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标题: RESP电荷拟合后使用问题 [打印本页]

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-11 17:24
标题: RESP电荷拟合后使用问题
想请教大家一个问题，第二张图是用sobtop生成的itp文件，第一张图是用RESP拟合相应的电荷。我的问题是两个文件的原子命名方式不一致，我应该怎么将电荷复制到itp文件里面呢？是直接复制还是一定要做到原子准确对应，但是现在两个文件原子命名不一致，我不知道那个原子对应那个的电荷。谢谢大家。
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 17:27
chg文件记录的是元素名，注定不可能对应原子名
只要你能确保原子顺序是一样的，直接复制过去就完了（当前明显顺序都不对应）

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-11 19:48

sobereva 发表于 2023-7-11 17:27
chg文件记录的是元素名，注定不可能对应原子名
只要你能确保原子顺序是一样的，直接复制过去就完了（当前 ...

打扰老师再请教下，这是什么原因导致的呢？如果直接这么使用是不是就是有问题的呢，即使我将相同元素的电荷复制过去，是不是也是有问题的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-12 08:59

ShineZhu 发表于 2023-7-11 19:48
打扰老师再请教下，这是什么原因导致的呢？如果直接这么使用是不是就是有问题的呢，即使我将相同元素的电 ...

无论是sobtop还是下文说的脚本，都不会修改你载入的文件里的原子顺序。所以保证给这两个脚本用的输入文件都是同一个mol2文件就完了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

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