请教二氧化钛团簇建模问题

guoguoupc · 发表于 Post on 2015-2-27 12:09:27

最近想研究染料分子和二氧化钛相互作用的问题，文献中采用不同个数的TiO2团簇来模拟纳米多孔半导体薄膜，但对于团簇的建模我在以往的工作中没有涉及过，请教各位如何建模呢？用gaussianview还是MS？参数如何确定呢？多谢各位了！

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-2-27 16:36:05

MS建模方便，如果要导入MS可以export成pdb文件，再用GV打开。

guoguoupc · 发表于 Post on 2015-2-27 20:16:35

多谢指教，但我对MS构造团簇知道的非常少，能否麻烦您讲的详细一些？具体步骤，我自己摸索的步骤是file--import--structures--metal oxides--TiO2 anatases.msi

guoguoupc · 发表于 Post on 2015-2-27 20:17:21

卡开发发发表于 2015-2-27 16:36
MS建模方便，如果要导入MS可以export成pdb文件，再用GV打开。

多谢指教，但我对MS构造团簇知道的非常少，能否麻烦您讲的详细一些？具体步骤，我自己摸索的步骤是file--import--structures--metal oxides--TiO2 anatases.msi

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-27 23:11:49

就是按你说的先导入自带的TiO2晶胞，然后build-symmetry-supercell扩展成比较大的超胞，再build-symmetry-unbuild crystal去掉周期性。然后适当删减原子成为团簇结构，再export成pdb即可。

panger · 发表于 Post on 2015-2-28 00:22:10

是不是还要考虑悬挂键的饱和问题？

guoguoupc · 发表于 Post on 2015-2-28 10:27:31

sobereva 发表于 2015-2-27 23:11
就是按你说的先导入自带的TiO2晶胞，然后build-symmetry-supercell扩展成比较大的超胞，再build-symmetry-u ...

多谢您了！

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-28 10:52:45

panger 发表于 2015-2-28 00:22
是不是还要考虑悬挂键的饱和问题？

TiO2倒是不用管悬键，因为Ti-O是高极性的。只有截断共价键的时候才必须饱和

panger · 发表于 Post on 2015-3-1 02:03:27

sobereva 发表于 2015-2-28 10:52
TiO2倒是不用管悬键，因为Ti-O是高极性的。只有截断共价键的时候才必须饱和

谢谢指导，多问一个问题，截取团簇以后的电荷和自旋多重度如何确定呢？如果团簇尺度比较大的话。

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-1 02:10:15

panger 发表于 2015-3-1 02:03
谢谢指导，多问一个问题，截取团簇以后的电荷和自旋多重度如何确定呢？如果团簇尺度比较大的话。

自旋多重度都是1
用gview保存成输入文件就能看到自动判断的电荷值

panger · 发表于 Post on 2015-3-1 04:27:30

sobereva 发表于 2015-3-1 02:10
自旋多重度都是1
用gview保存成输入文件就能看到自动判断的电荷值

谢谢。

guoguoupc · 发表于 Post on 2016-6-7 16:10:16

请教sob老师@sobereva，如图所示的分子吸附到二氧化钛团簇上，稳定构型用MS已经进行优化，频率如何计算呢？用高斯可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-8 05:20:09

guoguoupc 发表于 2016-6-7 16:10
请教sob老师@sobereva，如图所示的分子吸附到二氧化钛团簇上，稳定构型用MS已经进行优化，频率如何计算呢？ ...

高斯可以，opt freq

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[综合交流] 请教二氧化钛团簇建模问题