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标题: 碰到一篇稿子，用B3LYP/6–311+G(d)，咋整？ [打印本页]

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-9-16 10:13
标题: 碰到一篇稿子，用B3LYP/6–311+G(d)，咋整？
本帖最后由 aaq2800 于 2022-9-17 08:37 编辑

算得B+P小混合团簇，用B3LYP/6–311+G(d)结构优化，有中性的也有负电性的，也没考虑弥散，然后比较了多个异构体的相对能量。用CCSD(T)做单点确认，但却是CCSD(T)/6–311+G(2df)这样的搭配。很多时候看着辛辛苦苦写得那么长一篇稿子，实在不忍心给拒掉

作者
Author: chands 时间: 2022-9-16 10:18
本砖家没见过这种稿子。

作者
Author: scf 时间: 2022-9-16 10:26
major revision

作者
Author: exity 时间: 2022-9-16 10:31
你就小修吧，别人会拒的。
如果他的审稿人都这么想，那就是他运气到了，这种气运之子，不要和他对着干。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-9-16 10:57
本帖最后由冰释之川于 2022-9-16 11:01 编辑

没考虑“弥散”是指弥散函数还是指泛函的色散校正？如果是指前者的话，优化与单点能都加了弥散函数。。另外，帖子建议转到杂谈区里

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-9-16 11:23
看见这个题目点进来瑟瑟发抖，后半面的问题很明显，没get到前半句有啥问题。

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-9-16 11:26

Markmahao 发表于 2022-9-16 11:23
看见这个题目点进来瑟瑟发抖，后半面的问题很明显，没get到前半句有啥问题。

有负电性的团簇

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-16 13:49
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-9-16 13:50 编辑

“6–311+G(d)”、“也没考虑弥散”？这描述有点矛盾哇。
首先要看这文章有没提供什么新奇、有趣甚至重要的结论，其次要看是否符合目标期刊的定位。至于计算水平可以返回大修，不是非得拒稿。另外如果体系有双自由基特征，要提醒他对重点结构做些波函数稳定性检测、T1诊断值等等。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2022-9-16 14:36
给出指导方法，让他做个矫正吧。要是全推倒，重新弄，也不太可能。
PS：是不是学生着急毕业。如果研三的，可能就靠这个文章毕业。哎，审稿人也不好当。

作者
Author: lonemen 时间: 2022-9-16 14:47
又不是不能用呢？还是有大缺陷啊？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-9-16 14:51

zjxitcc 发表于 2022-9-16 13:49
“6–311+G(d)”、“也没考虑弥散”？这描述有点矛盾哇。
首先要看这文章有没提供什么新奇、有趣甚至重要 ...

后半句话就很邹神了2333333333

作者
Author: chands 时间: 2022-9-16 14:51

lonemen 发表于 2022-9-16 14:47
又不是不能用呢？还是有大缺陷啊？

B3LYP/6–311+G(d)可能凑合吧，看情况，CCSD(T)一定要配高角动量基组的，CCSD(T)/6–311+G(2df)搞不好定性错误。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-9-16 14:56

chands 发表于 2022-9-16 14:51
B3LYP/6–311+G(d)可能凑合吧，看情况，CCSD(T)一定要配高角动量基组的，CCSD(T)/6–311+G(2df)搞不好定 ...

6–311+G(2df)基组也包含高角动量的，只不过CCSD(T)方法搭配pople系列基组不划算，质量不高。

作者
Author: chands 时间: 2022-9-16 15:04

冰释之川发表于 2022-9-16 14:56
6–311+G(2df)基组也包含高角动量的，只不过CCSD(T)方法搭配pople系列基组不划算，质量不高。

我自己真的没用CCSD(T)配过Pople基组（正如你说的不合算），CCSD(T)/6–311+G(2df)还好吗，效果如何？看到一些文章“祖传”level动不动CCSD(T)/6-311+G(3df)以上。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-9-16 15:08
本帖最后由冰释之川于 2022-9-16 15:10 编辑

chands 发表于 2022-9-16 15:04
我自己真的没用CCSD(T)配过Pople基组（正如你说的不合算），CCSD(T)/6–311+G(2df)还好吗，效果如何？看 ...

类似CCSD(T)/6-311+G(3df)计算级别，不能说使用的基组不对，只能说不合理。。。。

作者
Author: lonemen 时间: 2022-9-16 15:19

chands 发表于 2022-9-16 14:51
B3LYP/6–311+G(d)可能凑合吧，看情况，CCSD(T)一定要配高角动量基组的，CCSD(T)/6–311+G(2df)搞不好定 ...

哦哦，好的，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 16:46

chands 发表于 2022-9-16 15:04
我自己真的没用CCSD(T)配过Pople基组（正如你说的不合算），CCSD(T)/6–311+G(2df)还好吗，效果如何？看 ...

用是可以用，毕竟也有f极化了，但在同等基函数情况下，质量远远不如用Dunning系列，所以能搭配出这种组合的人属于极度缺乏常识

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-9-16 18:17
要不你让他算算CCSD(T)/may-cc-pVTZ算算差距大不大

作者
Author: yflchx 时间: 2022-9-16 18:20

chands 发表于 2022-9-16 15:04
我自己真的没用CCSD(T)配过Pople基组（正如你说的不合算），CCSD(T)/6–311+G(2df)还好吗，效果如何？看 ...

我读研究生的时候，18年前，CCSD(T)/6-311+G(3df,2p)//B3LYP(或MP2)/6-31+G(d,p)流行度还是比较高的。其中+可以灵活。要考虑到当时的PC机的档次。

作者
Author: Qingming 时间: 2022-9-26 09:25
您好，单纯求问第一句，用B3LYP/6–311+G(d)不可以吗？有弥散有极化呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-26 09:56

Qingming 发表于 2022-9-26 09:25
您好，单纯求问第一句，用B3LYP/6–311+G(d)不可以吗？有弥散有极化呀？

有极化只是对于几何优化能用的最下限，而单点对基组的要求明显高于几何优化。不同角动量极化函数壳层的数目、极化函数的指数，都直接影响计算精度。

仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

B3LYP算能量如今很难发出去文章，看
坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

作者
Author: 八月的雨季 时间: 2022-9-26 11:10
一般这样的我给大修，如果不是结论、作图制表不符合期刊水平直接拒了不太合适，让他们慢慢改吧

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-9-27 07:50

Qingming 发表于 2022-9-26 09:25
您好，单纯求问第一句，用B3LYP/6–311+G(d)不可以吗？有弥散有极化呀？

几何结构优化是可以，比较单点能量不合适，给了大修

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2022-10-9 10:15
优化团簇结构不带D3矫正吗

作者
Author: qchem 时间: 2022-10-13 15:55
CCSD(T)重算一遍结果会有不同吗？

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-16 13:13
修改稿回来了，人家没修改CCSD(T)/6–311+G(2df)，说是为了和以前的工作保持一致。各位大神，咋办呢？帮忙出个主意。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-16 16:36

aaq2800 发表于 2022-10-16 06:13
修改稿回来了，人家没修改CCSD(T)/6–311+G(2df)，说是为了和以前的工作保持一致。各位大神，咋办呢？帮忙 ...

可以说这个级别过时了（不要说这个级别是错的，否则他们会说错的理论级别为什么当年能发出来），让他们用比如说CCSD(T)/may-cc-pVTZ再算一遍，但是不强求用这个结果替代CCSD(T)/6–311+G(2df)的结果，可以放在SI

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-17 07:37

wzkchem5 发表于 2022-10-16 16:36
可以说这个级别过时了（不要说这个级别是错的，否则他们会说错的理论级别为什么当年能发出来），让他们用 ...

好的，谢谢大神

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-29 08:29

sobereva 发表于 2022-9-26 09:56
有极化只是对于几何优化能用的最下限，而单点对基组的要求明显高于几何优化。不同角动量极化函数壳层的数 ...

社长，有比较权威的文献推荐么？我让作者CCSD(T)/may-cc-pVTZ再算一遍，又给作者怼回来了，拒不修改。他的这个体系不大，只有8个原子，文中列出全部的低能异构体用ORCA算的话几个小时就能搞定，他却说要算几个月。作者的回复：
CCSD(T)/6–311+G(2df) is already a large, complex, and reliable calculation. We feel that it is satisfactory for the total energy as used, and for the ranking of structures. Reviewer has not presented any evidence that this is not a satisfactory calculation method. During the planning of these papers, various computational methods were tested. At any given time, one can only achieve a certain level of computational expense and difficulty. The paper involved substantial supercomputer calculations over many months.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-29 14:22

aaq2800 发表于 2022-10-29 01:29
社长，有比较权威的文献推荐么？我让作者CCSD(T)/may-cc-pVTZ再算一遍，又给作者怼回来了，拒不修改。他 ...

那就只能找一些证明6–311+G(2df)确实不适合CCSD(T)的benchmark paper了，乃至于自己找一个体系用6–311+G(2df)和may-cc-pVTZ算一下，再算一个外推到CBS的结果，证明6–311+G(2df)起码对于这个体系不适用。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-29 16:22
如果我遇到这种情况，这次就这样了吧，没有下一次。

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-30 09:08

wzkchem5 发表于 2022-10-29 14:22
那就只能找一些证明6–311+G(2df)确实不适合CCSD(T)的benchmark paper了，乃至于自己找一个体系用6–311+ ...

现在疫情严重，居家办公，办公室的服务器关了，没法算啊

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