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标题: 求助，gromacs做含金属蛋白的金属参数在哪里找 [打印本页]

作者
Author: TL131242 时间: 2023-5-13 09:13
标题: 求助，gromacs做含金属蛋白的金属参数在哪里找
看过前面帖子里面提到的文献发现没有我需要的Sc3+离子，根据sob老师说的在谷歌学术上搜索也搜不到相关文章。这种情况该怎么办。

作者
Author: 风起~ 时间: 2023-5-13 13:13
MCPB可以么

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-13 15:50
可以用UFF力场的参数。sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）处理含有过渡金属的情况，如下文，一般都是给过渡金属自动用UFF的离子参数
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

作者
Author: TL131242 时间: 2023-5-15 08:54

sobereva 发表于 2023-5-13 15:50
可以用UFF力场的参数。sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）处理含有过渡金属的情况，如下文，一般都 ...

谢谢sob老师

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