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标题: 关于GROMACS模拟金属配合物+水体系用法的问题 [打印本页]

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Author: laifeng20151107 时间: 2016-5-30 10:46
标题: 关于GROMACS模拟金属配合物+水体系用法的问题
参考文献内容：Classical MD was used to generate initial atomic configurations for ab-initio MD. For these runs, we used rigid structures for water (SPC/E model; Berendsenet al., 1987) and for the S3−, AuS3, or Au(S3)2− molecules (optimized by the static calculations described above),together with the SPC/Epotential for water and approximated pair potentials derived from finite cluster calculations for Au–S and Au–O interactions (Mei et al., 2013; parameters listed in Table A1).

我有一个方面的疑惑： 1.在rigid structure方面，金属配合物是否可以通过POSITION CONSTRAINT 水分子通过SETTLE？
2.既然是rigid structure那么分子内的non-bond potential是不是可以不考虑
3.因为我是通过状态方程求出来的密度，所以我有确定的分子数（水分子）和盒子大小，是不是直接在命令行指定？
4.approximated pair potentials derived from finite cluster calculations是不是可以指定非键的参数，修改力场文件吗？
这些困惑了我好久，您能帮我解答一下万份感谢了！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-31 00:36
1 可以。不知道你有几个金属配合物，就一个的话就把金属配合物坐标固定住就行
2 不用考虑
3 不清楚你的意思。你设个大小的盒子，中间放上金属配合物，空挡里填上水就完了。密度可以在NPT模拟中自发调节
4 没听说过。如果这是个获得原子间非键势的做法，在gmx利用的时候修改力场文件即可。

作者
Author: laifeng20151107 时间: 2016-5-31 09:39

sobereva 发表于 2016-5-31 00:36
1 可以。不知道你有几个金属配合物，就一个的话就把金属配合物坐标固定住就行
2 不用考虑
3 不清楚你的意 ...

谢谢sob老师，关于第三问题，我想了解的是可不可以直接指定水分子数和盒子大小，而不是用gmx editconf来指定中心配合物离盒子边界的距离和用gmx solvate命令的自动生成水分子。整个过程包括后面的ab-initio MD都是进行的NVT模拟。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-31 11:10

laifeng20151107 发表于 2016-5-31 09:39
谢谢sob老师，关于第三问题，我想了解的是可不可以直接指定水分子数和盒子大小，而不是用gmx editconf来 ...

可以。用-maxsol参数控制加入的分子数。

作者
Author: laifeng20151107 时间: 2016-5-31 14:37
本帖最后由 laifeng20151107 于 2016-5-31 14:48 编辑

谢谢sob老师，然后再用sob老师帖子《几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具》中提到的方法生成（ATB法）配合物分子的top文件？还有这种情况下我应该用哪个力场比较好，就是修改哪个力场文件比较好？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-31 22:05

laifeng20151107 发表于 2016-5-31 14:37
谢谢sob老师，然后再用sob老师帖子《几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具》中提到的方法生成（ATB法）配 ...

那个是弄有机分子的，这种配合物搞不了。
你就自己算出来CHELPG电荷，文献中找到Au、S与水分子的H、O的LJ参数就能模拟了。拓扑文件很好搞，随便参考一个自己就能写出来，因为都不涉及到键、角、二面角项，写起来很容易。

作者
Author: laifeng20151107 时间: 2016-6-6 16:20

sobereva 发表于 2016-5-31 22:05
那个是弄有机分子的，这种配合物搞不了。
你就自己算出来CHELPG电荷，文献中找到Au、S与水分子的H、O的L ...

谢谢sob老师的指点，经过几天的摸索，凭我自己的理解得出了个top文件雏形（LJ参数是参照amber99力场中的参数）。请sob老师帮我大概看一下，附件在下楼。另外CHELPG电荷以前都没有求过，麻烦sob老师介绍个软件给我。万分感谢！

作者
Author: laifeng20151107 时间: 2016-6-6 16:20
我的top文件

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-6 16:31

laifeng20151107 发表于 2016-6-6 16:20
谢谢sob老师的指点，经过几天的摸索，凭我自己的理解得出了个top文件雏形（LJ参数是参照amber99力场中的 ...

用Gaussian算出来fch文件，载入Multiwfn，进入主功能7计算CHELPG电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-6 16:33

laifeng20151107 发表于 2016-6-6 16:20
我的top文件

现在太忙，你先跑跑，能顺利跑就行

作者
Author: laifeng20151107 时间: 2016-6-9 10:42

sobereva 发表于 2016-6-6 16:33
现在太忙，你先跑跑，能顺利跑就行

报告sob老师我查了一下，我现在用的软件ｃｐ２ｋ可以计算ｒｅｓｐ　ｃｈａｒｇｅ，这个结果填入ｃｈａｒｇｅ栏可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-10 21:06

laifeng20151107 发表于 2016-6-9 10:42
报告sob老师我查了一下，我现在用的软件ｃｐ２ｋ可以计算ｒｅｓｐ　ｃｈａｒｇｅ，这个结果填入ｃｈａｒ ...

目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

CP2K算的RESP电荷根本就不是严格意义的RESP电荷，都没有考虑诸如原子等价性之类重要问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)