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标题: 求助Gromacs模拟小分子前药在水中的分子动力学自组装过程，用Gaussian优化结构的问题 [打印本页]

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-23 14:57
标题: 求助Gromacs模拟小分子前药在水中的分子动力学自组装过程，用Gaussian优化结构的问题
@sobereva 老师好，我想问一下，在用Gromacs模拟小分子前药在水中的自组装过程时，我想在体系里加入多个前药分子，是需要一开始建模的时候就复制出来几个，作为整体用Gaussian 09优化结构做MD，还是只优化一个前药分子，后面可以在Gromacs里添加前药分子呢。用其他软件建模（比如MS）前药分子结构，保存成.mol2格式，然后用GaussView 5.0.9打开，保存成.gif格式文件用Gaussian 09进行Opt+Freq，这样可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 00:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs模拟小分子前药在水中的分子动力学自组装过程” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 00:42
分清楚gif和gjf

用Gaussian优化根本就不是必须的。仅当比如你要按下文，用Multiwfn结合Gaussian（或其它量化程序）计算动力学模拟要用的RESP或RESP2(0.5)电荷时才牵扯到几何优化
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

倘若原子电荷通过诸如MMFF94、EEM等其它方式得到，就没有绝对的优化结构的必要（MMFF94原子电荷的计算甚至只依赖于连接关系而不依赖于三维结构），直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建单分子的拓扑文件就完了

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 09:37

sobereva 发表于 2022-9-24 00:42
分清楚gif和gjf

用Gaussian优化根本就不是必须的。仅当比如你要按下文，用Multiwfn结合Gaussian（或其它 ...

嗯嗯，谢谢老师的解答。格式是我马虎看错了，对不起。请问老师用Multiwfn结合Gaussian计算RESP2(0.5)电荷时，只需要Opt，不需要Opt+Freq吗？还有通过Sobtop创建单分子的拓扑文件时，产生的.top和.itp文件，是需要把.itp文件include到.top文件中，才能进行Gromacs模拟吗？我昨天没有include就去做模拟报错了。该怎么include呢？

作者
Author: Acee 时间: 2022-9-24 10:04

深爱小李发表于 2022-9-24 09:37
嗯嗯，谢谢老师的解答。格式是我马虎看错了，对不起。请问老师用Multiwfn结合Gaussian计算RESP2(0.5)电荷 ...

这边建议你先了解一下，用gromacs做分子动力学模拟的基本流程

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 10:11

Acee 发表于 2022-9-24 10:04
这边建议你先了解一下，用gromacs做分子动力学模拟的基本流程

嗯嗯，Gromacs的教程我看过一些了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-25 02:01

深爱小李发表于 2022-9-24 09:37
嗯嗯，谢谢老师的解答。格式是我马虎看错了，对不起。请问老师用Multiwfn结合Gaussian计算RESP2(0.5)电荷 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ1

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