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标题: 求助如何在超算上批量提交gaussian作业 [打印本页]

作者
Author: yzy1995123 时间: 2022-10-19 23:16
标题: 求助如何在超算上批量提交gaussian作业
各位老师好，我用的超算采用的是LSF系统，目前只提供了提交单个任务的脚本，内容如下：
脚本名 test.job

#！/bin/bash
#BSUB -q （序列）
#BSUB -J test job
#BSUB -n （核数）
#BSUB -o outfile
#BSUB -e errfile
g16

然后执行 bsub < test.job 提交作业

现在我想批量提交任务，但是对写脚本完全不精通，恳求哪位老师能稍微指点一下，不胜感激。

作者
Author: 含光君 时间: 2022-10-19 23:21
看卢老师写的《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》(http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html)
提问前应该自己先在论坛里搜索相关内容，很多问题都已经被解决过。

作者
Author: yzy1995123 时间: 2022-10-19 23:36
本帖最后由 yzy1995123 于 2022-10-19 23:37 编辑

含光君发表于 2022-10-19 23:21
看卢老师写的《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》(http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html)
提问 ...

感谢老师回答，这个文章我看过，但是因为对脚本完全不了解，所以不知道这个方法能否应用于这个超算的lsf系统，因为这个系统的很多指令都不太熟悉

作者
Author: 含光君 时间: 2022-10-20 00:16

yzy1995123 发表于 2022-10-19 23:36
感谢老师回答，这个文章我看过，但是因为对脚本完全不了解，所以不知道这个方法能否应用于这个超算的lsf ...

保存一份sob老师的脚本，bsub < runall.sh即可

作者
Author: abin 时间: 2022-10-20 08:12

#！/bin/bash
#BSUB -q （序列）
#BSUB -J test job
#BSUB -n （核数）
#BSUB -o outfile
#BSUB -e errfile
g16 $@

复制代码

而后,
for f in `ls *com`
do
bsub $f
done

作者
Author: 好多于 时间: 2022-10-20 09:07
#!/bin/bash
for i in `ls ####`; do
FName=${i%}
cd ####/${FName}
bsub *.com
done

如果要执行同一目录下的不同任务，楼上的回复完全可以解决。倘若执行本目录下的子目录中的任务，可把以上内容写入一个文件，例如bsub.sh，把####换成你的目录，然后bash一下就搞定了。

作者
Author: yzy1995123 时间: 2022-10-20 11:24

含光君发表于 2022-10-20 00:16
保存一份sob老师的脚本，bsub < runall.sh即可

好的感谢老师，这个可以让很多个任务同时跑么，貌似现在只能一个任务跑完了跑下一个任务

作者
Author: pwzhou 时间: 2022-10-20 11:43

yzy1995123 发表于 2022-10-20 11:24
好的感谢老师，这个可以让很多个任务同时跑么，貌似现在只能一个任务跑完了跑下一个任务

同时跑的话，你就提交多个任务就行了，只要节点够用，自然可以同时跑。

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