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标题: 求助：用Sobtop生成拓扑文件后，用Gromacs做分子模拟的问题 [打印本页]

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 14:49
标题: 求助：用Sobtop生成拓扑文件后，用Gromacs做分子模拟的问题
首先用Methyl_benzoate.mol2通过Sobtop生成了.gro、.top、.itp文件，然后按照图一所示命令进行分子模拟，最终报错情况如图二所示，请问是哪里出问题了呀

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Author: 牧生 时间: 2022-9-24 15:31
你没有include水

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 15:55

牧生发表于 2022-9-24 15:31
你没有include水

请问具体怎么做呢，能麻烦您说明白一点吗，我刚接触这个，都不太懂

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 21:48
随便跑个水盒子体系，看top里水的itp是怎么include的

如果一点GROMACS的相关常识、拓扑文件编写常识都没有，最好参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）好好完整、系统学一次，GROMACS是绝对没法稀里糊涂地猜着跑出有意义的数据。

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-25 14:43

sobereva 发表于 2022-9-24 21:48
随便跑个水盒子体系，看top里水的itp是怎么include的

如果一点GROMACS的相关常识、拓扑文件编写常识都没 ...

好的老师，明白了

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-25 18:53
本帖最后由深爱小李于 2022-9-25 18:56 编辑

牧生发表于 2022-9-24 15:31
你没有include水

你好@牧生，我仿照了你之前的一个帖子include水，为什么还是报错呢？
Methyl_benzoate.top文件如下：
; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.1) on 2022-09-25

[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
   1             2             yes          0.5    0.8333
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
; Include Methyl_benzoate.itp topology
#include "Methyl_benzoate.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp"

[ system ]
Methyl_benzoate

[ molecules ]
; Molecule    nmols
Methyl_benzoate    1
报错内容如下：
Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 1
Last line read:
'********************************************************************'
Found a second defaults directive.
模拟的命令和步骤还是跟帖子上图一一样，请问是什么问题呢？@sobereva 老师，可以顺便帮我看一下吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-25 19:37
本帖最后由牧生于 2022-9-25 19:42 编辑

可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.1) on 2022-09-25

[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333
你include有水，[ molecules ]到底有没有水分子数量啊

看看我以前犯的错
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-25 19:40

牧生发表于 2022-9-25 19:37
可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/so ...

谢谢回复。嗯嗯我就是借鉴你的这个帖子来的好的，我试试看看可不可以

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-25 20:21
本帖最后由深爱小李于 2022-9-25 20:23 编辑

牧生发表于 2022-9-25 19:37
可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/so ...

删掉这些走通了，但是到做NVT平衡时，nvt.mdp的设置又出问题了，请问我需要改下面这个从教程上复制过来的nvt.mdp的哪些参数才能适合我来用呀
复制过来的nvt.mdp如下：
title    = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define    = -DPOSRES  ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator  = md       ; leap-frog integrator
nsteps    = 50000    ; 2 * 50000 = 100 ps
dt       = 0.002    ; 2 fs
; Output control
nstxout    = 500    ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout    = 500    ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy = 500    ; save energies every 1.0 ps
nstlog    = 500    ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation          = no       ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints          = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter             = 1       ; accuracy of LINCS
lincs_order          = 4       ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist       = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb       = 1.0    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw          = 1.0    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype    = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order    = 4    ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16  ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl    = V-rescale          ; modified Berendsen thermostat
tc-grps    = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
tau_t    = 0.1    0.1          ; time constant, in ps
ref_t    = 300    300          ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is off
pcoupl    = no       ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc    = xyz          ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel    = yes    ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp = 300    ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed = -1       ; generate a random seed
报错如下：
Fatal error:
Group Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-25 20:37
constraints          = all-bonds  改为  hbonds

如果你没有建立索引（看你还是新手，应该还不会建立索引），干脆把温度设为整个体系的得了

tc-grps    =system
tau_t    = 0.1
ref_t    = 300

另外，参加一次培训，可以直接起飞，几乎日常所见的所有体系，都可以在这里找到相似度极高的例子，然后照着依葫芦画瓢即可
http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-25 23:15
本帖最后由深爱小李于 2022-9-26 10:12 编辑

牧生发表于 2022-9-25 20:37
constraints = all-bonds 改为 hbonds

如果你没有建立索引（看你还是新手，应该还不会建 ...

谢谢你的回复，那个title，define是不是在指定蛋白质啊，不需要改成我的有机分子吗。确实参加个培训好多了，但是我还是学生，而且研究方向是药剂，这个分子模拟也是老师让我搞，所以有问题只能各方面求助，太难了

作者
Author: mahoushoujo 时间: 2022-10-2 23:25
还有，没有你的有机分子没有原子电荷

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-10-3 14:06

深爱小李发表于 2022-9-25 23:15
谢谢你的回复，那个title，define是不是在指定蛋白质啊，不需要改成我的有机分子吗。确实参加个培训好多 ...

你可以先看看这个，gromacs官网教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-10-4 10:34

mahoushoujo 发表于 2022-10-2 23:25
还有，没有你的有机分子没有原子电荷

嗯嗯我算了电荷为零

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-10-4 13:07

大头攒毛发表于 2022-10-3 14:06
你可以先看看这个，gromacs官网教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/

嗯嗯好的谢谢

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-13 10:51
你好像没有定义water,

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