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[综合交流] 请教二氧化钛团簇建模问题

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最近想研究染料分子和二氧化钛相互作用的问题,文献中采用不同个数的TiO2团簇来模拟纳米多孔半导体薄膜,但对于团簇的建模我在以往的工作中没有涉及过,请教各位如何建模呢?用gaussianview还是MS?参数如何确定呢?多谢各位了!

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发表于 Post on 2015-2-27 16:36:05 | 只看该作者 Only view this author
MS建模方便,如果要导入MS可以export成pdb文件,再用GV打开。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-2-27 20:16:35 | 只看该作者 Only view this author
多谢指教,但我对MS构造团簇知道的非常少,能否麻烦您讲的详细一些?具体步骤,我自己摸索的步骤是file--import--structures--metal oxides--TiO2 anatases.msi

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-2-27 20:17:21 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2015-2-27 16:36
MS建模方便,如果要导入MS可以export成pdb文件,再用GV打开。

多谢指教,但我对MS构造团簇知道的非常少,能否麻烦您讲的详细一些?具体步骤,我自己摸索的步骤是file--import--structures--metal oxides--TiO2 anatases.msi

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发表于 Post on 2015-2-27 23:11:49 | 只看该作者 Only view this author
就是按你说的先导入自带的TiO2晶胞,然后build-symmetry-supercell扩展成比较大的超胞,再build-symmetry-unbuild crystal去掉周期性。然后适当删减原子成为团簇结构,再export成pdb即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-2-28 00:22:10 | 只看该作者 Only view this author
是不是还要考虑悬挂键的饱和问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-2-28 10:27:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-2-27 23:11
就是按你说的先导入自带的TiO2晶胞,然后build-symmetry-supercell扩展成比较大的超胞,再build-symmetry-u ...

多谢您了!

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发表于 Post on 2015-2-28 10:52:45 | 只看该作者 Only view this author
panger 发表于 2015-2-28 00:22
是不是还要考虑悬挂键的饱和问题?

TiO2倒是不用管悬键,因为Ti-O是高极性的。只有截断共价键的时候才必须饱和
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-3-1 02:03:27 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-2-28 10:52
TiO2倒是不用管悬键,因为Ti-O是高极性的。只有截断共价键的时候才必须饱和

谢谢指导,多问一个问题,截取团簇以后的电荷和自旋多重度如何确定呢?如果团簇尺度比较大的话。

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发表于 Post on 2015-3-1 02:10:15 | 只看该作者 Only view this author
panger 发表于 2015-3-1 02:03
谢谢指导,多问一个问题,截取团簇以后的电荷和自旋多重度如何确定呢?如果团簇尺度比较大的话。

自旋多重度都是1
用gview保存成输入文件就能看到自动判断的电荷值
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发表于 Post on 2015-3-1 04:27:30 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-1 02:10
自旋多重度都是1
用gview保存成输入文件就能看到自动判断的电荷值

谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-7 16:10:16 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师@sobereva,如图所示的分子吸附到二氧化钛团簇上,稳定构型用MS已经进行优化,频率如何计算呢?用高斯可以吗?

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发表于 Post on 2016-6-8 05:20:09 | 只看该作者 Only view this author
guoguoupc 发表于 2016-6-7 16:10
请教sob老师@sobereva,如图所示的分子吸附到二氧化钛团簇上,稳定构型用MS已经进行优化,频率如何计算呢? ...

高斯可以,opt freq
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发表于 Post on 2026-7-2 21:11:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-2-27 23:11
就是按你说的先导入自带的TiO2晶胞,然后build-symmetry-supercell扩展成比较大的超胞,再build-symmetry-u ...

老师,我现在做的事是想把二氧化钛掺杂到硅橡胶基体里。我搜索到两三个方案,一个是需要切片,切片之后进行加真空层,但是也没说团簇该怎么形成。一个是就像老师你这种。但是老师,我能不能直接对自带的TiO2晶胞在MS里进行nanocluster 的sphere 团簇操作呢?而且这个还很方便的能定义其半径。

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春雨你好 发表于 2026-7-2 21:11
老师,我现在做的事是想把二氧化钛掺杂到硅橡胶基体里。我搜索到两三个方案,一个是需要切片,切片之后进 ...

对于纯粹从超胞中抠一个特定半径的球形团簇的目的,在VMD载入一个足够大的超胞结构文件后,在保存结构时结合下文说的选择语句就能做到。我拒绝使用M$
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

之后需要通过GaussView修整模型
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