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[CP2K] cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时,结构发生严重变形

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本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 08:41 编辑

各位老师好,我在利用CP2K对碳原子在过渡金属上的吸附模型做opt时,体系结构发生了严重的扭曲,如下左图所示,我用gview切出了100面,在上方放置了3个碳原子,覆盖率为0.25ML,选择的计算级别是PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH,体系共40个原子,但经过一段时间的结构优化后,体系扭曲为右图所示,我已将输入文件和输出文件上传至下方的压缩包,请问我的结构和输入文件存在哪些问题呢?

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优化前后.png

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发表于 Post on 2023-7-2 22:38:28 | 只看该作者 Only view this author
你也没上传cp2k输入文件吧

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发表于 Post on 2023-7-3 01:07:22 | 只看该作者 Only view this author
补充输入文件

文件压缩打包直接传论坛,没多大没必要传百毒网盘


看上去你的盒子明显不合理,平行于slab方向体系都不是周期性的,当前成了个簇,不变形才怪
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 08:41:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 08:44 编辑
sobereva 发表于 2023-7-3 01:07
补充输入文件

文件压缩打包直接传论坛,没多大没必要传百毒网盘

不好意思老师,已经重新上传文件。请问如何修改比较合适呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 08:42:54 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2023-7-2 22:38
你也没上传cp2k输入文件吧

不好意思老师,已重新上传文件
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发表于 Post on 2023-7-3 08:56:47 | 只看该作者 Only view this author
没用周期性结构,估计也没有固定边上的原子,就几个Ir原子不变形才奇怪

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发表于 Post on 2023-7-3 09:11:17 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-3 08:41
不好意思老师,已经重新上传文件。请问如何修改比较合适呢?

先恰当定义盒子,令平行于slab方向确实是周期性的,之后再说别的,这是最硬的伤
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 14:06:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 16:45 编辑
sobereva 发表于 2023-7-3 09:11
先恰当定义盒子,令平行于slab方向确实是周期性的,之后再说别的,这是最硬的伤

sob老师好,我在gview中设置了周期性结构,以下是我的几何结构和输入文件,3个碳原子吸附在Ir(111)面上,最下面一层的铱原子固定,请问这样定义盒子是否正确呢?

Ir(111)&C0.25ML.png (142.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

Ir(111)&C0.25ML.png

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发表于 Post on 2023-7-4 02:39:56 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-3 14:06
sob老师好,我在gview中设置了周期性结构,以下是我的几何结构和输入文件,3个碳原子吸附在Ir(111)面上, ...

太糟糕了
不能让slab斜着,通常都是平行于XY平面

PS:北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里面有大量slab体系的计算例子,包括研究表面吸附、表面反应的。建议你参考
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-4 09:32:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-4 02:39
太糟糕了
不能让slab斜着,通常都是平行于XY平面

谢谢sob老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-5 18:54:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-4 02:39
太糟糕了
不能让slab斜着,通常都是平行于XY平面

sob老师好,我按照您的讲义中的方法构建了碳原子在过渡金属的111面上的吸附模型,请问这样定义盒子是否正确呢?

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发表于 Post on 2023-7-6 09:27:03 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-5 18:54
sob老师好,我按照您的讲义中的方法构建了碳原子在过渡金属的111面上的吸附模型,请问这样定义盒子是否正 ...

模型没问题
记得定义k点、开smearing。此时没法用OT
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-6 09:38:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 09:27
模型没问题
记得定义k点、开smearing。此时没法用OT

嗯嗯,感谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-7 19:23:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 09:27
模型没问题
记得定义k点、开smearing。此时没法用OT

老师好,我按照您在博文http://sobereva.com/651中的指引,在结构优化的输入文件中指定了生成molden文件,但是计算完成后没有生成molden文件,以下的我的输入文件,请问是什么原因造成的呢?

test.inp

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发表于 Post on 2023-7-8 09:33:32 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-7 19:23
老师好,我按照您在博文http://sobereva.com/651中的指引,在结构优化的输入文件中指定了生成molden文件 ...

博文明确说了,考虑k点时没法产生molden文件
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