编译了Windows版的Gromacs-2023-CUDA，但是win下运行mdrun似乎比linux慢很多？

王尔德 · 发表于 Post on 2023-2-22 16:59:46

根据社长的帖子和@lmch的提示，我编译了下Window 11版本的Gromacs-2023-CUDA：

测试了一个小体系：
硫酸锌溶液，10437个原子，5x5x5盒子，跑1ns。
gmx mdrun -v -deffnm 1 -nt 2/4/8/16 -update gpu

组里服务器配置：CentOS 7，Platinum 8168，24c24t（超线程关），内存172G，2080ti
我电脑配置：Win 11，3700X，8c16t（超线程开），内存32G，3080 10G

MD速度对比：

小白问题：

（1）为什么Win下CUDA加速的MD能慢这么多，只有Linux下的一半，是编译的问题吗？
（2）还是Win本身的特质导致的慢？
（3）有可能是开了超线程的问题？据我观察，在跑MD的时候，比如-nt 8，任务管理器是前8个框占满了，这相当于跑在前4个物理核上面吗，因为超线程调度导致不是用的8物理核？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-2-22 19:46:39

不要使用win版，win系统极为臃肿，不适合跑HPC任务。别扯“可以在win上跑测试模拟”之类的论调，通过ssh连接一个正经Linux物理机，配合samba共享，和在win本地使用没区别。

lyj714 · 发表于 Post on 2023-2-22 20:15:24

本帖最后由 lyj714 于 2023-2-22 20:18 编辑

过多的讨论win速度现在已经没啥意义了，特别是和linux对比，和gaussian类比一个道理。具体原因也有很多，我这么告诉你，开发者根本就不在乎Windows平台速度，代码根本没有考虑Windows平台编译器优化问题。

hugromacs · 发表于 Post on 2024-12-5 00:40:40

老哥，为什么跑最后md的时候，明明输入的nb-gpu，显卡仍然是不工作的呢

Huschein · 发表于 Post on 2024-12-5 03:35:04

合理这就是win的速度

pycydykyjs · 发表于 Post on 2025-4-15 11:43:37

hugromacs 发表于 2024-12-5 00:40
老哥，为什么跑最后md的时候，明明输入的nb-gpu，显卡仍然是不工作的呢

我在云电脑上也遇到了类似的问题，但是网吧和自己的电脑都能跑满

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