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[VMD] VMD在观察运行轨迹时,如何去掉些不该出现的线条(已经解决)

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本帖最后由 牧生 于 2021-5-10 16:44 编辑

做了SDS在水中的运动情况,然后VMD观察轨迹,隐藏了水

但是有很多不该出现的线条,请教如何去掉



这个是运行之前的图





运行轨迹观察,有不该出现的线条




隐藏水以后,还是有这样的线条,请教如何去掉。










无标题.jpg (158.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

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发表于 Post on 2020-10-27 22:19:02 | 只看该作者 Only view this author
那是因为水分子(或SDS)的一部分穿过了边界,而VMD仍然显示水分子的一部分和另一部分仍然成键导致的。
只是显示的问题,可以在Drawing Method里面设置动态键选项

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发表于 Post on 2020-10-28 08:59:20 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-11-10 08:47:10 | 只看该作者 Only view this author

卢老师,请问VMD在观察载入的轨迹的时候,蛋白体系的平动能消掉吗?
因为一遍观看轨迹一遍不停平移核旋转实在是太麻烦了

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发表于 Post on 2020-11-11 00:40:36 | 只看该作者 Only view this author
知黑守白 发表于 2020-11-10 08:47
卢老师,请问VMD在观察载入的轨迹的时候,蛋白体系的平动能消掉吗?
因为一遍观看轨迹一遍不停平移核旋 ...

点了Align就消了


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发表于 Post on 2020-11-14 09:33:07 | 只看该作者 Only view this author

谢谢卢老师!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-8 08:19:33 | 只看该作者 Only view this author

近日遇到这样的问题,使用如下命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr-pbc whole或者这个命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr -pbc mol



但是得到的结果中,都仍然有少量的线条显示,请教一下大佬,如何解决啊





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发表于 Post on 2021-5-9 03:57:13 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-5-8 08:19
近日遇到这样的问题,使用如下命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr-pbc whole或者这个命 ...

按我3L的ppt里的做法,重新让VMD判断成键
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-10 16:45:47 | 只看该作者 Only view this author
打开新的xtc以后,载入gro文件时,要选择最近一次的gro,就没有少量的线条了。
如果选择能量最小化以后得到的gro,可能仍有线条
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发表于 Post on 2021-5-28 22:50:59 | 只看该作者 Only view this author

老师,这个楼主的左下角的坐标轴标注的xyz是VMD能显示,怎么显示啊,还是说ps 上去的

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发表于 Post on 2021-5-29 00:18:12 | 只看该作者 Only view this author
ddddnight 发表于 2021-5-28 22:50
老师,这个楼主的左下角的坐标轴标注的xyz是VMD能显示,怎么显示啊,还是说ps 上去的

本来默认就显示
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发表于 Post on 2021-5-29 10:19:23 | 只看该作者 Only view this author

看到了,老师。背景是白色的,那个字也是白色的,所以开始没看到

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