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标题: gromacs模拟能量最小化后用VMD看轨迹文件时只有一步 [打印本页]

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Author: youxx189 时间: 2022-7-22 18:30
标题: gromacs模拟能量最小化后用VMD看轨迹文件时只有一步
本帖最后由 youxx189 于 2022-7-22 21:20 编辑

各位老师好，用gromacs模拟过程时，在能量最小化后用VMD看轨迹文件trr时显示只有一步，但是log文件显示是正常结束的，请问这是什么原因啊，谢谢各位老师指导。附件是所涉及到的文件，图片是VMD打开的gro文件和轨迹文件 (, 下载次数 Times of downloads: 6)

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Author: 牧生 时间: 2022-7-22 18:55
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

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Author: youxx189 时间: 2022-7-22 21:32

牧生发表于 2022-7-22 18:55
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

好的非常感谢可是我使用过轨迹修正，就是用gmx trjconv -s min.tpr -f min.trr -o fixedmin.trr -pbc mol命令和DynamicsBonds依旧是显示不该出现的线条。还想请教一下为什么显示轨迹只有一帧啊

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Author: sobereva 时间: 2022-7-23 14:53

youxx189 发表于 2022-7-22 21:32
好的非常感谢可是我使用过轨迹修正，就是用gmx trjconv -s min.tpr -f min.trr -o fixedmin.trr -pb ...

用了DynamicsBonds，不管是否修正轨迹，都不可能出现跨盒子的线条

注意看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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