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标题: 关于黏度模拟时一些参数的设置问题 [打印本页]

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Author: MercuryLamp 时间: 2023-7-2 13:55
标题: 关于黏度模拟时一些参数的设置问题
本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-7-3 10:35 编辑

各位老师们好，我在模拟一种液态烃在常温下的黏度时，发现周期扰动法模拟得到的黏度与实验值差异较大。

在查找论坛中之前相关讨论的帖子时，得知mdp参数设置、力场参数、用的模型等都会对结果有较大影响。目前我使用的是sobtop产生的GAFF力场，电荷为RESP2电荷。对模型的分子数（1000-10000）和加速度（0.01，0.025，0.05）分别做了测试，结果如下图所示（蓝线为模拟结果，橙色虚线为实验所测得的参考值）

我看到之前相关帖子中（http://bbs.keinsci.com/thread-21724-1-1.html）sob老师提到

体系从小到大可以做个结果的收敛性测试，直到确认盒子够大

但从目前结果来看，即使分子数达到了10000，盒子还不够大。
对于加速度的外推，由于在0.05时结果就已经偏大，外推至0的话似乎误差会更大。
对于模拟时间，我也尝试过跑更长的时间来减小统计误差，但发现跑20ns和2ns结果差异不大，因此，测试都只跑了2ns，取后1ns的结果求平均值。

不知接下来应该如何做，是否需要换用其他力场呢？还请各位老师指点，谢谢。

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