计算化学公社

标题: 求助如何将MS导出的pdb文件转换成gro格式 [打印本页]

作者
Author: absminfi 时间: 2022-10-4 15:16
标题: 求助如何将MS导出的pdb文件转换成gro格式
之前使用的是MS进行模拟，但是考虑到后面的计算量比较大，想要将过程移植到GMX上，在MS上保存成pdb之后用pdb2gmx命令转换时报错，主要错误如下

Processing chain 1 (1744 atoms, 4 residues)

Problem with chain definition, or missing terminal residues. This chain does not appear to contain a recognized chain molecule. If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully

Fatal error:
Residue 'MOL' not found in residue topology database

pdb盒子中是4条分开的高分子链，想问下是遇到了什么错误应该怎么解决。

作者
Author: 含光君 时间: 2022-10-4 15:24
可以用VMD转

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-4 17:39
典型的乱用pdb2gmx
对于单纯的pdb->gro格式转换，把pdb载入最新版Multiwfn，主功能100的主功能2就能转成gro
真正需要你操心的是产生拓扑文件，别以为pdb2gmx是个黑箱，随便给个体系就能产生拓扑文件。高分子链怎么产生拓扑文件在论坛里有大量讨论，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）也可以做到

作者
Author: absminfi 时间: 2022-10-9 23:04
本帖最后由 absminfi 于 2022-10-9 23:43 编辑

sobereva 发表于 2022-10-4 17:39
典型的乱用pdb2gmx
对于单纯的pdb->gro格式转换，把pdb载入最新版Multiwfn，主功能100的主功能2就能转成gr ...

谢谢sob老师的回答，这一步已经完成了，然后在后续md过程又遇到了一个问题。
md过程开始结构还是正常的，跑到后面就成这样了，我感觉是和周期性设置有关，但又不知该从何入手。这个和我的盒子并不是标准正交的有关吗？希望老师解答一下，感谢。原生的mol2文件是从ms里导出的我检查了一下是写了跨越盒子的键有哪些的，periodic-molecules = yes也检查了都加了，所以不清楚为啥会有这个问题
我看盒子内的结构运动轨迹还是挺正常的
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作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-10 09:19

absminfi 发表于 2022-10-9 23:04
谢谢sob老师的回答，这一步已经完成了，然后在后续md过程又遇到了一个问题。
md过程开始结构还是正常的 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

作者
Author: absminfi 时间: 2022-10-10 11:40

牧生发表于 2022-10-10 09:19
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

非常感谢！

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