计算化学公社

标题: 请问不加d3校正和极化函数是带来误差还是错误？ [打印本页]

作者
Author: sqdmd 时间: 2022-11-26 15:08
标题: 请问不加d3校正和极化函数是带来误差还是错误？
  各位老师好！我在计算配体络合第四周期过渡金属时，采用b3lyp/def2tzvp优化，有d3校正。虽然配体带负电荷，但是整体是带正电的，所以没考虑弥散，到这里似乎都没什么问题。但是由于构象多种多样，我使用小基组做初猜以防初始结构有问题。
  我的问题是：我能不能用hf/6-31g做初猜？过去体系小是可以的，起码能校正一下正八面体构型。这一次的配体分子同时络合两个金属离子，另一种带负电的配体和水分子在优化后始终形成氢键，最后体系成环了，我实际使用b3lyp/6-31g初猜在接近收敛判据的时候始终起起伏伏不能收敛。我个人猜想是不是没加极化导致的，导致柔性不够，另外d3校正究竟是影响精度还是正确性？但是亦有可能是我初始结构有问题。
  总而言之，这种第四周期过渡金属离子的复杂络合结构，最小但不会错误的初猜结构是什么？还是说啥基组泛函都可以，只是精度差别，初猜优化不出来就是初始构象错了？

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-11-26 15:45
你用HF/6-31G做这又是何苦呢？半经验方法、GFN-xtb，这些哪个不比HF便宜。还有这个加色散校正的问题个人理解还挺复杂的，因为有些体系加了色散校正后可能还得把溶剂模型加上才能比较正确的表现实际情况，而不加色散校正有时候恰好由于误差抵消，反而会更接近实际情况一点。个人觉得一般来说还是加上比较好，还有D3校正的影响远远没有极化函数影响大。当然再提醒一点，你的这个体系带过渡金属，B3LYP算过渡金属只能算是差强人意，少数情况会出现不能用的情况，如果前面的问题都检查了没问题，那么有理由怀疑是B3LYP的问题。顺便一提，如果你要寻找能量最低的结构，可能还是要做一下构象搜索比较好。

作者
Author: sqdmd 时间: 2022-11-26 15:56

GoldenBaby 发表于 2022-11-26 15:45
你用HF/6-31G做这又是何苦呢？半经验方法、GFN-xtb，这些哪个不比HF便宜。还有这个加色散校正的问题个人理 ...

感谢老师回答。
很难过，是因为自己自学时间太短，水平太低，HF在高斯里好调用而已。多谢指条路，我再研究一下过渡金属络合的构象检索怎么弄。另外尝试使用TPSS试试看，多谢多谢！

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-11-26 15:59
HF挺烂的，构象搜索的软件挺多的，你在公社搜一搜

作者
Author: chands 时间: 2022-11-26 16:09
我补充一点，你的体系有两个过渡金属离子，注意可能有反铁磁耦合的情况（即两个过渡金属离子的自旋方向相反），可能要分别计算不同自旋态。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-27 02:16
用def2-TZVP优化多贵，对于不是很小的体系，顶多用6-311G*或def-TZVP就完全够了。算单点才轮得到def2-TZVP

“小基组做初猜以防初始结构有问题”前后根本没有任何因果关系

hf/6-31g纯属开玩笑，作为预优化都会被喷。不带极化函数连作为预优化的资格都没有。HF比B3LYP在Gaussian里又便宜不了多少，结果还烂得多。在ORCA里开RI，纯泛函比HF还便宜。

好好看此文
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
带不带D3又不影响耗时，关注“影响精度还是正确性”作甚，但凡稍微有一丁点可能的益处都该加上。

http://sobereva.com/557博文说了，过渡金属配合物用B3LYP不是首选，好好看下文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

molclus可以对配合物做构象搜索，仔细看
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

作者
Author: sqdmd 时间: 2022-11-27 19:22

七尺贱发表于 2022-11-26 15:59
HF挺烂的，构象搜索的软件挺多的，你在公社搜一搜

好的，非常感谢！

作者
Author: sqdmd 时间: 2022-11-27 19:23

chands 发表于 2022-11-26 16:09
我补充一点，你的体系有两个过渡金属离子，注意可能有反铁磁耦合的情况（即两个过渡金属离子的自旋方向相反 ...

原来还有这种情况，那我会考虑用不同的自旋多重度，非常感谢！

作者
Author: sqdmd 时间: 2022-11-27 19:25

sobereva 发表于 2022-11-27 02:16
用def2-TZVP优化多贵，对于不是很小的体系，顶多用6-311G*或def-TZVP就完全够了。算单点才轮得到def2-TZVP
...

多谢老师的指导和链接，一定仔细看看这些博文，真的是非常细致的指导了，非常感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)