计算化学公社

标题: 对于Molclus的使用方法求助，想要使用Xshell在超算上提交PBS作业 [打印本页]

作者
Author: for_you 时间: 2023-4-17 21:25
标题: 对于Molclus的使用方法求助，想要使用Xshell在超算上提交PBS作业
本帖最后由 for_you 于 2023-4-18 00:42 编辑

使用Xshell在超算上提交PBS作业，通过gentor结合molclus进行分子构象搜索的使用方法求助：

学生平时在Xshell上提交Gaussian的计算任务的步骤为，1、打开Xshell软件，点击‘新建文件传输’，将左侧电脑的两个文件(将所要计算的.com结构文件以及已经设置好的.pbs命令文件)复制到右侧的超算系统的已指定文件夹中。2、在命令输入窗口中，先输入：cd+空格+文件夹名称，进入该文件夹；随后输入：qsub+空格+文件名.pbs，提交任务。

在Molclus主页中提示：有molclus用户针对在集群上通过PBS作业提交方式使用molclus的方法做了介绍，见：http://bbs.keinsci.com/thread-15598-1-1.html。

对于“分子构象/团簇构型搜索"洗剪吹一条龙"PBS作业提交脚本包”压缩包来说，我的想法是，

将压缩包解压后直接复制到Xshell新建文件传输的超算系统中；

再把包含结构信息的输入文件.xyz放置于gentor目录下并修改.ini文件，同时修改molclus_g16.pbs里队列名、所用核数等信息。
最后在命令输入窗口中输入qsub molclus_g16.pbs提交脚本，对输入结构进行初始构型产生以及让molclus软件调用Gaussian16进行优化和初筛。

学生想从超算上进行构象搜索操作，请问这样可以调用Gaussian程序吗？

作者
Author: sai77 时间: 2023-4-18 09:36
行不行试试不就知道了？
报错再说

作者
Author: for_you 时间: 2023-4-18 19:14

sai77 发表于 2023-4-18 09:36
行不行试试不就知道了？
报错再说

也对

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