计算化学公社

标题: windows版gromacs gpu加速不同电脑配置正式运行动力学模拟的速度 [打印本页]

作者
Author: 何青衿 时间: 2023-2-22 23:00
标题: windows版gromacs gpu加速不同电脑配置正式运行动力学模拟的速度
最近刚接触win版gromacs gpu加速版（2020.6），，太玄幻了

期初用的笔记本（荣耀的全能本：R7-5800H＋RTX3050）（ntmpi 1 -ntomp 10）跑的一组蛋白质配体复合物（2000个原子）最普通的水盒子的动力学模拟，跑100ns，跑完cmd界面给出的平均速度是 40ns左右/天，，然后换了个台式电脑I5-12400F+RTX3050（ntmpi 1 -ntomp 10）跑相同的一组蛋白质配体复合物，100ns，平均速度是80ns左右/天。。我就开始不满足了！再之后我借到了几台好电脑。
台式：I5-10500＋RTX3090（ntmpi 1 -ntomp 10）——跑的复合物与上面的是一个，下面几个电脑跑的都是上面的复合物，也100ns，平均速度是160ns/天（不知道这个速度正不正常

）
台式：I7-13700K＋四张RTX3070ti（ntmpi 4 -ntomp 6）——100ns，平均速度就50ns/天

台式：E5-2698V3+RTX3090（ntmpi 1 -ntomp 32）——100ns，平均速度150左右ns/天

想问问大佬，，
ntmpi 和 ntomp的值是决定相同一组复合物动力学模拟的速度的吗
还是有什么秘术或是口诀，小白求大佬指导

作者
Author: 何青衿 时间: 2023-2-22 23:04
问了借我电脑的朋友，，他们也觉得玄幻，不知道是啥决定了计算的速度

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-2-22 23:30
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-2-22 23:31 编辑

首先，不要使用Windows做计算。刚刚还在一个帖子里讲过这事 http://bbs.keinsci.com/thread-35297-1-1.html

其次，不要闭门造车，认真看开发者给的东西：
https://manual.gromacs.org/current/manual-2023.pdf
https://aip.scitation.org/doi/full/10.1063/5.0018516

最后，多看看网络上他人经验，例如：
http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-30061-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-27072-1-1.html

作者
Author: 何青衿 时间: 2023-2-23 12:34

Entropy.S.I 发表于 2023-2-22 23:30
首先，不要使用Windows做计算。刚刚还在一个帖子里讲过这事 http://bbs.keinsci.com/thread-35297-1-1.html ...

无头苍蝇了哈哈哈，，谢谢大佬！！！

作者
Author: hugromacs 时间: 2024-12-5 00:39
为什么输入nb-gpu，显卡仍然是不工作呢

作者
Author: 星桥火树彻明开 时间: 2025-4-8 21:25

hugromacs 发表于 2024-12-5 00:39
为什么输入nb-gpu，显卡仍然是不工作呢

请问同学这个问题解决了吗？我的是华硕的全能本AMD R7 6500H，RTX3050，我也是这个问题

作者
Author: hugromacs 时间: 2025-6-10 15:49

星桥火树彻明开发表于 2025-4-8 21:25
请问同学这个问题解决了吗？我的是华硕的全能本AMD R7 6500H，RTX3050，我也是这个问题

多试试好像就可以了，要不你试试我的命令

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