下载即用的ORCA 无需安装任何MPI

abin

链接: https://pan.baidu.com/s/1Yulco94tiwCEVQY3CzAyxQ 提取码: gj4y


## Installation

1. yum -y install singularity # centOS 7.x and old Fedora  
   
2. dnf -y install singularity   # centOS 8.x, CentOS Stream, Rocky Linux, Fedora 30 and new.
   
3. apt -y install singularity     # Debian/Ubuntu, or something alike.

复制代码

# need root permission and internet connection.


## Configure, switch to normal user.
mkdir $HOME/bin
cp orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF $HOME/bin
mv $HOME/bin/orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF $HOME/bin/orca5

## Run calculations.
orca5 Your-Input-File > Your-Output-File &

## Please note
Do not decompress orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF with any FXXKing tools on windows.
No need to install any MPI on your server.
Nothing to do with any MPI or any other applications on your server.

May not work on some HPC platforms, cuz the default path for $HOME is not '/home/username/'.
Anyway, '/tmp' is the directory which always works.


Good luck.

update
=====
For Debian/Ubuntu user,
apt install singulairty may not work. Refer this, https://github.com/apptainer/singularity/issues/5390


You can download the binary package from https://github.com/sylabs/singularity/releases/tag/v3.9.2
Then install it manually.

补充说明

为了更好地支持ORCA开发者,
请务必从ORCA开发者论坛下载所需要的版本.

如果你下载之后不会安装, 不会配置,
可以参考本方案, 进行部署安装.
本方案, 需要root权限, 安装一个标准组件, 但是无需任何配置操作.
而后, 使用普通用户, 就可以运行ORCA计算.
其他细节, 请仔细翻阅各楼层信息.
特此说明.

我仅仅是提供一个解决方案, singularity真是一个特别棒的工具. 仅此而已.


当然, 采用singularity模式部署的软件, 不便于通过其他程序来调用. 各有利弊吧.


又更新
=====
主流Linux发行版, 均支持singularity,
但是该软件原开发者可能计划有变, 现在对应的软件名称, 可能有变化, 自行查询Singularity开发者页面查询详细信息.

wzkchem5

最好只提供预编译版openmpi吧，ORCA虽然对学术界免费，但是原则上只有从官网（https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/）下载才是合法的

abin

wzkchem5 发表于 2021-11-16 17:28
最好只提供预编译版openmpi吧，ORCA虽然对学术界免费，但是原则上只有从官网（https://orcaforum.kofo.mpg. ...

我提供的是通过别的方案重新打包的版本。里面的ORCA本体, 也是来自德国站点的原汁原味的东西,
我仅仅打包了匹配的MPI版本.

在目标机器上, 无需再次做任何MPI配置设定.

喜欢原版的，当然可以去官方站点下载。

我提供的方案，
无需安装任何MPI，
也无需任何其他安装设定，仅此而已。

yum/dnf操作，是标准的操作行为。

本镜像的目标人群是,
看不懂ORCA以及Guassian安装说明的白嫖党.

sobereva

主要是ORCA官方需要对下载量进行统计，所以最好在贴子里补充一句应当先以正规方式去官网下载一次，当之后安装搞不定或者安装嫌麻烦的情况可用此贴提供的。这样对官方和用户都好。

abin

我去给写个电邮,
建议针对Linux平台, 采用singularity模式打包吧...

对于小白来说, 只要系统有singulairyt,
(如果没有, 那么root用户yum/dnf/apt -y install singulairty即可, 无需其他配资后),
下载回来后, 命名为orca5,
即可以开心的做计算了.  

对于有系统管理员的,
或者具有一定IT技能的,
当然没有必要使用这种模式.

另, dalton官方也有提供SingularityFile, 不过那个玩意有bug.
用他们提供的, 做完得到镜像, dalton根本无法运行.

显然, 由于版权的限制, 官方提供的singulairyt镜像, 不支持intel工具链.
好处是, 官方提供的版本, 默认支持IB网络(可是dalton并行效率一般, 支持IB也没啥实际意义).

牧生

下载即用的ORCA，实际最终在home目录下建立了bin目录，里面就一个orca5的单文件。
在http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html中，sob提到
如果想用最强大的波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）对ORCA的计算结果进行波函数分析和观看轨道图形，运行orca_2mkl xxx -molden，就把ORCA计算时产生的xxx.gbw转化成了xxx.molden.input，此文件可以直接作为Multiwfn的输入文件。orca_2mkl是ORCA目录下自带的意义上类似于Gaussian的formchk的工具。如果把Multiwfn目录里的settings.ini里的orca_2mklpath参数设为当前机子里orca_2mkl可执行文件的实际路径，则Multiwfn还可以直接载入gbw文件，更方便了。


现在的问题在于，如果使用orca5这个单文件来计算，home/bin下面就没有orca_2mkl这个文件，那么，就不能使用Multiwfn来查看gbw文件。如果要使用Multiwfn来查看gbw文件，就必须同时以常规步骤安装orca5.0.1。
有没有一个两全其美的方法呢，只安装下载即用的ORCA，也可以使用Multiwfn来查看gbw文件？

wth1219

abin 发表于 2021-11-16 18:11
我提供的是通过别的方案重新打包的版本。里面的ORCA本体, 也是来自德国站点的原汁原味的东西,
我仅仅打 ...

可以烦请老师拨冗讲一下在学校集群抑或天河集群等因为安全原因无法连接外网的商业超算集群的个人目录下要如何安装singularity吗？这似乎并不是个简单的事情。

abin

wth1219 发表于 2021-11-19 13:38
可以烦请老师拨冗讲一下在学校集群抑或天河集群等因为安全原因无法连接外网的商业超算集群的个人目录下要 ...

没有root授权, 休想.
没有root授权, 即使源码编译也无法运行.

最简单的方案是, 让管理员, 安装singulairyt.

如前所述, 安装完毕后, 无需任何配置即可正常使用.
资源限定由调度器来控制.

abin

牧生 发表于 2021-11-19 11:51
下载即用的ORCA，实际最终在home目录下建立了bin目录，里面就一个orca5的单文件。
在http://bbs.keinsci.c ...

1. singularity exec orca5 XXX

复制代码

把XXX替换为ORCA自带的任意工具全名, Caution, full name only, not the 'full path + full name'.

update
修改格式和错别字

牧生

运行了命令   singularity exe orca5 orca_2mkl
报错为
unkown command "exe" for  "singularity"
Did you mean this?
   exec
我试过直接复制一个orca_2mkl到这个bin目录下，好像行不通

abin

牧生 发表于 2021-11-19 14:46
运行了命令   singularity exe orca5 orca_2mkl
报错为
unkown command "exe" for  "singularity"

应该是
singularity exec orca5 XXX

自动更正, 吃掉了一个字符.

另, singulairty怎么用, 看手册呀....

我测试如下:
[wang@lab-itc orca]$ singularity exec orca.v5.0.1-openmpi-v4.1.1-hpc4you.SIF orca_2mkl
Fatal Error (ORCA_2MKL): usage orca_2mkl BaseName [options]
Options:
-mkl             Write Molekel MKL file
-molden          Write Molden file
-emolden         Write extended Molden file
-gbw             Converts a MKL file into the GBW format. Read the manual for more details!
-cim             Converts a MKL file into the GBW format for Cluster-in-Molecule!
[wang@lab-itc orca]$



另, 本帖标题所述是,
除了下载之外, 无需额外配置任何东西, 直接运行ORCA计算.
我提供的方案, 是符合这句描述的. (至于修改文件名, 放在~/bin都是可选操作. 当然可以每次都把下载的东西复制到作业所在目录, 也可以使用完整路径.)


对于其他功能, 可以自行开发.

abin

牧生 发表于 2021-11-19 11:51
下载即用的ORCA，实际最终在home目录下建立了bin目录，里面就一个orca5的单文件。
在http://bbs.keinsci.c ...

可以自行开发.

或者, 我也提供了机遇singularity的Multiwfn镜像.

放在一起, 各干各的不就搞定了.

或者, 你把两个镜像弄成一个可以呀.
自己动手呗.

abin

补充更新.

为了更好地支持ORCA开发者,
请务必从ORCA开发者论坛下载所需要的版本.

如果你下载后不会安装, 不会配置,
可以参考一楼方案, 进行部署安装.
本方案, 需要root权限, 安装一个标准组件, 无需配置.
而后, 使用普通用户既可以运行.
特此说明.

topkzq

请问singulairyt怎么安装呢，我按照root用户yum/dnf/apt -y install singulairty，显示没有那个文件或者目录。

牧生

topkzq 发表于 2022-2-13 18:43
请问singulairyt怎么安装呢，我按照root用户yum/dnf/apt -y install singulairty，显示没有那个文件或者目 ...

喵喵喵？我觉得你好像有点理解错了？？？
yum/dnf/apt -y install singulairty的意思是，有root权限，并且联网的情况下：
centos 7下运行 yum -y install singulairty
centos 8下运行 dnf -y install singulairty