计算化学公社

标题: orca安装时openmpi编译错误 [打印本页]

作者
Author: morningya 时间: 2023-7-3 17:48
标题: orca安装时openmpi编译错误
麻烦各位老师帮忙看一下，万分感谢！
centos7版本的Linux，但是服务器不能使用yum命令，通过网上教程上传rpm包安装好了gcc,系统里面有gfortran。但是还是无法成功编译openmpi：checking for perl... noconfigure: error: "Open MPI requires perl. Aborting"

作者
Author: PoorChaos 时间: 2023-7-3 18:50
提示得很明白，Open MPI requires perl. Aborting 缺少perl

作者
Author: morningya 时间: 2023-7-3 21:56

PoorChaos 发表于 2023-7-3 18:50
提示得很明白，Open MPI requires perl. Aborting 缺少perl

嗯嗯，但是我先去网上查了一下，但是不知道该下载哪一个Perl文件

作者
Author: abin 时间: 2023-7-4 07:28
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html
不过，可能需要源码编译安装singularity。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-7-4 08:51
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-7-4 08:54 编辑

从你的截图看不出来有gfortran。最好再运行一下
which gfortran
gfortran --version
另外，如果你这机器可以重装系统，不妨新装一个（因为连十分基础的perl都没有、gcc还是刚通过rpm包安装的，基本上就是当初安装时装的是去掉大量选项的精简阉割版），新装一个系统多花的半小时~1小时，远比你在老系统里解决问题省时得多（因为你之后还会碰到很多问题）。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-7-4 15:26
服务器能联网吗

作者
Author: morningya 时间: 2023-7-5 15:55

zjxitcc 发表于 2023-7-4 08:51
从你的截图看不出来有gfortran。最好再运行一下
which gfortran
gfortran --version

好的，谢谢你，我问问导师能不能重新装一下

作者
Author: morningya 时间: 2023-7-5 15:58

hebrewsnabla 发表于 2023-7-4 15:26
服务器能联网吗

用的校园网，好像没办法通外网，所以也用不了yum命令，我昨天本来按照网上的rpm方法准备把缺少的依赖安装好的，但是rpm方法好麻烦，就没装好

作者
Author: morningya 时间: 2023-7-5 16:00

abin 发表于 2023-7-4 07:28
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html
不过，可能需要源码编译安装singularity。

谢谢！但是实验室的服务器没办法用yum命令。。

作者
Author: abin 时间: 2023-7-5 16:08

morningya 发表于 2023-7-5 16:00
谢谢！但是实验室的服务器没办法用yum命令。。

非root编译安装singularity/apptainer.

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-7-5 16:12
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2023-7-5 16:13 编辑

你都有root了，还不能联网，这就很费解了。建议问问管理员如何联网。

大概率是你没在服务器上登录校园网。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-5 16:25

hebrewsnabla 发表于 2023-7-5 16:12
你都有root了，还不能联网，这就很费解了。建议问问管理员如何联网。

大概率是你没在服务器上登录校园网 ...

看样子应该不是超算，系统是中文的红帽子，估计是很他们实验室自己的小工作站，然后很久之前的学生（已经毕业了）安装的系统，也没有什么管理员。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-7-5 16:45

乐平发表于 2023-7-5 16:25
看样子应该不是超算，系统是中文的红帽子，估计是很他们实验室自己的小工作站，然后很久之前的学生（已经 ...

是啊，小工作站应该是可以联网的。

作者
Author: chenjhust 时间: 2024-3-11 09:36
请问各位老师，我在服务器上安装的ORCA5.0.3,算完之后有这个输出的文件，里面有说有一些错误，我不懂安装和Linux系统的知识，只会简单操作，但是用这个安装的软件又能进行计算，想请老师们帮忙看看安装的有没有问题，算的结果是否可靠能用？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)