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标题: 求助高斯09计算中Fe(VI)的自旋多重度由1换成3，不收敛如何解决？ [打印本页]

作者
Author: wubeibei 时间: 2022-7-25 16:49
标题: 求助高斯09计算中Fe(VI)的自旋多重度由1换成3，不收敛如何解决？
论文返修，审稿人认为Fe(VI)在三重态下更稳定，要求计算三重态下的过渡态能量。但是论文初始计算六价铁进攻的自旋多重度是1，并获得过渡态能量，但是现在自旋多重度换成3之后，在1的构型基础上计算，出现这样的问题：CoulSu:  requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda. CoulSu:  requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda.
CoulSu:  requested number of processors reduced to: 2 ShMem 1 Linda.
CoulSu:  requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda.
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CoulSu:  requested number of processors reduced to: 2 ShMem 1 Linda.
CoulSu:  requested number of processors reduced to: 2 ShMem 1 Linda.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
或者这样的问题：
EnCoef did 100 forward-backward iterations EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did    1 forward-backward iterations
Restarting incremental Fock formation.，然后计算就不继续写入，过了两天的输入文件还是几十kb，停留在某个时间不更新.

输入文件是：
%chk=NP.chk
%nprocshared=4
# freq 6-311++g(2d,p) scrf=(cpcm,solvent=water) m06

Title Card Required

-1 3
Fe                4.06534200 -1.45700100 0.19733000
O                5.14803300 -0.09776700 0.56325200
O                3.81023700 -1.61926500 -1.38277500
O                2.68528100 -0.58993800 0.67784900
O                4.32515400 -2.71395800 1.11463200
H                4.58341700 0.58592000 0.98645300
C                -0.13045900 1.60798500 -0.09589300
C                0.67098700 2.72775700 -0.40171700
C                1.94624800 2.55522400 -0.96770900
C                2.43892500 1.27459700 -1.22026700
C                1.67441200 0.12653400 -0.89213900
C                0.37757000 0.32394900 -0.37429500
H                1.99464400 -0.83227100 -1.31958300
H                3.42905800 1.12635500 -1.64125300
H                -1.08672750 1.70515071 0.37422334
O                2.73386691 3.70497685 -1.28806013
H                2.58636077 4.64927417 -1.19781321
H                0.27182464 3.70810703 -0.24524584
C                -0.47390326 -0.91044267 -0.02376613
H                -0.36797525 -1.13279219 1.01750230
H                -0.14368876 -1.74756949 -0.60262455
C                -1.95309527 -0.61998007 -0.33876213
H                -2.35528134 0.03252063 0.40782289
H                -2.02834459 -0.15304828 -1.29856016
C                -2.74513663 -1.94066337 -0.34689075
H                -2.59873933 -2.45007727 0.58260659
H                -2.40083392 -2.55810138 -1.15008808
C                -4.24341880 -1.63952191 -0.53679701
H                -4.58858505 -1.02513940 0.26837029
H                -4.38937652 -1.12682797 -1.46455844
C                -5.03484898 -2.96052798 -0.55025938
H                -4.88446212 -3.47585306 0.37533441
H                -4.69348715 -3.57259640 -1.35880396
C                -6.53402927 -2.65892977 -0.73218513
H                -6.87487381 -2.04500785 0.07517160
H                -6.68468611 -2.14558554 -1.65883513
C                -7.32581443 -3.97975207 -0.74241774
H                -6.98545509 -4.59337882 -1.55020344
H                -7.17459439 -4.49343203 0.18395443
C                -8.82510599 -3.67809504 -0.92332614
H                -9.16524469 -3.06367982 -0.11604700
H                -8.97644190 -3.16525875 -1.85014672
C                -9.61704093 -4.99883748 -0.93218422
H             -10.65878106 -4.78923139 -1.05765447
H                -9.27705668 -5.61315818 -1.73960034
H                -9.46552531 -5.51178120 -0.00545246
本人在计算方面的知识非常浅薄，求助各位大佬和老师们，这种情况应该如何解决呢？非常感谢

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-25 17:03
引起这个问题的直接原因是内存没给够。

另外，你直接在单重态结构上算freq没什么意义，得重新优化。

作者
Author: wubeibei 时间: 2022-7-25 17:26

hebrewsnabla 发表于 2022-7-25 17:03
引起这个问题的直接原因是内存没给够。

另外，你直接在单重态结构上算freq没什么意义，得重新优化。

非常感谢！那内存没给够如何解决呢？电脑配置是固定的。
关于结构的freq，我会重新优化的，非常感谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-25 17:32
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-25 18:04 编辑

（1）基组有点可怕，注意看《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
当然，你可以说“我现在审稿期间，来不及换基组了”，但希望你仔细阅读博文，在下一次计算中选取合适的基组做计算。

（2）最好使用#p而非#，这样输出更多信息，便于查看计算进度。你说“然后计算就不继续写入，过了两天的输入文件还是几十kb”，其实不是这样的，是因为你用的是#，如果你用了#p就会观察到有输出。

（3）如果你只想获得三重态的电子能量（而非Gibbs自由能），不需要关键词freq。但如果你想获得三重态的Gibbs自由能，如同2L所说，直接freq是没有意义的，要在三重态下先做结构优化，然后再freq。

（4）这一点很重要：无论单重态还是三重态，含Fe过渡金属可能有多个SCF解，需要检验波函数稳定性。不稳定的波函数用于频率分析、波函数分析等等是没有实际意义的。

（5）含Fe过渡金属偶尔有不止一个稳定的波函数，仅仅检验波函数稳定性还是不够的。需要运用化学直觉、查看自旋布居等来分析是否算得的是预期的SCF解。如果不是，则需要手动构造片段组合波函数初猜，以使SCF收敛到正确的解上。这方面可以参考
(i) http://gaussian.com/afc/
(ii)《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82
(iii)《片段组合波函数实例1.双原子分子》
鉴于你是Fe(VI)，这一条在单重态下出现的可能性较低。

（6）在Gaussian中使用CPCM应当小心，见此文1.7章节《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327
实际上，高斯中默认的PCM，即IEFPCM，是更好的选择，没有理由去使用次一点的CPCM，自己给自己添堵。

（7）在输入文件开头使用%mem=xxGB合理设置内存。你如果不设置，默认内存很小，不会使用你机器上的所有内存。注意不要想当然地写%mem=100GB。如果你想知道你机器上有多少内存可用，请自行用搜索查看命令或操作。

作者
Author: wubeibei 时间: 2022-7-25 19:53

zjxitcc 发表于 2022-7-25 17:32
（1）基组有点可怕，注意看《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
当然，你可以说“我现在 ...

非常感谢老师！！

我要仔细看看，自行消化一下，一下学到了不少知识！非常感谢

作者
Author: wubeibei 时间: 2022-7-25 20:04

zjxitcc 发表于 2022-7-25 17:32
（1）基组有点可怕，注意看《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
当然，你可以说“我现在 ...

基组的选择，我初始计算的时候用的是M062X/Lanl2dz,但是审稿人说用M06方法更合适；选择基组时，我之前也不是很懂，在6-311+G**和6-311++g(2d,p)纠结，但是我师姐建议用后者，因为在她之前的论文里面审稿人建议用这个基组。当然，我会好好看一下老师给的那个帖子，好好学习一下，感谢z老师的指导

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 03:10

wubeibei 发表于 2022-7-25 20:04
基组的选择，我初始计算的时候用的是M062X/Lanl2dz,但是审稿人说用M06方法更合适；选择基组时，我之前也 ...

M06-2X对这种体系是绝对不能用，M06也不是什么很理想选择，好好把此文看了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

没事甭乱加弥散函数，特别是氢的。仔细看此文，并把此文发给你师姐
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

作者
Author: wubeibei 时间: 2022-7-26 08:53

sobereva 发表于 2022-7-26 03:10
M06-2X对这种体系是绝对不能用，M06也不是什么很理想选择，好好把此文看了
简谈量子化学计算中DFT泛函的 ...

好的，谢谢sob老师，我会好好学一下！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)