计算化学公社

标题: 用于Gromacs的模拟计算的计算机配置问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2022-8-11 16:40
标题: 用于Gromacs的模拟计算的计算机配置问题
老师们好，想配置一台主机用于Gromacs的模拟计算，显卡已经确定是RTX3080Ti，这是其他配件的清单，请问有哪里需要调整的吗，谢谢
组装电脑配置清单
CPU  ntel i7-12700K
散热器酷冷至尊冰神B360 ARGB CPU一体式水冷散热器360冷排双腔水泵
主板  微星(MSI)PRO Z690-A WIFI DDR4
内存海盗船DDR4 3600 32G*2根
固态硬盘  西部数据（WD） NVME M.2 2280 SN750 1TBSSD
显卡微星 GeForce RTX 3080TI
电源  航嘉（Huntkey）金牌1000W MVP K1000电源
机箱  厚道先生

作者
Author: Geyer 时间: 2022-8-12 02:53
1. 航嘉电源跟杂牌没本质区别......换台达吧
2. 不超频没必要用带K的U和Z系主板
3. 异构大小核会不会让Gromacs暴毙我也不敢保证，等一个懂哥解答

保险起见建议换B660主板和12400，嫌CPU睿频低的话就进bios把e核关了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-12 06:49
固态没必要
轨迹文件占硬盘大，弄个>=2TB的企业级机械硬盘
CPU i5 11600KF。做计算的人甭考虑Intel 12代CPU
就这CPU，散热器完全没必要水冷
内存两条16GB就够

电源该用什么看
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444
大陆牌子电源我一个都不推荐（除个别品牌个别产品外）

作者
Author: 961106 时间: 2022-8-12 09:37

sobereva 发表于 2022-8-12 06:49
固态没必要
轨迹文件占硬盘大，弄个>=2TB的企业级机械硬盘
CPU i5 11600KF。做计算的人甭考虑Intel 12代C ...

谢谢老师！

作者
Author: 961106 时间: 2022-8-12 09:47
标题: Gromacs计算机配置问题
本帖最后由 961106 于 2022-8-12 09:48 编辑

老师们好，参考了sob老师“计算化学购机配置推荐”一文后，准备购入RTX3080TI以及其他配件的参数如下，请问有需要调整的吗，谢谢！

CPU：AMD Ryzen 9 5900X（16核，3.4~4.9G，散装，无集显）
主板：华硕TUF B550M-PLUS 重炮手
散热器：九州风神大霜塔 220
机械硬盘：西部8t
显卡：RTX3080Ti
内存：2*金士顿DDR4-3200 16GB
电源：振华铜皇650W

有两个问题请教:
1.电源功率够吗？有看帖子说3080Ti需要1000w的电源
2.不加固态硬盘的话，系统和软件是直接装在内存里吗？
谢谢

作者
Author: exity 时间: 2022-8-12 09:59
电源不够（完全不够），建议使用1000W或1200W以上。
不加固态硬盘，系统和软件是直接安装在机械硬盘里的。（防止被杠，不考虑RAMDISK情况。）

作者
Author: 刘恪立 时间: 2022-8-12 11:30
计算时间比较长的话可以考虑工作站配置，台式机长时间工作不一定扛得住~

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-8-12 12:04
急用直接抄http://bbs.keinsci.com/thread-26283-1-1.html 表中价格不必理会

不建议现在配工作站，下一代CPU和GPU都在接下来3个月以内发售，性能提升幅度是近年来最大

作者
Author: libin093 时间: 2022-8-18 15:22

Entropy.S.I 发表于 2022-8-12 12:04
急用直接抄http://bbs.keinsci.com/thread-26283-1-1.html 表中价格不必理会

不建议现在配工作站，下一 ...

确定吗？会不会太贵？最近想搞一台跑GROMACS、Lammps、VASP这些分子动力学和第一性原理的工作站

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-8-19 15:07
确定。CPU 9月，GPU 10-11月（目前仅能确定4090）。GPU性能提升100%以上是板上钉钉的事，CPU具体提升多少还不能确定，反正非常大。intel 13代不在选择范围内，因为不适用于HPC应用。首发价格较前代上涨也是大概率，做好1.5W买4090（3090Ti的2倍性能）、6000-7000买Ryzen 7950X的准备。

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-9-15 09:58

Entropy.S.I 发表于 2022-8-12 12:04
急用直接抄http://bbs.keinsci.com/thread-26283-1-1.html 表中价格不必理会

不建议现在配工作站，下一 ...

想请问下，GPU对gromacs的加成高，为什么用5900x的U还只配个3060ti，是显卡够用了吗？还是考虑到当时显卡价格的因素？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-15 15:25

q11pet28abl21 发表于 2022-9-15 09:58
想请问下，GPU对gromacs的加成高，为什么用5900x的U还只配个3060ti，是显卡够用了吗？还是考虑到当时显卡 ...

当时经实测，使用5900X才能在大部分情况下用满3060Ti。不过之后（过了一个月）就发现使用update gpu可显著降低对CPU的需求，5800X可能就足够了，但没有去改那张配置单。现在这配置单都快过时了，建议观望一下新产品。

另外如果你要用update gpu，请使用GMX2021.6。2021.6以前的update gpu有bug，不推荐。2022整体上也还有较多bug，暂不推荐。

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-9-15 19:13

Entropy.S.I 发表于 2022-9-15 15:25
当时经实测，使用5900X才能在大部分情况下用满3060Ti。不过之后（过了一个月）就发现使用update gpu可显 ...

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