计算化学公社

标题: 两个水分子优化，PSI4能量分解后与sob老师的文章有差异，想知道问题出在哪里？ [打印本页]

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-12 16:24
标题: 两个水分子优化，PSI4能量分解后与sob老师的文章有差异，想知道问题出在哪里？
最近，在计算水分子相互作用的时候发现，两个水分子优化后，采用sob老师帖子:使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 15902&fromuid=25115
(出处: 计算化学公社)
中的分解方法对其进行分解，与sob老师的文章http://sobereva.com/513的结果有点出入，想问一下是哪里出了问题？sob老师文章中是-4.96kcal/mol，我算出来是-4.54kcal/mol这是图1是水分子优化后的结构

，将这个结构坐标用PSI4进行分解；这是输入文件

；这是输出结果202302112042117060..png (283.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-12 19:16
你发完贴，你看了吗？？炫瞎我了

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-12 19:31

牧生发表于 2023-2-12 19:16
你发完贴，你看了吗？？炫瞎我了

我也不清楚是怎么回事，我看着也是绿的

，我重新编辑了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-12 21:44
注意看下文介绍的JCC文章里几何结构的优化级别
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

另外，你的结构根本不是水二聚体的能量最低构型，氢键键角大得离谱。
这才是水二聚体能量最低构型

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-13 10:03

sobereva 发表于 2023-2-12 21:44
注意看下文介绍的JCC文章里几何结构的优化级别
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC ...

感谢sob老师的回复，我再去试试

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-13 18:44
本帖最后由牧生于 2023-2-13 18:49 编辑

我也算了一下那两个水分子的结合能，与文献中是完全一致的。
你只需要把文献Exploring Nature and Predicting Strength of Hydrogen Bonds-A Correlation Analysi.pdf 支撑信息中的水分子坐标复制过来，用Multiwfn生成psi4的inp文件,命名为H2O.inp，然后运行psi4 H2O.inp -n 16，半分钟后得到H2O.out文件，打开此文件就能找到如下内容

  Total HF                      -5.75525488 [mEh]    -3.61147696 [kcal/mol]    -15.11041960 [kJ/mol]
  Total SAPT0                   -9.15465127 [mEh]    -5.74463040 [kcal/mol]    -24.03553359 [kJ/mol]
  Total SAPT2                   -7.52435852 [mEh]    -4.72160626 [kcal/mol]    -19.75520058 [kJ/mol]
  Total SAPT2+                   -8.21549452 [mEh]    -5.15530064 [kcal/mol]    -21.56977789 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)                -7.82082646 [mEh]    -4.90764270 [kcal/mol]    -20.53357704 [kJ/mol]
  Total SAPT2+dMP2                -8.30003631 [mEh]    -5.20835142 [kcal/mol]    -21.79174233 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)dMP2             -7.90536825 [mEh]    -4.96069347 [kcal/mol]    -20.75554149 [kJ/mol]

作者
Author: longwenjun 时间: 2023-2-13 21:31

牧生发表于 2023-2-13 18:44
我也算了一下那两个水分子的结合能，与文献中是完全一致的。
你只需要把文献Exploring Nature and Predict ...

嗯嗯，谢谢，主要是我还要算其他的体系，所以想要搞清楚具体的问题出在哪，这个优化方法好像对我的体系过于精准了，我现在用的DFT/6-31g（d，p）的基组优化的，结果算出来就是差很多，我想着继续提高基组，然后看大概到什么程度误差可以接受，请问，这个换成CCSD方法然后逐渐提高基组是不是好一点呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-15 05:34

longwenjun 发表于 2023-2-13 21:31
嗯嗯，谢谢，主要是我还要算其他的体系，所以想要搞清楚具体的问题出在哪，这个优化方法好像对我的体系过 ...

CCSD和当前没半点关系
十几个原子体系CCSD做优化都算不动，算相互作用能又太烂（相对于CCSD(T)）
优化氢键复合物再次也得B3LYP-D3(BJ)/6-311G**

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