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标题: 配体的itp文件中charge项全为0，会对GROMACS蛋白配体模拟结果有何影响？ [打印本页]

作者
Author: kopertqqq 时间: 2022-8-30 17:37
标题: 配体的itp文件中charge项全为0，会对GROMACS蛋白配体模拟结果有何影响？
本人在做蛋白配体在水中的模拟，整个模拟过程也顺利跑完了，在检查配体itp文件发现，其中charge项全为0，请问这样会对影响模拟结果的可靠性吗，可以通过什么方法计算电荷。谢谢各位老师和朋友们。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 18:38
显然得自己计算原子电荷
诸如sobtop的教程http://sobereva.com/soft/Sobtop里都明确说了，里面搜原子电荷

大量相关博文：
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
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RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
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http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）

charge都为0相当于此分子和其它分子之间没有静电相互作用，明显计算没有意义

作者
Author: kopertqqq 时间: 2022-8-30 20:45

sobereva 发表于 2022-8-30 18:38
显然得自己计算原子电荷
诸如sobtop的教程http://sobereva.com/soft/Sobtop里都明确说了，里面搜原子电荷 ...

我明白了，谢谢sob老师

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