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[CP2K] cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时,结构发生严重变形

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本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 08:41 编辑

各位老师好,我在利用CP2K对碳原子在过渡金属上的吸附模型做opt时,体系结构发生了严重的扭曲,如下左图所示,我用gview切出了100面,在上方放置了3个碳原子,覆盖率为0.25ML,选择的计算级别是PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH,体系共40个原子,但经过一段时间的结构优化后,体系扭曲为右图所示,我已将输入文件和输出文件上传至下方的压缩包,请问我的结构和输入文件存在哪些问题呢?

优化前后.png (64.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

优化前后.png

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发表于 Post on 2023-7-2 22:38:28 | 只看该作者 Only view this author
你也没上传cp2k输入文件吧

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发表于 Post on 2023-7-3 01:07:22 | 只看该作者 Only view this author
补充输入文件

文件压缩打包直接传论坛,没多大没必要传百毒网盘


看上去你的盒子明显不合理,平行于slab方向体系都不是周期性的,当前成了个簇,不变形才怪
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 08:41:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 08:44 编辑
sobereva 发表于 2023-7-3 01:07
补充输入文件

文件压缩打包直接传论坛,没多大没必要传百毒网盘

不好意思老师,已经重新上传文件。请问如何修改比较合适呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 08:42:54 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2023-7-2 22:38
你也没上传cp2k输入文件吧

不好意思老师,已重新上传文件
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发表于 Post on 2023-7-3 08:56:47 | 只看该作者 Only view this author
没用周期性结构,估计也没有固定边上的原子,就几个Ir原子不变形才奇怪

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发表于 Post on 2023-7-3 09:11:17 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-3 08:41
不好意思老师,已经重新上传文件。请问如何修改比较合适呢?

先恰当定义盒子,令平行于slab方向确实是周期性的,之后再说别的,这是最硬的伤
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 14:06:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 16:45 编辑
sobereva 发表于 2023-7-3 09:11
先恰当定义盒子,令平行于slab方向确实是周期性的,之后再说别的,这是最硬的伤

sob老师好,我在gview中设置了周期性结构,以下是我的几何结构和输入文件,3个碳原子吸附在Ir(111)面上,最下面一层的铱原子固定,请问这样定义盒子是否正确呢?

Ir(111)&C0.25ML.png (142.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

Ir(111)&C0.25ML.png

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发表于 Post on 2023-7-4 02:39:56 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-3 14:06
sob老师好,我在gview中设置了周期性结构,以下是我的几何结构和输入文件,3个碳原子吸附在Ir(111)面上, ...

太糟糕了
不能让slab斜着,通常都是平行于XY平面

PS:北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里面有大量slab体系的计算例子,包括研究表面吸附、表面反应的。建议你参考
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-4 09:32:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-4 02:39
太糟糕了
不能让slab斜着,通常都是平行于XY平面

谢谢sob老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-5 18:54:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-4 02:39
太糟糕了
不能让slab斜着,通常都是平行于XY平面

sob老师好,我按照您的讲义中的方法构建了碳原子在过渡金属的111面上的吸附模型,请问这样定义盒子是否正确呢?

test.gjf

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发表于 Post on 2023-7-6 09:27:03 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-5 18:54
sob老师好,我按照您的讲义中的方法构建了碳原子在过渡金属的111面上的吸附模型,请问这样定义盒子是否正 ...

模型没问题
记得定义k点、开smearing。此时没法用OT
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-6 09:38:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 09:27
模型没问题
记得定义k点、开smearing。此时没法用OT

嗯嗯,感谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-7 19:23:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 09:27
模型没问题
记得定义k点、开smearing。此时没法用OT

老师好,我按照您在博文http://sobereva.com/651中的指引,在结构优化的输入文件中指定了生成molden文件,但是计算完成后没有生成molden文件,以下的我的输入文件,请问是什么原因造成的呢?

test.inp

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发表于 Post on 2023-7-8 09:33:32 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-7-7 19:23
老师好,我按照您在博文http://sobereva.com/651中的指引,在结构优化的输入文件中指定了生成molden文件 ...

博文明确说了,考虑k点时没法产生molden文件
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