计算化学公社

标题: 求助:lammps控压问题,导致主体相的水密度一直达不到1 [打印本页]

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zcw    时间: 2023-7-14 16:31
标题: 求助:lammps控压问题,导致主体相的水密度一直达不到1
求助:各位老师,使用lammps进行固体板在水溶液中的NPT模拟时,发现计算的水密度在主体相部分一直不为1,从log文件也发现最开始压强也是突然下降导致盒子变大。想要知道我控压的方式是否有问题,有没有更好的控压方式。下面是我的控压方式和log文件的结果。
控压方式:
velocity surface create 0 4928459 units box
velocity SOL create 300 4928459 units box
compute SOLTemp SOL temp
min_style sd
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
fix 3 all nvt temp 300.0 300.0 100
fix_modify 3 temp SOLTemp
unfix 3
fix 1 surface setforce 0.0 0.0 0.0
fix 2 all npt temp 300.0 300.0 100.0 z 1.0 1.0 1000.0
fix_modify 2 temp SOLTemp
log文件的输出结果:
(, 下载次数 Times of downloads: 47)

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Lacrimosa    时间: 2023-7-14 18:47
信息不足不太好判断,你用的单位制是什么,水模型是什么,以及实际计算出的密度是多少,这些信息得提供一下。另外,最好放一张你体系的结构图
作者
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zcw    时间: 2023-7-14 19:09
本帖最后由 zcw 于 2023-7-14 19:12 编辑
Lacrimosa 发表于 2023-7-14 18:47
信息不足不太好判断,你用的单位制是什么,水模型是什么,以及实际计算出的密度是多少,这些信息得提供一下 ...

水密度想要达到1g/cm3,计算的数值为0.93g/cm3,水模型为spc水模型,
作者
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牧生    时间: 2023-7-14 21:15
4℃的时候,水的密度最大,为1 g/cm3

其次,看看这里   http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html
作者
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zcw    时间: 2023-7-14 22:01
牧生 发表于 2023-7-14 21:15
4℃的时候,水的密度最大,为1 g/cm3

其次,看看这里   http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html

好的,感谢您的答复,我去拜读一下文章
作者
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zcw    时间: 2023-7-14 23:32
牧生 发表于 2023-7-14 21:15
4℃的时候,水的密度最大,为1 g/cm3

其次,看看这里   http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html

你好,我看了文章SPC水的密度大概计算在0.975g/cm3,可我计算的只有0.93g/cm3左右。因此想知道是不是控压有问题,有没有更佳的控压方式。
作者
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Lacrimosa    时间: 2023-7-15 13:15
zcw 发表于 2023-7-14 23:32
你好,我看了文章SPC水的密度大概计算在0.975g/cm3,可我计算的只有0.93g/cm3左右。因此想知道是不是控压 ...

建个纯水体系以同样的控压参数跑个模拟算下密度就知道了,如果纯水体系密度和文献一致,界面体系不一致,那就做个水分子沿z方向的密度分布,看看是不是界面造成的影响。
作者
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liangxf    时间: 2025-6-8 10:11
请问后续解决了吗?我在计算类似问题的时候,在最小化是周期性边界条件,控压是沿z方向,计算结果总是出现盒子沿z方向扩张导致质量密度总是达不到1
作者
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zcw    时间: 2025-6-12 09:33
liangxf 发表于 2025-6-8 10:11
请问后续解决了吗?我在计算类似问题的时候,在最小化是周期性边界条件,控压是沿z方向,计算结果总是出现 ...

我后面更换使用的gromacs软件,计算出来的密度在0.997左右。相同的体系,相同的控温孔压方式。




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