计算化学公社

标题: 各来源谐振校正因子汇总表格 [打印本页]

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-28 13:00
标题: 各来源谐振校正因子汇总表格
本帖最后由 liyuanhe211 于 2022-10-19 21:17 编辑

因为想写个小东西要用到，将http://sobereva.com/221中的几种来源的校正因子总结到了一张表格里，查找起来稍微方便点：

要可搜索版网页可以去：https://github.com/liyuanhe211/C ... blob/main/README.md

如发现其他来源的校正因子可以补充

20160728 更新 10.1002/jcc.23073 中 pc 系列基组的校正因子
20160811 更新 10.1021/acs.jctc.6b00554 中的校正因子
20170313 更新 10.1021/acs.jpca.6b12147 中的校正因子；统一有效数字为4位（注意有些文献中的数值只有3位或2位有效数字，对此敏感的应自行查证）

20170313 更新： (, 下载次数 Times of downloads: 2206)

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作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-28 13:20
非常好。

以后打算自己拟合一套主流泛函+主流基组的校正因子，比如M06-2X/def2-SVP居然没有，实在难受

另外pc系列基组的校正因子在这篇里面有，可以补充上去J. Comp. Chem., 33, 2380 (2012)

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-28 14:43

sobereva 发表于 2016-7-28 13:20
非常好。

以后打算自己拟合一套主流泛函+主流基组的校正因子，比如M06-2X/def2-SVP居然没有，实在难受

已补充 (⊙▽⊙)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-10 12:29
JCTC上刚出来几个杂化泛函的频率校正因子

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-10 21:49
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-8-10 22:36 编辑

sobereva 发表于 2016-8-10 12:29
JCTC上刚出来几个杂化泛函的频率校正因子

好像传错了文献，搜了一下是这个么：10.1021/acs.jctc.6b00554？回去加上

(, 下载次数 Times of downloads: 122)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-11 00:10

liyuanhe211 发表于 2016-8-10 21:49
好像传错了文献，搜了一下是这个么：10.1021/acs.jctc.6b00554？回去加上

嗯对，传错了，就是这篇
不过这篇令我很失望，常用的双杂化就给了B2PLYP这一个。

作者
Author: 一声叹息010 时间: 2016-8-23 19:15
赞，感谢整理与分享

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-10 23:19
新的一批校正因子：DOI: 10.1021/acs.jpca.6b12147

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-3-13 14:21

sobereva 发表于 2017-3-10 23:19
新的一批校正因子：DOI: 10.1021/acs.jpca.6b12147

已更新

这篇文章作者引用 NIST 的数据似乎是手打进去的

：

(, 下载次数 Times of downloads: 112)

作者
Author: 不懂计算 时间: 2017-11-26 20:06
请问下LC-wPBE/6-311++G(d,p)的校正因子有吗？表格里查不到

作者
Author: 见见 时间: 2018-3-24 17:14
表格里没有相应的校正因子的话，除了自己拟合还有别的办法么？完全不懂啊

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2018-5-9 11:37
请问一下，做完IRC后，freq=projected得到的结果，需要做频率校正吗？

作者
Author: ysh 时间: 2018-10-31 20:24
太强大了，居然有那么多。

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-12 17:02

sobereva 发表于 2017-3-10 23:19
新的一批校正因子：DOI: 10.1021/acs.jpca.6b12147

请问sob老师，这个校正因子校正的是拉曼的波数吧？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-13 00:25
想问一下我现在系统是用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP优化并计算频率，但是发现好像只有ZPE的矫正量，没有另外两个的矫正量，想问一下这种情况下怎么处理另外两个的矫正量？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 00:37

zhangwei2713 发表于 2019-1-12 17:02
请问sob老师，这个校正因子校正的是拉曼的波数吧？

红外和拉曼用的都一样

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 00:37

wuzhiyi 发表于 2019-6-13 00:25
想问一下我现在系统是用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP优化并计算频率，但是发现好像只有ZPE的矫正量，没有另外两 ...

问题没头没尾，“另外两个”指代不明，问题和当前帖子没直接关系

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-13 06:19
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-6-13 06:36 编辑

sobereva 发表于 2019-6-13 00:37
问题没头没尾，“另外两个”指代不明，问题和当前帖子没直接关系

不好意思,我最近研读了[谈谈谐振频率校正因子]一文，我的理解是要算热矫正量的话需要计算三个值， ZPE， ΔH和T*S。但因为泛函和基组的选择，需要加上校正因子来消除对泛函和基组的依赖。对于一些泛函比如B3LYP/6-31G**+，我们可以找到三个校正因子ZPE=0.9829，H(T)-H(0)=1.0053 ，S(T)=1.0080。当我们要计算某系统在310K的热矫正量时，就导入fch文件，填入校正因子ZPE=0.9829得到矫正后的ZPE，然后填入校正因子H(T)-H(0)=1.0053得到ΔH，最后填入310K和校正因子S(T)=1.0080得到T*S，最后的热矫正量就是ZPE+ΔH-T*S。

我最近做的一个项目，结构优化用的是B3LYP-B3(BJ)/def2-tzvp，但查表后只看打校正因子ZPE，未见校正因子H(T)-H(0)和S(T)，所以很好奇在这种情况下如何计算热矫正量的ΔH和T*S部分。是直接按校正因子=1.0来计算，还是可以把B3LYP/TZV2P的搬过来用?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 22:43

wuzhiyi 发表于 2019-6-13 06:19
不好意思,我最近研读了[谈谈谐振频率校正因子]一文，我的理解是要算热矫正量的话需要计算三个值， ZPE， ...

TZV2P的没有意义

当成1.0

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-6-13 22:47

sobereva 发表于 2019-6-13 22:43
TZV2P的没有意义

当成1.0

谢谢sob老师

作者
Author: 殷保祺 时间: 2019-7-6 22:27
本帖最后由殷保祺于 2019-7-6 22:29 编辑

我用的是B3LYP-D3(BJ)/aug-cc-pVTZ，我查不到这个泛函和基组的红外频率矫正因子，请问老师能指导一下吗？审稿人提出了这个要求

作者
Author: wangsj 时间: 2020-6-8 23:34

liyuanhe211 发表于 2016-7-28 14:43
已补充 (⊙▽⊙)

请问M06-2X/def2-SVP的频率校正因子在哪里？没有找到，谢谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-6-10 11:58

wangsj 发表于 2020-6-8 22:03
请问M06-2X/def2-SVP的频率校正因子在什么地方？没有看到

表中没有自己查，查不到自己做。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-10 12:33

wangsj 发表于 2020-6-8 23:34
请问M06-2X/def2-SVP的频率校正因子在哪里？没有找到，谢谢！

自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法
http://sobereva.com/391（http://bbs.keinsci.com/thread-6907-1-1.html）

作者
Author: quora 时间: 2020-6-21 11:20
这个校正因子，B3LYP/6-31g（d）的有三个数值哎，不知道使用哪个，sob老师使用0.9806

作者
Author: lzh2181439 时间: 2020-6-25 19:39
本帖最后由 lzh2181439 于 2020-6-25 19:45 编辑

您好，能麻烦问一下B3LYP/6-31G(d,p)的ZPE、焓变、熵的三个校正因子是怎么得到的？我在J. Phys. Chem. A, 111, 11683-11700 (2007)里面没找到。是因为太少用所以通过相近项拟合得到的吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-6-25 20:20

lzh2181439 发表于 2020-6-25 19:39
您好，能麻烦问一下B3LYP/6-31G(d,p)的ZPE、焓变、熵的三个校正因子是怎么得到的？我在J. Phys. Chem. A, 1 ...

都是文献里写的。至于在文献什么地方我现在没空回去看。仔细看看吧。

作者
Author: lzh2181439 时间: 2020-6-25 20:49

liyuanhe211 发表于 2020-6-25 20:20
都是文献里写的。至于在文献什么地方我现在没空回去看。仔细看看吧。

谢谢LI老师，我再回去看看。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-29 01:45

lzh2181439 发表于 2020-6-25 19:39
您好，能麻烦问一下B3LYP/6-31G(d,p)的ZPE、焓变、熵的三个校正因子是怎么得到的？我在J. Phys. Chem. A, 1 ...

看Radom的JPC 1996年的文章
ZPE有实验值，升温导致的焓变以及熵的“实验值”是基于实验的基频根据标准热力学公式算的

作者
Author: lzh2181439 时间: 2020-6-29 18:11

sobereva 发表于 2020-6-29 01:45
看Radom的JPC 1996年的文章
ZPE有实验值，升温导致的焓变以及熵的“实验值”是基于实验的基频根据标准热 ...

好的，谢谢社长！

作者
Author: lanthanum 时间: 2021-3-26 13:51
这些校正因子里面，既没有含D3校正的，也没有含溶剂模型的。那么在B3LYP/6-311G** em=GD3BJ opt freq scrf=SMD 后，用Shermo程序算热力学量时，sclZPE=应该给什么值？0.9888 还是 1.0 ? 群里社长回答说取1.0，我还是不太懂原因，为什么取1.0 呢？所以在这里再问一问，也许别的朋友也会有同样的疑问。谢谢解答。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-26 16:42

lanthanum 发表于 2021-3-26 13:51
这些校正因子里面，既没有含D3校正的，也没有含溶剂模型的。那么在B3LYP/6-311G** em=GD3BJ opt freq scrf= ...

D3校正和溶剂模型可以近似认为不影响校正因子，因为这两者主要影响低频振动，而校正因子只有对高频振动是可靠的，对于低频振动无论如何都不可能用一个固定的校正因子校正准。
我个人觉得两个都可以，用前者就是假设D3校正和溶剂模型的效应可以忽略不计，用1.0相当于是稍微牺牲一点精度来减少整个计算过程的经验性，两者都有道理。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-9-25 10:31
请问一下Truhlar算是哪类来源，参考文献应该怎么引

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-12-7 23:00
dx.doi.org/10.1021/jp508422u | J. Phys. Chem. A 2015, 119, 1701−1714
这里好像更新了一批带def2系列的基频和ZPE校正因子

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-24 21:21

sobereva 发表于 2017-3-10 23:19
新的一批校正因子：DOI: 10.1021/acs.jpca.6b12147

老师，我查下面文章中的校正因子，但是优化和频率用的M06/6-31G*，没有这个校正因子，可以M06/6-31G**的替代计算吉布斯自由能吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-25 18:30

xxzj 发表于 2021-12-24 21:21
老师，我查下面文章中的校正因子，但是优化和频率用的M06/6-31G*，没有这个校正因子，可以M06/6-31G**的 ...

可以

作者
Author: 美泽虎 时间: 2022-4-23 16:04
楼主您好！非常感谢您的分享！有一个问题想和您请教一下。请问在表中来源那块儿标注为Truhlar的具体是来自于哪一篇文献？我用了m06-2x/6-311+g(d,p)的scale factor，想引用这个scale factor来源的参考文献。我看您标注的来源是Truhlar，我就去web of science搜了Truhlar的文章，还去Truhlar课题组的网站搜索了一下，但是都没找到这个方法的scale factor，所以想和您咨询一下来源标注为Truhlar的具体是那一篇文献。麻烦您了！

作者
Author: 美泽虎 时间: 2022-4-23 16:18

美泽虎发表于 2022-4-23 16:04
楼主您好！非常感谢您的分享！有一个问题想和您请教一下。请问在表中来源那块儿标注为Truhlar的具体是来自 ...

又翻了翻官网找到啦！

作者
Author: kenhe 时间: 2022-7-22 13:39

美泽虎发表于 2022-4-23 16:18
又翻了翻官网找到啦！

请问你在引用Truhlar的数据时如何加参考文献的？

作者
Author: 美泽虎 时间: 2022-7-24 19:54

kenhe 发表于 2022-7-22 13:39
请问你在引用Truhlar的数据时如何加参考文献的？

我当时是去Truhlar课题组的官网考古找到的。你用这个网址进去找找看有没有你用的方法。https://comp.chem.umn.edu/freqscale/index.html

作者
Author: bxpu 时间: 2022-11-6 16:23
老师，我看这个表格没有多参考的频率校正因子，是多参考方法不需要考虑频率校正吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-6 16:37

bxpu 发表于 2022-11-6 09:23
老师，我看这个表格没有多参考的频率校正因子，是多参考方法不需要考虑频率校正吗？

因为多参考态方法的校正因子和活性空间大小有关，没办法拟合得到一套对所有体系都适用的校正因子。
当活性空间极其小（例如CAS(2,2)）的时候，CASSCF校正因子应该和HF类似，CASPT2/NEVPT2校正因子应该和MP2类似；当活性空间极其大的时候，多参考态方法的校正因子应该和CCSD(T)等很高精度的方法类似。但是没人说得准活性空间多小算小，多大算大。

作者
Author: bxpu 时间: 2022-11-7 11:07

wzkchem5 发表于 2022-11-6 16:37
因为多参考态方法的校正因子和活性空间大小有关，没办法拟合得到一套对所有体系都适用的校正因子。
当活 ...

我大概明白了，谢谢老师的回答！

作者
Author: hhwang 时间: 2022-11-8 17:17
楼主老师您好！非常感谢您的分享！有一个一直比较困惑的问题想向您请教一下，我看到您给出的频率校正因子是基频（Fundamentals），在Truhlar的官网上除了基频，还给出了谐振频率（Harmonic Frequencies），我看到sob老师自行拟合校正因子的文章也给出了两种频率校正因子http://sobereva.com/391，我们当前主要进行反应动力学的理论研究，我发现频率校正因子这个地方一直没有统一的用法，有些人用的是基频校正因子，有些用的是谐振频率校正因子，请问这两种频率有什么区别？应该用哪一种更合适呢？

作者
Author: sigma-jlu 时间: 2023-6-11 10:08

sobereva 发表于 2020-6-10 12:33
自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法
http://sobereva.com/391（http://bbs.keinsci.com/threa ...

很好的总结，卢老师建议的这个简单方法也很实用。
请教一个问题：不同泛函和基组之间，这个校正系数，是不是可以作为一个绝对基准将它们统一进行绝对比较？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-11 10:18

sigma-jlu 发表于 2023-6-11 10:08
很好的总结，卢老师建议的这个简单方法也很实用。
请教一个问题：不同泛函和基组之间，这个校正系数，是 ...

看不懂你的意思和目的

作者
Author: sigma-jlu 时间: 2023-6-11 12:11

sobereva 发表于 2023-6-11 10:18
看不懂你的意思和目的

意思：不同的方法，简化理解成来自理论的尺子，以来自实验的经验基准，通过零点与标准能量尺度，分别进行多理论方法的归零和归一。
目的：让不同来源的计算数据，以合理的方式，相互融合成较大的库。

表述如有不妥，请指正。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-12 10:38

sigma-jlu 发表于 2023-6-11 12:11
意思：不同的方法，简化理解成来自理论的尺子，以来自实验的经验基准，通过零点与标准能量尺度，分别进行 ...

频率校正因子就是用来消除特定级别（理论方法/基组）+方式（如谐振近似）下系统性误差用的，早已有巨量文章给出了不同级别的频率校正因子，已经是库的规模了。

作者
Author: xuejunfei1987 时间: 2023-12-19 16:12
sob老师，表中只有CCSD(T)/aug-cc-pVTZ的校正因子，没有关于CCSD(T)-F12a/aug-cc-pVTZ的校正因子，这个我也查不到，他们之间可以认为是一样的吗，可以用同样的校正因子吗

作者
Author: wyf0736 时间: 2024-7-11 04:06

美泽虎发表于 2022-4-23 16:04
楼主您好！非常感谢您的分享！有一个问题想和您请教一下。请问在表中来源那块儿标注为Truhlar的具体是来自 ...

M06-2X/6-311+G(d,p)的校正因子是是一篇未发表文章里面的，你是怎么引用的？

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