计算化学公社

标题: 关于GROMACS模拟完后蛋白构象异形的问题 [打印本页]

作者
Author: 药神张仲景 时间: 2023-6-29 09:12
标题: 关于GROMACS模拟完后蛋白构象异形的问题
想问一下这种情况的MD模拟的蛋白构象正常吗？如果不正常需要怎样改进，谢谢！

作者
Author: pal 时间: 2023-6-29 09:16
周期性边界的问题，有些原子跑到盒子外了，就是显示问题

作者
Author: pal 时间: 2023-6-29 09:20

pal 发表于 2023-6-29 09:16
周期性边界的问题，有些原子跑到盒子外了，就是显示问题

http://bbs.keinsci.com/thread-16193-1-1.html

作者
Author: 药神张仲景 时间: 2023-6-29 09:21

pal 发表于 2023-6-29 09:16
周期性边界的问题，有些原子跑到盒子外了，就是显示问题

所以只需要校正周期性就可以吗？还是说需要重新定义盒子

作者
Author: pal 时间: 2023-6-29 10:24

药神张仲景发表于 2023-6-29 09:21
所以只需要校正周期性就可以吗？还是说需要重新定义盒子

按照后面跟的帖子试试

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-30 05:39
此文里搜trjconv，按里面说的处理轨迹PBC记录方式保留分子完整性就完了。跟盒子无关
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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