计算化学公社

标题: 求助ATB生成小分子力场文件提示几何构象或者电荷有问题 [打印本页]

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Author: ZHIMING123 时间: 2022-10-20 21:48
标题: 求助ATB生成小分子力场文件提示几何构象或者电荷有问题
ATB生成小分子立场文件说几何构象或者电荷有问题（我的电荷应该没问题，用pymol算的），几何构象哪里有问题？或者该如何优化啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-20 22:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ATB生成文件” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-20 23:54
没必要让ATB去优化
并且检查结构合理性，诸如氢的位置和数目

作者
Author: ZHIMING123 时间: 2022-10-22 17:33

sobereva 发表于 2022-10-20 23:54
没必要让ATB去优化
并且检查结构合理性，诸如氢的位置和数目

老师，我自己优化用啥啊？计算电荷可以用pymol计算吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-23 04:08

ZHIMING123 发表于 2022-10-22 17:33
老师，我自己优化用啥啊？计算电荷可以用pymol计算吗

我没听说过pymol有计算电荷的功能
我都不知道你的具体目的是什么，如果没有必要非得用ATB，对于有机体系来说，用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP或RESP2(0.5)电荷是最好选择，仔细看sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）和下文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

作者
Author: ZHIMING123 时间: 2022-10-23 18:01

sobereva 发表于 2022-10-23 04:08
我没听说过pymol有计算电荷的功能
我都不知道你的具体目的是什么，如果没有必要非得用ATB，对于有机体系 ...

就是我立场选择gromos54a7，小分子用atb生成拓扑时报错，问题如图片，我该如何操作？几何构象用什么优化？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-23 19:14

ZHIMING123 发表于 2022-10-23 18:01
就是我立场选择gromos54a7，小分子用atb生成拓扑时报错，问题如图片，我该如何操作？几何构象用什么优化 ...

比如我用gview画了个结构式，用gv载入这个结构式时，自动把氢原子都加上，
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
然后直接点击这个刷子，先让gv自动粗略的优化几次，然后另存为pdb，再把这个pdb提交给ATB。
(, 下载次数 Times of downloads: 9)
如果ATB返回仍然报错，那么大概率是你自己的结构本身画的就不对，或者总电荷设置不合理。

作者
Author: ZHIMING123 时间: 2022-10-23 20:29

牧生发表于 2022-10-23 19:14
比如我用gview画了个结构式，用gv载入这个结构式时，自动把氢原子都加上，

然后直接点击这个刷子，先 ...

嗯这个gviem可以免费下载吗？然后我的分子是从蛋白提取的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 05:07

ZHIMING123 发表于 2022-10-23 20:29
嗯这个gviem可以免费下载吗？然后我的分子是从蛋白提取的

没有叫gviem的程序

作者
Author: ZHIMING123 时间: 2022-10-24 21:55

牧生发表于 2022-10-23 19:14
比如我用gview画了个结构式，用gv载入这个结构式时，自动把氢原子都加上，

然后直接点击这个刷子，先 ...

我不是自己画的，是蛋白自带的，我用的pymol提取的，atb网站的电荷那行你是咋算的啊

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