计算化学公社

标题: 关于oniom计算中MM层背景电荷的计算问题 [打印本页]

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Author: 学计算的小白 时间: 2022-8-22 13:40
标题: 关于oniom计算中MM层背景电荷的计算问题
因为中心分子是显著CT激发态的情况，我想体现中心分子与环境分子间的相互极化。我先计算了中心分子的CHELPG电荷，然后再把它当做背景电荷来计算MM层的CHELPG电荷，但是发现根本算不动一直报错，MM层大概有2400多个原子，下面是关键词和报错。请问一下大家，有没有好的办法，我自己设想了几个，不知道合不合理。1.周围的环境分子都是相同的，把它们分开，一个个来算，借鉴“基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱”http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html的方法。
2.用脚本来算，参考的是“基于背景电荷计算晶体环境下分子的快捷脚本”http://bbs.keinsci.com/thread-30992-1-1.html。不知道算不算的动，之前没看到这个帖子，而且自己不会脚本，就想着自己手动来回算几次，算到电荷的变化不明显为止。
3.不用CHELPG电荷，用Multiwfn来算RESP电荷，参考“RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算”http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html。

# B3LYP/TZVP nosymm charge pop=chelpg

Symmetry not used in FoFCou. Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Problem detected with inexpensive integrals.
Switching to full accuracy and repeating last cycle.
CoulSu:  requested number of processors reduced to:  46 ShMem 1 Linda.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=    7771791 MaxCom=       -302
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=    7771791 MaxCom=       -302

作者
Author: 小范范1989 时间: 2022-8-23 07:34
http://sobereva.com/332

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-23 12:54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:

直接原因是内存给得不够

作者
Author: 学计算的小白 时间: 2022-8-23 21:40

sobereva 发表于 2022-8-23 12:54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:

直接原因是 ...

给了150gb了，只有这么多了，再多直接报错

作者
Author: 学计算的小白 时间: 2022-8-23 23:11

sobereva 发表于 2022-8-23 12:54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:

直接原因是 ...

有点疑问想请教一下社长，

1、假如已经得到了比较合理的中心分子的电荷与MM层电荷（晶体分子还未激发之前），现在要计算荧光发射，请问是用
A.# opt cam-b3lyp/6-311g* td charge 直接单分子加背景电荷的方法
还是B.#oniom(cam-b3lyp/6-311g* TD:UFF) charge 的方法
如果是方法一的话charge是给全部原子的电荷还是只给周围的背景电荷？
果是方法二的话charge是给全部原子的电荷还是只给周围的背景电荷、要不要加embedcharge？

2、如果用charge给了中心分子的电荷的话，无论哪种方法中心分子都会在opt td的过程中结构会的变化（比如发生转动什么的），这样一来原子位置，就和输入文件的电荷位置不一样了，而且由于中心分子是显著CT激发态的情况，要考虑环境分子对中心分子的静电作用，这样一来之前算好的电荷又没意义了。
看了您在其他地方的回答说可以用类似隐式溶剂模型中的“特定态”方式以外迭代的做法来求解，能稍微讲一下这个方法吗？好像和我简单理解的--算环境分子时用中心分子的原子电荷当背景电荷，算中心分子时用环境分子的原子电荷当背景电荷不太一样。因为这样并没有电子转移激发参与，是不是“更新”中心分子的原子电荷的同时要加上opt和td？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-24 08:59

学计算的小白发表于 2022-8-23 23:11
有点疑问想请教一下社长，

1、假如已经得到了比较合理的中心分子的电荷与MM层电荷（晶体分子还未激发 ...

1 你只要算荧光发射，肯定得优化分子。两种都不成立
如果当前结构就已经是优化后的激发态结构，直接用背景电荷，和ONIOM的时候开电子嵌入以及把MM区的原子设上原子电荷，对激发能的计算效果是等价的

2 “charge给了中心分子的电荷的话”语义不明

考虑周围原子电荷的情况下优化中心分子结构，必须用ONIOM(QM:MM)，且给原子都指定原子电荷、开电子嵌入
若考虑中心分子和周围原子的电荷分布的自洽，需要进行迭代，懒得自己写脚本的话就参考http://bbs.keinsci.com/thread-30992-1-1.html

作者
Author: 学计算的小白 时间: 2022-8-24 18:08

sobereva 发表于 2022-8-24 08:59
1 你只要算荧光发射，肯定得优化分子。两种都不成立
如果当前结构就已经是优化后的激发态结构，直接用背 ...

很有帮助，谢谢社长

作者
Author: 学计算的小白 时间: 2022-8-27 17:08

sobereva 发表于 2022-8-24 08:59
1 你只要算荧光发射，肯定得优化分子。两种都不成立
如果当前结构就已经是优化后的激发态结构，直接用背 ...

老师，我仔细理解了一下这段话，算聚集诱导发光，如果不考虑中心分子是显著CT激发态的情况、不考虑中心分子对环境分子的极化以及环境分子之间的相互极化，是不是只需要算到步骤三就行了，如果要考虑则需要算到步骤六？根据自己的理解写的步骤，如有错误，恳请批评指正。
1.算出中心分子a的CHELPG电荷，给周围的原子指定同样的电荷。
2.进行电荷迭代（环境分子时用中心分子的原子电荷当背景电荷，算中心分子时用环境分子的原子电荷当背景电荷），此时得到比较准确的原子电荷。
3.用# opt oniom(w97xd/6-31g* TD:UFF)=embedcharge （给原子全都指定2算出来的原子电荷，可以用setcharge程序）计算，得到优化后的激发态结构A。
4.算出A的CHELPG电荷，给周围的原子指定同样的电荷，迭代几次，此时得到激发后比较准确的原子电荷
5.重复步骤3（只不过这次用的是4算出来的原子电荷，后面同理）
6.以4-5-4-5-...的顺序重复若干次，直到收敛。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-28 10:30

学计算的小白发表于 2022-8-27 17:08
老师，我仔细理解了一下这段话，算聚集诱导发光，如果不考虑中心分子是显著CT激发态的情况、不考虑中心分 ...

既然"不考虑中心分子对环境分子的极化"，干嘛还做步骤2？

作者
Author: 学计算的小白 时间: 2022-8-28 12:53

sobereva 发表于 2022-8-28 10:30
既然"不考虑中心分子对环境分子的极化"，干嘛还做步骤2？

明白了，感谢！

作者
Author: a-Student 时间: 2023-4-26 11:43

sobereva 发表于 2022-8-24 08:59
1 你只要算荧光发射，肯定得优化分子。两种都不成立
如果当前结构就已经是优化后的激发态结构，直接用背 ...

老师，打扰您一下，我想用ONIOM模型来柔性扫High层的中心分子的化学键变化的势能曲线，但是遇到一个问题，就是如果使用电子嵌入：UFF=qeq电荷的话我们就不用手动添加电荷，因为是默认的。但是我计算结果不太好，所想换RESP电荷嵌入，看了博文基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中说如果想换的话，需要把所有分子都要单独拿出来算电荷，然后再添加到ONIOM输入文件的坐标后面。我的晶体结构大概6000多个原子，如果一个一个算实在有点多，而且最后单体算完后，添加进ONIOM输入文件里也不指导如何添加。请问老师除了这种方法还有其他方式将ONIOM模型中的电荷更改为RESP电荷吗？麻烦您，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-27 01:27

a-Student 发表于 2023-4-26 04:43
老师，打扰您一下，我想用ONIOM模型来柔性扫High层的中心分子的化学键变化的势能曲线，但是遇到一个问题 ...

你是说一个元胞有6000多个原子，还是超胞有6000多个原子？这些原子组成了多少个分子？这些分子彼此之间有没有对称性等价的？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-27 05:32

a-Student 发表于 2023-4-26 11:43
老师，打扰您一下，我想用ONIOM模型来柔性扫High层的中心分子的化学键变化的势能曲线，但是遇到一个问题 ...

只需要对每种维一的分子计算原子电荷即可，其它的等价分子的原子电荷直接复制。该写脚本/辅助工具的时候自己写，没那么多恰好现成的。

作者
Author: a-Student 时间: 2023-4-27 09:37
本帖最后由 a-Student 于 2023-4-27 21:02 编辑

wzkchem5 发表于 2023-4-27 01:27
你是说一个元胞有6000多个原子，还是超胞有6000多个原子？这些原子组成了多少个分子？这些分子彼此之间有 ...

谢谢老师，我没有表述清楚，是由分子组成的超胞结构，优化好的结构我保存为Gjf文件已上传，请您指点建议，麻烦您，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-27 19:29

a-Student 发表于 2023-4-27 02:37
谢谢老师，我没有表述清楚，是由分子组成的超胞结构，优化好的结构我保存为Gjf文件已上传，请您指点建议 ...

按你楼上说的做

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