计算化学公社

标题: 求助从MS导入高斯之后运行一直显示l101报错 [打印本页]

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 08:49
标题: 求助从MS导入高斯之后运行一直显示l101报错
本帖最后由 han- 于 2022-10-26 08:50 编辑

各位老师，我用MS绘制然后导出pbd 用高斯走优化一直显示报错是问什么？
我检查了一下输入感觉也没有问题

作者
Author: chands 时间: 2022-10-24 09:23
删去(PDBName=O,ResName=MOL,ResNum=2)之类的语句

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 10:06

chands 发表于 2022-10-24 09:23
删去(PDBName=O,ResName=MOL,ResNum=2)之类的语句

谢谢回复刚试了一下删除后仍旧运行失败

作者
Author: chands 时间: 2022-10-24 10:27

han- 发表于 2022-10-24 10:06
谢谢回复刚试了一下删除后仍旧运行失败

贴出输入输出文件。

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-24 10:35
不要试图用 Gaussian 这类主要用来计算非周期性体系的计算程序来算周期性体系。

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 10:50

chands 发表于 2022-10-24 10:27
贴出输入输出文件。

好的老师已上传

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 10:52

乐平发表于 2022-10-24 10:35
不要试图用 Gaussian 这类主要用来计算非周期性体系的计算程序来算周期性体系。

谢谢回复在ms上取消了周期性之前一直用高斯比较顺手所以想试一下高斯

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-24 11:01

han- 发表于 2022-10-24 10:52
谢谢回复在ms上取消了周期性之前一直用高斯比较顺手所以想试一下高斯

不是简单地去掉周期性就行了……

你这结构有大量的“悬挂键”，根本不可能稳定存在……

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: chands 时间: 2022-10-24 11:37
同意楼上。Ti和O的价态都不饱和，直接变自由基了，这个体系会崩掉。

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 15:04

乐平发表于 2022-10-24 11:01
不是简单地去掉周期性就行了……

你这结构有大量的“悬挂键”，根本不可能稳定存在……

谢谢您老师是这样的，我在其他帖子中看到sobereva老师是这样解释所以没有处理悬挂键http://bbs.keinsci.com/thread-812-1-1.html

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 15:06

chands 发表于 2022-10-24 11:37
同意楼上。Ti和O的价态都不饱和，直接变自由基了，这个体系会崩掉。

老师，刚开始我也考虑了这个问题，sobereva老师是这样解释的 “TiO2倒是不用管悬键，因为Ti-O是高极性的。只有截断共价键的时候才必须饱和” http://bbs.keinsci.com/thread-812-1-1.html

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 15:12

乐平发表于 2022-10-24 11:01
不是简单地去掉周期性就行了……

你这结构有大量的“悬挂键”，根本不可能稳定存在……

老师我还想请教一个问题，我画的这个二氧化钛是团簇嘛？我是用MS超胞后再去掉周期性然后直接导入到高斯中的，我看其他人的步骤是要适当删减然后变成团簇，我不知道要删减哪些原子，这个删减的原则是什么？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-24 15:19

han- 发表于 2022-10-24 08:06
老师，刚开始我也考虑了这个问题，sobereva老师是这样解释的 “TiO2倒是不用管悬键，因为Ti-O是高极性的 ...

但是起码不能把配位高度不饱和的Ti露在外面。你表面上的Ti配位数太少了，不符合实际TiO2表面的情况。
再者，虽然可以不用饱和悬挂键，但是也需要用embedding potential等方法描述那些被你忽略的Ti4+和O2-。参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.inorgchem.9b00994

作者
Author: han- 时间: 2022-10-24 20:46

wzkchem5 发表于 2022-10-24 15:19
但是起码不能把配位高度不饱和的Ti露在外面。你表面上的Ti配位数太少了，不符合实际TiO2表面的情况。
再 ...

好的谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-25 01:31

han- 发表于 2022-10-24 15:06
老师，刚开始我也考虑了这个问题，sobereva老师是这样解释的 “TiO2倒是不用管悬键，因为Ti-O是高极性的 ...

那个帖子里我是指不需要共价团簇边界的那种加氢方式处理，不是说什么情况都不需要对边界做任何考虑，特别是当你的TiO2簇非常小时更是需要刻意考虑边界效应。怎么考虑团簇的边界，在Multiwfn手册2.9.1 Wavefunction analysis on wavefunction of cluster model部分有提到

作者
Author: han- 时间: 2022-10-25 21:39

sobereva 发表于 2022-10-25 01:31
那个帖子里我是指不需要共价团簇边界的那种加氢方式处理，不是说什么情况都不需要对边界做任何考虑，特别 ...

明白了谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)