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[算法与编程] 基于背景电荷计算晶体环境下分子的快捷脚本

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发表于 Post on 2022-7-16 02:34:11 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ionexchangeC 于 2022-7-16 02:42 编辑

sob的基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html中,给出了基于背景电荷模型计算晶体环境下分子的思路。不过实际上手的过程中,我发现实际操作还是相当麻烦的,于是写了一个脚本来完成工作。软件使用的是ORCA,没有用Gaussian是因为Gaussian中很多元素没有内置原子半径,算CHELPG电荷很麻烦。我给这个脚本取名叫QMcrystal,代码比较脏,没写注释,这个可能以后会补上。
QMcrystal.f90 (7.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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发表于 Post on 2022-7-16 08:56:18 | 显示全部楼层 Show all
顺带一提,Gaussian算CHELPG电荷只内置了CHELPG原文定义的(很少量)元素的半径,没有半径时必须在输入文件后头手动补,比较麻烦。而使用Multiwfn计算CHELPG电荷时,对于CHELPG原文没定义半径的情况,Multiwfn会在屏幕上的提示中直接推荐半径。还可以让Multiwfn在缺半径时自动用推荐的半径

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发表于 Post on 2022-7-16 15:26:58 | 显示全部楼层 Show all
为了降低计算量,我也试过类似的思路:
先算重复单元的原子电荷,然后利用空间群的对称性得到晶胞的原子电荷,再利用其平移特性得到背景电荷。
后来看了看230种空间群就搁置(不写)了,就用了一样的思路。

ps: Multiwfn原来可以设置自动选择推荐原子半径,我还专门另外写了一套脚本(也就多了一个回车)专门应对带有重原子的状况。

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