计算化学公社

标题: 用sobtop生成NADP+拓扑文件之后必须要计算RESP电荷吗？ [打印本页]

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-11 12:17
标题: 用sobtop生成NADP+拓扑文件之后必须要计算RESP电荷吗？
大家好，最近再跟着卢老师的GROMACS课程学习MD，学习到蛋白复合物MD这一块的时候，有一个地方想请教下大家，就是如果我使用Sobtop来产生NADP+的拓扑文件的话，是不是必须再计算下RESP电荷呢？如果不计算是不是意味着之后MD的结果是错误的或者说不准确。因为我看利用multiwfn计算RESP的话，需要先用高斯这个程序，而我自己目前还未接触过高斯这个软件，所以会有以上疑问，谢谢大家的回答。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-11 12:31
原子电荷显然必须得有，要不然怎么描述NADP+与其它原子间的静电相互作用。
RESP电荷不是唯一选择，但通常是很好的选择。如果是特定溶剂环境下模拟，RESP2(0.5)电荷更好，下文说了
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

用懒人脚本不需要你会用Gaussian，只要能把Gaussian装上就完了，看
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

没有Gaussian也可以ORCA+Multiwfn产生。看
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-17 08:07
谢谢老师！

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