计算化学公社

标题: 做AIMD时输入结构优化后还有必要在常温常压下做弛豫吗 [打印本页]

作者
Author: luzujia 时间: 2023-2-28 15:42
标题: 做AIMD时输入结构优化后还有必要在常温常压下做弛豫吗
最近想用CP2K算一下高温分解动力学，用cif文件扩展的超胞作为输入结构。看了领域内一个大佬课题组的文章，发现他们在对超胞进行优化后还在常温常压下进行NPT弛豫，再拿弛豫好的结构跑高温下的NVT动力学。我个人感觉只要动力学能正常跑起来，弛豫没太大必要，如果cif给出的晶体结构质量够好，甚至优化都可以不做。不知道这个看法对不对，请大佬们为我解惑。
其实本来也不想太纠结这个问题，想着把活先干了再说，但我自己的结构弛豫了10ps从势能曲线看还是没平衡，不想再续算了，故有此问。

作者
Author: luzujia 时间: 2023-2-28 19:30
用xTB方法跑的，补一下这4个结构在常温常压下的势能曲线。可以看到，前三个曲线基本还能算平衡了，第4个明显没平衡。计算资源比较有限，所以想问前辈们能否忽略弛豫步骤。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-2 07:01
对

但注意NVT的盒子尺寸问题。假设忽略了温度导致的体系膨胀问题，理应先做NPT达到盒子尺寸的平衡，再用平均盒子尺寸做NVT。
没前提情况下，高温模拟时也没理由必须用NVT，用NPT完全可以，此时还能自然而然地合理考虑热膨胀效应

作者
Author: luzujia 时间: 2023-3-2 12:03

sobereva 发表于 2023-3-2 07:01
对

但注意NVT的盒子尺寸问题。假设忽略了温度导致的体系膨胀问题，理应先做NPT达到盒子尺寸的平衡，再用 ...

谢谢社长解惑！
您说的盒子尺寸平衡问题，是在什么温度下跑动力学就应该在什么温度下用NPT对盒子尺寸进行平衡吧？
如果是高温模拟的话可能盒子还没平衡，分解就已经开始了？
如果是这样那就按您说的直接用NPT跑高温动力学就好了，但在用VMD做wrap的时候又很麻烦，目录我能想到的方法就是参考http://bbs.keinsci.com/thread-3552-1-1.html中十楼的说法把cp2k输出的盒子信息包装成xst文件，不知道还有没有更方便的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-2 14:21

luzujia 发表于 2023-3-2 12:03
谢谢社长解惑！
您说的盒子尺寸平衡问题，是在什么温度下跑动力学就应该在什么温度下用NPT对盒子尺寸进 ...

是

可能

VMD做wrap丝毫不麻烦，简单极了。什么xst那才是舍近求远

NPT下你让CP2K的动力学轨迹以pdb格式产生，里面就包含每帧的盒子信息，直接就能用pbc wrap

作者
Author: 936039846 时间: 2024-6-2 10:16
为什么用超胞而不用原胞呢，原胞明明更节约计算量

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2024-6-2 10:49

936039846 发表于 2024-6-2 10:16
为什么用超胞而不用原胞呢，原胞明明更节约计算量

我的理解是，CP2K用的单gamma点，所以需要大点的超胞做AIMD

作者
Author: 936039846 时间: 2024-6-3 09:14

相信永远的雪发表于 2024-6-2 10:49
我的理解是，CP2K用的单gamma点，所以需要大点的超胞做AIMD

vasp也是这样吗

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2024-6-3 20:42

936039846 发表于 2024-6-3 09:14
vasp也是这样吗

VASP可以使用多个K点做AIMD。但一般AIMD也用超胞来做

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)