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标题: 请教关于反应中活化能自由能能垒等各能量的计算问题 [打印本页]

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-2-5 22:09
标题: 请教关于反应中活化能自由能能垒等各能量的计算问题
本人在阅读论文中常发现文章有关于反应能垒或自由能之类的计算，但是在查阅补充材料时也只是给出了最基本的方程，而方程中各参数的来源并未说明，本想对论文中的计算进行复刻作为计算化学应用的练习，但发现各数据不知在输出文件的哪里找，经常对不上，且输出文件中的各种能量不知应该用哪个，有用电子能量E的，也有用Thermalcorrection to Gibbs Free Energy的，导致复刻工作无从下手。并且不同论文中提及的关于能量的词都不太相同，如自由能垒、活化能自由能、吉布斯自由能等，不知其区别何在。这类名词我总结了一下，其区别与计算时应该取输出文件的哪个数，希望各位老师能指点一二。
1、单电子转移过程的自由能垒（free energy barrier）：利用Marcus理论计算，从论文上看是过渡态与反应物之间的能量差，用于评价反应是否容易发生
2、吉布斯自由能（Gibbs free energy）：似乎与自由能垒一样，也是过渡态与反应物之间的能量差，用于评价反应在热力学上是否有利
3、反应能垒（reaction energy barrier）：看起来与上两个应用相同，不知其是否有区别
4、反应速率k：利用传统的过渡态理论（TST）计算
5、活化能自由能（free energy of activation）：只提及也是用Marcus理论计算的，但具体方法未知
6、吉布斯自由能变化（Gibbs free energy change）：
上述名词是我暂时遇到的论文中提及的能量计算，其gaussian输入文件的关键词与输出文件中要用哪个数据，希望大家能不吝赐教。

作者
Author: dnlx 时间: 2023-2-5 22:17
本帖最后由 dnlx 于 2023-2-5 22:34 编辑

先看Shermo说明书
http://sobereva.com/soft/shermo/以及
http://sobereva.com/506

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-6 01:09
仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
以及Shermo手册的附录部分关于热力学数据计算的常识知识

Marcus理论是用于电子转移过程的，不是一般化学反应涉及的，不要搅合到一起去，完全没直接联系。

你提到的这些在北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）都会具体讲到并给出实际例子，系统性完整学一遍比自己摸索快多了还不会踩坑。

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