vmd中怎么显示模拟盒子的边界

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-6-17 21:46:39

请问各位老师，我把MS中得到的xtd文件转化为xyz格式后导入到VMD中，出现了下面图中显示的情况。想请教各位老师
1、怎么在VMD中显示周期性盒子边界
2、VMD中出现粒子跑散的现象，怎么只显示一个周期内的粒子，也就是说怎么得到和MS中显示的最终构象相似的图像

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-17 22:29:33

没办法，xyz格式不包含盒子信息，VMD里显示不了边界
除非通过特殊手段，写perl脚本，把MS里每一帧盒子信息导出来再利用脚本读入VMD，脚本得你自己写。

通过修改MS的xtd->xyz转化脚本，应该有办法把考虑了PBC的轨迹导出来。可以看看help琢磨琢磨

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-6-17 23:05:47

sobereva 发表于 2016-6-17 22:29
没办法，xyz格式不包含盒子信息，VMD里显示不了边界
除非通过特殊手段，写perl脚本，把MS里每一帧盒子信息 ...

sob老师，我用pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc box -onpbc wrap -all
添加了盒子并将分子wrap到一个盒子中，但出现了一个新问题，周期性边界上的水分子上下连了起来，想请教下该怎么解决

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-17 23:08:39

qw7706885er 发表于 2016-6-17 23:05
sob老师，我用pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc box - ...

drawing method用dynamic bonds

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-6-18 10:39:51

sobereva 发表于 2016-6-17 23:08
drawing method用dynamic bonds

老师，我换成dynamicbonds后，发现很多水分子直接连在一起了，调节distance cutoff得到的结果也不太理想

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-18 10:51:51

qw7706885er 发表于 2016-6-18 10:39
老师，我换成dynamicbonds后，发现很多水分子直接连在一起了，调节distance cutoff得到的结果也不太理想
...

distance cutoff调节不管用那就没其它办法了

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-6-18 11:12:03

sobereva 发表于 2016-6-18 10:51
distance cutoff调节不管用那就没其它办法了

老师我想问下有没有办法分开设置甲烷分子中C-H键和水分子中O-H键的distance cutoff

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-18 12:40:12

qw7706885er 发表于 2016-6-18 11:12
老师我想问下有没有办法分开设置甲烷分子中C-H键和水分子中O-H键的distance cutoff

点数字键1，然后点不同的分子，如果命令行窗口里显示的residue是不同的，而且结构文件里甲烷和是分子的分开记录的，比如水分子是1-1000，甲烷是1001-1500分子，那么representation你建立两个，一个是residue 1 to 1000，一个是residue 1001 to 1500。分别设distance cutoff

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-6-18 16:01:43

sobereva 发表于 2016-6-18 12:40
点数字键1，然后点不同的分子，如果命令行窗口里显示的residue是不同的，而且结构文件里甲烷和是分子的分 ...

恩恩知道了谢谢老师

tobeant · 发表于 Post on 2016-6-21 09:00:24

1.如果ms中运行的是nvt
在vmd中pbc wrap -center unitcell -compound resid -all
然后pbc set ｛a b c｝
再pbc box
2. 如果ms中运行的是npt
从ms中把输出盒子尺寸信息修改成xst格式
在vmd中pbc readxst file.xst -all
pbc wrap ...
pbc box

以上两种情况我都测试过，没有问题，关键是pbc wrap 中的-compound选项可以保证在wrap
过程中resid不发生分离

tobeant · 发表于 Post on 2016-6-21 09:03:19

顺序写反了
先pbc set 再pbc wrap
手机回复比较麻烦，见谅

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-7-1 18:28:51

tobeant 发表于 2016-6-21 09:03
顺序写反了
先pbc set 再pbc wrap
手机回复比较麻烦，见谅

谢谢老师

qw7706885er · 发表于 Post on 2016-7-1 18:38:53

tobeant 发表于 2016-6-21 09:03
顺序写反了
先pbc set 再pbc wrap
手机回复比较麻烦，见谅

请问老师，在MS里将输出盒子尺寸信息修改成xst格式应该怎么改，刚学不太懂这些

tobeant · 发表于 Post on 2016-7-4 13:59:20

qw7706885er 发表于 2016-7-1 18:38
请问老师，在MS里将输出盒子尺寸信息修改成xst格式应该怎么改，刚学不太懂这些

xst就是记录了轨迹中每一帧的盒子信息格式非常简单从ms里面复制出来简单修改即可 xst具体格式信息可以看NAMD软件的手册

一整块扣肉 · 发表于 Post on 2022-3-23 16:28:31

怎么修改盒子的框线呀？

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[VMD] vmd中怎么显示模拟盒子的边界

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