搜索一下很快就能搞定错误原因的.

作者
Author: yopoxia 时间: 2022-7-15 10:48

abin 发表于 2022-7-15 10:45
要不你下载官方预编译好的二进制? 又不是不能用?
要么下载官方提供的docker镜像?

好的谢谢老师
我去试试

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-15 10:52
预编译好的二进制，几乎就相当于win下的绿色软件，解压得到的压缩包，然后把.ssmp文件放进解压后的目录即可，绝对不会给人一丁点犯错的机会。

作者
Author: yopoxia 时间: 2022-7-15 11:07

牧生发表于 2022-7-15 10:52
预编译好的二进制，几乎就相当于win下的绿色软件，解压得到的压缩包，然后把.ssmp文件放进解压后的目录即可 ...

预编译好的二进制好像速度慢。。。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-15 11:12
本帖最后由牧生于 2022-7-15 11:14 编辑

yopoxia 发表于 2022-7-15 11:07
预编译好的二进制好像速度慢。。。

对于CP2K 8.1，官方预编译版只提供了ssmp的，并且为了兼容性考虑，编译选项比较保守，没有根据CPU内核进行优化、没有利用SIMD指令集、用的是-O2而非更激进优化的-O3选项，也没用MKL。不过这并不代表官方预编译版的就很慢，笔者对简单任务测试过发现在速度上和自己编译的ssmp版差异不太大。不过，如果对某些类型任务发现ssmp版的CPU占用率普遍较低，吐血建议自己编译popt版，此时有可能二者速度差异超大、用ssmp完全发挥不出CP2K本来的代码效率，甚至可能ssmp版几乎算不动。

复制代码

先解决有无，能用起来再说。如果确实发现ssmp很慢，再考虑自行编译。

作者
Author: yopoxia 时间: 2022-7-15 12:09

牧生发表于 2022-7-15 11:12
先解决有无，能用起来再说。如果确实发现ssmp很慢，再考虑自行编译。

嗯好的确实是

作者
Author: Acee 时间: 2022-7-15 16:30
http://bbs.keinsci.com/thread-29719-1-1.html
搬运官方的docker安装教程

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-15 22:27
我博文里是针对CentOS、Rocky Linux的情况的。我很不喜欢的Ubuntu不在考虑范围内
具体报错原因去看编译中途产生的相关log文件判断

作者
Author: gog 时间: 2022-7-16 11:56

sobereva 发表于 2022-7-15 22:27
我博文里是针对CentOS、Rocky Linux的情况的。我很不喜欢的Ubuntu不在考虑范围内
具体报错原因去看编译中 ...

cp2k 开发组很喜欢用 Ubuntu

作者
Author: yopoxia 时间: 2022-7-16 18:43

Acee 发表于 2022-7-15 16:30
http://bbs.keinsci.com/thread-29719-1-1.html
搬运官方的docker安装教程

感谢您的回复我试试

作者
Author: yopoxia 时间: 2022-7-16 18:43

sobereva 发表于 2022-7-15 22:27
我博文里是针对CentOS、Rocky Linux的情况的。我很不喜欢的Ubuntu不在考虑范围内
具体报错原因去看编译中 ...

好的谢谢卢老师
我去安装rockylinux

作者
Author: wang_gua 时间: 2022-9-19 20:03
我也遇到了和你一样的问题，只能编译出ssmp版本的，psmp的会出错，你最后是怎么解决的呢？

作者
Author: 丁越 时间: 2022-9-19 20:36

gog 发表于 2022-7-16 11:56
cp2k 开发组很喜欢用 Ubuntu

QE的开发者也很喜欢用Ubuntu

不知道为啥

作者
Author: gog 时间: 2022-9-19 21:14

丁越发表于 2022-9-19 20:36
QE的开发者也很喜欢用Ubuntu 不知道为啥

很多工具，不用自己编译

作者
Author: 洁然不同 时间: 2023-3-26 22:48
make clean
再重新make。
我也遇到了一样的错误.

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