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[其它程序] 求助使用在线acpype(gaff和gaff2)生成乙醇的拓扑文件参数差别较大

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楼主
各位老师,同学好我使用在线的acpype来产生乙醇的拓扑文件,分别使用了gaff和gaff2,发现得到的乙醇的拓扑文件中,氧原子和氢原子的sigma和epsilon两个参数有较大差别,数据如下:
gaff
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
c3       c3          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
hc       hc          0.00000  0.00000   A     2.64953e-01   6.56888e-02 ; 1.49  0.0157
h1       h1          0.00000  0.00000   A     2.47135e-01   6.56888e-02 ; 1.39  0.0157
oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.06647e-01   8.80314e-01 ; 1.72  0.2104
ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000


gaff2
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
c3       c3          0.00000  0.00000   A     3.39771e-01   4.51035e-01 ; 1.91  0.1078
hc       hc          0.00000  0.00000   A     2.60018e-01   8.70272e-02 ; 1.46  0.0208
h1       h1          0.00000  0.00000   A     2.42200e-01   8.70272e-02 ; 1.36  0.0208
oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.24287e-01   3.89112e-01 ; 1.82  0.0930
ho       ho          0.00000  0.00000   A     5.37925e-02   1.96648e-02 ; 0.30  0.0047


请问这种差别影响大吗?谢谢!

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2#
发表于 Post on 2020-10-9 20:09:10 | 只看该作者 Only view this author
鉴于GAFF2还没有在文章里公开发表,为稳妥建议先用GAFF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 20:11:03 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师。

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