计算化学公社

标题: 请问这篇文献里覆盖率为0.5ML的原子个数比是否有问题？ [打印本页]

作者
Author: NGC626 时间: 2023-6-26 20:33
标题: 请问这篇文献里覆盖率为0.5ML的原子个数比是否有问题？
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-26 20:38 编辑

各位老师好，学生近期刚开始接触第一性原理计算，看到了10.1063/1674-0068/cjcp2101016这篇文献里的方法，我所理解的控制覆盖率的方法就是在gview里绘制结构时，控制吸附原子和第一层原子的个数比，但是他这个文献里0.5ML说的是2个衬底原子和2个吸附原子，请问是否应该是4个衬底原子和2个吸附原子呢？另外，学生很好奇，如果单纯使用CP2K可以重复这个文献里使用的方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 23:21
是（假设每个衬底原子都是吸附位点）

可以

作者
Author: NGC626 时间: 2023-6-27 09:26

sobereva 发表于 2023-6-26 23:21
是（假设每个衬底原子都是吸附位点）

可以

谢谢sob老师

作者
Author: NGC626 时间: 2023-6-27 22:12
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-27 22:14 编辑

sobereva 发表于 2023-6-26 23:21
是（假设每个衬底原子都是吸附位点）

可以

sob老师好，还有一个地方我不太明白，吸附结构经过优化之后，吸附原子的位置会发生偏离，请问如果想计算某个吸附位置的吸附能，是不是应该冻结这个吸附原子呢？如果不是的话，大致过程是什么样的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-27 23:39

NGC626 发表于 2023-6-27 22:12
sob老师好，还有一个地方我不太明白，吸附结构经过优化之后，吸附原子的位置会发生偏离，请问如果想计算 ...

不能冻结，否则得不到真实的吸附能。结构该怎么变怎么变

作者
Author: NGC626 时间: 2023-6-28 18:50
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-28 18:52 编辑

sobereva 发表于 2023-6-27 23:39
不能冻结，否则得不到真实的吸附能。结构该怎么变怎么变

sob老师好，我在计算碳原子在过渡金属上的吸附能的时候，构建了3层衬底原子，请问在结构优化的这一步，需不需要把衬底外围未和碳原子接触的原子做冻结呢？我看到在有些文献中，例如10.1016/j.jcrysgro.2021.126047，他们文章中说衬底层构建了7层原子，下面4层原子固定，上面3层原子未固定，然而经过我向作者求证，他们实际计算中只构建了上面3层原子且没有做冻结，请问他们这样做有何影响呢？如何区分在哪些情况下需要做冻结，哪些情况下不需要冻结呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 00:08

NGC626 发表于 2023-6-28 18:50
sob老师好，我在计算碳原子在过渡金属上的吸附能的时候，构建了3层衬底原子，请问在结构优化的这一步，需 ...

冻结最下面一层，其它都放开
一般至少最下面一层应当冻结，以确保在优化过程中维持体相结构，要不然底层可能出现明显的表面弛豫甚至重构，就和体相相差很大了

作者
Author: NGC626 时间: 2023-7-2 12:45
本帖最后由 NGC626 于 2023-7-2 12:54 编辑

sobereva 发表于 2023-6-29 00:08
冻结最下面一层，其它都放开
一般至少最下面一层应当冻结，以确保在优化过程中维持体相结构，要不然底层 ...

老师好，①我在用CP2K对铱层吸附3个碳原子的结构做opt时，按照您之前的建议选用了PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH，体系共40个原子，我的电脑是12核16G，但是目前已经计算了3天还没有结果，请问这样的耗时正常吗？另外还想咨询一下sob老师，假如我用ORCA计算碳原子在过渡金属上吸附的簇模型，所有的结构均在40个原子以内，②选用什么计算级别合适呢？③耗时会不会很长呢？④能否计算出碳原子最稳定的吸附位点，吸附结构，吸附能这些数据呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 01:29

NGC626 发表于 2023-7-2 12:45
老师好，①我在用CP2K对铱层吸附3个碳原子的结构做opt时，按照您之前的建议选用了PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT- ...

相关问题别在两个帖子问，在http://bbs.keinsci.com/thread-38338-1-1.html里我提到你的当前模型本身就有硬伤

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