原子跑出周期性边界的显示问题

wzhang · 发表于 Post on 2020-2-1 16:40:43

在gromacs的SMD模拟过程中发现蛋白部分穿过周期性边界，在vmd中显示就比较奇怪。请问一下有没有什么办法让穿过周期性边界的原子显示正常？（还是一定要扩大盒子重新计算？但这样感觉计算体系更大了）

snljty · 发表于 Post on 2020-2-1 17:38:12

本帖最后由 snljty 于 2020-2-3 15:43 编辑

摘自卢老师的讲义。三种不同的方法。
1.

复制代码

组选system。
trr文件类似处理。
2.
VMD中使用DynamicBonds显示风格
3.VMD终端命令

复制代码

仅对当前帧重新判断。

Frank · 发表于 Post on 2020-2-1 19:19:20

pbc wrap -all

wzhang · 发表于 Post on 2020-2-3 15:39:58

snljty 发表于 2020-2-1 17:38
摘自卢老师的讲义。
1.

多谢！第一步就可以了

QYQ · 发表于 Post on 2024-5-23 17:16:42

snljty 发表于 2020-2-1 17:38
摘自卢老师的讲义。三种不同的方法。
1.

请问卢老师是什么课程呀，哪里可以找到

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[GROMACS] 原子跑出周期性边界的显示问题