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标题: 求助：用sobtop生产的力场计算液相体系时，盒子不断扩大成气相体系是为何？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2023-5-18 11:05
标题: 求助：用sobtop生产的力场计算液相体系时，盒子不断扩大成气相体系是为何？
本帖最后由 yee 于 2023-5-31 19:34 编辑

用sobtop生成GAFF力场，物质是C2H2F2（制冷剂R32），mdp设置为液相温度与压力，跑完npt后盒子扩散得很大，密度不断降低，不属于液相体系，请问如何解决？用sobtop生成其他物质，R134a，R1234yf计算液相时没有出现这种情况，都是能跑出液相密度的。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 15:03
要么拓扑文件有问题，没上传没法说，要么mdp有问题，没上传没法说
另外，不管什么力场，计算的沸点总是有误差的，别设得离沸点太近

作者
Author: yee 时间: 2023-5-31 19:34

sobereva 发表于 2023-5-18 15:03
要么拓扑文件有问题，没上传没法说，要么mdp有问题，没上传没法说
另外，不管什么力场，计算的沸点总是有 ...

已经设置到远离饱和温度了，但是仍然是跑成气相体系。文件已上传，麻烦老师帮帮看看

作者
Author: yee 时间: 2023-5-31 19:36

sobereva 发表于 2023-5-18 15:03
要么拓扑文件有问题，没上传没法说，要么mdp有问题，没上传没法说
另外，不管什么力场，计算的沸点总是有 ...

我还计算了其他的氢氟烃和氢氟烯烃，密度误差都很小，只有这一个跑不出来

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-1 03:53
温度从很低一点点往上提升，反复模拟，弄清楚当前计算条件下的实际临界温度是多少

作者
Author: yee 时间: 2023-6-1 10:44

sobereva 发表于 2023-6-1 03:53
温度从很低一点点往上提升，反复模拟，弄清楚当前计算条件下的实际临界温度是多少

实验中2MPa时，临界温度是304.58K，我现在设置到283.15K，2MPa时，还是跑不出来液相体系。这个物质好像也没有什么特殊的原子和键，怎就跑不出来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-1 12:20

yee 发表于 2023-6-1 10:44
实验中2MPa时，临界温度是304.58K，我现在设置到283.15K，2MPa时，还是跑不出来液相体系。这个物质好像也 ...

尝试更低的温度，直到跑出来液态

也可以尝试其它力场，诸如CGenFF

原子电荷怎么得到的也要交代。

作者
Author: yee 时间: 2023-6-2 17:50

sobereva 发表于 2023-6-1 12:20
尝试更低的温度，直到跑出来液态

也可以尝试其它力场，诸如CGenFF

电荷是通过论坛里的Multiwfn教程得出的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-3 01:32

yee 发表于 2023-6-2 17:50
电荷是通过论坛里的Multiwfn教程得出的

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
自觉说清楚哪个教程、什么原子电荷、什么计算级别，我没隔空读心术

作者
Author: yee 时间: 2023-6-3 12:36

sobereva 发表于 2023-6-3 01:32
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http: ...

http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
根据这个一行命令 ./RESP.sh r32.pdb 0 1 gas 得出的chg文件，再放到sobtop生成的力场里进行计算的

作者
Author: thou 时间: 2023-6-3 13:12

yee 发表于 2023-6-1 10:44
实验中2MPa时，临界温度是304.58K，我现在设置到283.15K，2MPa时，还是跑不出来液相体系。这个物质好像也 ...

从200K逐渐升温试试？

作者
Author: yee 时间: 2023-6-5 10:36

thou 发表于 2023-6-3 13:12
从200K逐渐升温试试？

好的，我试试，但是如果饱和温度相差这么远，我后面还要加入别的物质控制温度的时候就不好调整了，意义也不大了

作者
Author: 张珂 时间: 2023-6-5 12:57
以前遇到过初始结构的密度太小，会跑成气态密度，试着再增大初始结构的密度试试？

作者
Author: Huschein 时间: 2023-6-5 19:20
等温可压缩系数的问题吧，感觉一般可能没什么人关注这个

作者
Author: yee 时间: 2023-6-5 21:18

Huschein 发表于 2023-6-5 19:20
等温可压缩系数的问题吧，感觉一般可能没什么人关注这个

有可能，我找找

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