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标题: 期待在sobtop中加入生成GAFF2力场的选项，以及请点评一下GAFF和GAFF2的关系 [打印本页]

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Author: 牧生 时间: 2023-2-14 16:04
标题: 期待在sobtop中加入生成GAFF2力场的选项，以及请点评一下GAFF和GAFF2的关系
本帖最后由牧生于 2023-2-14 16:19 编辑

1. 问题描述：
在sobtop中，bonded_param.dat文件中写着GAFF parameters come from gaff.dat (Version 1.81, May 2017) in AmberTools 21

在ambertools的gaff2.dat中，是这样写的：
AMBER General Force Field for organic molecules (Version 2.11, May 2016)
c  12.01       0.616             Sp2 C carbonyl group
cs 12.01       0.616             Sp2 C in c=S
c1 12.01       0.360             Sp C
……
Version gaff2.11
Updates to GAFF 2.11, May, 2017:

GAFF和GAFF2的最后更新的时间都一样。

2. 日常在论坛中看到的一些帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-25100-1-1.html    此贴提到acpype生成的实际上是GAFF2
http://bbs.keinsci.com/thread-19744-1-1.html    此贴提到GAFF2尚未公开发表，现在查了下，GAFF2也似乎没有公开发表，但谷歌学术已经能查到很多文献使用了GAFF2力场。

疑问：即使GAFF2还未在文献中公开发表，但原则上讲，GAFF2是在GAFF的基础上改进的，是不是应该比GAFF更好一点呢？
sobtop在下一个版本中，能否加入生成GAFF2力场的选项呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-15 06:05
sobtop的参数文件形式和gaff2.dat的内容是一样的，想用就自己把内容覆盖掉原先的即可

作者
Author: szp12345 时间: 2024-4-15 16:50

sobereva 发表于 2023-2-15 06:05
sobtop的参数文件形式和gaff2.dat的内容是一样的，想用就自己把内容覆盖掉原先的即可

卢老师您好，使用AmberTools里面的ATOMTYPE_GFF2.DEF替换sobtop文件夹中的ATOMTYPE_GFF.DEF吗？还需要替换其它文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 01:03

szp12345 发表于 2024-4-15 16:50
卢老师您好，使用AmberTools里面的ATOMTYPE_GFF2.DEF替换sobtop文件夹中的ATOMTYPE_GFF.DEF吗？还需要替 ...

显然得把bonded_param.dat里的参数替换成gaff2.dat的

作者
Author: szp12345 时间: 2024-4-16 10:08

sobereva 发表于 2024-4-16 01:03
显然得把bonded_param.dat里的参数替换成gaff2.dat的

好的，我尝试一下，感谢卢老师

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-5-22 12:30

sobereva 发表于 2023-2-15 06:05
sobtop的参数文件形式和gaff2.dat的内容是一样的，想用就自己把内容覆盖掉原先的即可

老师你好，关于这个问题“即使GAFF2还未在文献中公开发表，但原则上讲，GAFF2是在GAFF的基础上改进的，是不是应该比GAFF更好一点呢？”
想问一下，我要研究油-表面活性剂-水体系，但文献中对gaff2力场应用于表面活性剂的研究几乎没有，考虑到未发表以及文献支撑少，这种情况应该首选gaff还是改进后的gaff2？
（对于油相通过密度测试已知gaff2力场下密度与实验更接近）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-23 06:21

xishaofan 发表于 2025-5-22 12:30
老师你好，关于这个问题“即使GAFF2还未在文献中公开发表，但原则上讲，GAFF2是在GAFF的基础上改进的，是 ...

当前模拟结果可以证明用GAFF2更适当，建议用GAFF2，并且可以在文中提及比GAFF结果更好

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-5-23 09:57

sobereva 发表于 2025-5-23 06:21
当前模拟结果可以证明用GAFF2更适当，建议用GAFF2，并且可以在文中提及比GAFF结果更好

好的，谢谢sob老师！

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