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标题: 求助：oniom环境下用uff力场+DFT算能量与GFN-FF力场算能量比较 [打印本页]

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Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2023-9-25 11:04
标题: 求助：oniom环境下用uff力场+DFT算能量与GFN-FF力场算能量比较
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2023-9-25 16:40 编辑

各位老师好，我在文章中用oniom方法计算真实体系的能量，具体方法基组：ONIOM(UB3LYP:UFF)/def2TZVP,SMDDichloromethane//ONIOM(UB3LYP:UFF)/6-31G*-LANL2DZ。然后审稿人说“UFF is known to yield very bad structures and energetics even in the ONIOM context. Did the authors consider newer developments such as the GFN-FF force-field or semiempirical methods?” ，上网查了GFN-FF力场是在xtb程序上进行的。第一次接触GFN-FF力场，这里我有几个问题不太清楚

，请各位老师指导！
1、因为原文章中用的oniom分层的方法（MM+DFT），那用GFN-FF力场，是全部都是用力场的方法去算能量吗？那这样感觉就不对了，跟原文章就不同了
我在用xtb程序算的时候，我的输入文件是这样子的：
source /home/software/xtb-6.5.1/xtb.source
export OMP_NUM_THREADS=16,1
ulimit -s unlimited
export OMP_STACKSIZE=2G
(xtb --gfnff sol-TSb2-S0.xyz --chrg 0 --uhf 1 --SCF=vshift=500 >sol-TSb2-S0.log&)
2、我在xtb程序上，用以上输入文件算完得到log文件：
      |             Property Printout             |
         -------------------------------------------------

         -------------------------------------------------
      | TOTAL ENERGY             -40.134108227325 Eh |
      | GRADIENT NORM             0.306712945678 Eh/α |
         -------------------------------------------------

------------------------------------------------------------------------
* finished run on 2023/09/23 at 19:36:46.270

这里的能量是TOTAL ENERGY吗，是相当于高斯输出文件中的E值吗，然后算G的话，是不是也是要加上gibbs矫正呢？
3、我要是用GFN-FF力场去算，那最后用的方法基组我应该怎么写呀，直接GFN-FF-xtb//ONIOM(UB3LYP:UFF)/6-31G*-LANL2DZ 吗，

我根据上面的操作，统计出来的能量比原文章中有些出入，数据不能用，不知道是否是操作有误，不知道该怎么办了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-25 11:17
不如用半经验方法PM6D3或者PM7作为ONIOM的低层方法。结合GFN-FF作为低层你还得去折腾我写的Gaussian-xtb的接口
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2023-9-25 14:39

sobereva 发表于 2023-9-25 11:17
不如用半经验方法PM6D3或者PM7作为ONIOM的低层方法。结合GFN-FF作为低层你还得去折腾我写的Gaussian-xtb的 ...

谢谢sobereva老师，我刚刚在高斯上用半经验方法作为低层，将输入文件直接改成oniom(B3LYP/def2TZVP:PM7)，输入错误，我这是哪里有问题吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-9-25 16:02

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-9-25 07:39
谢谢sobereva老师，我刚刚在高斯上用半经验方法作为低层，将输入文件直接改成oniom(B3LYP/def2TZVP:PM7) ...

但凡说输入错误，必须给完整的报错信息

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2023-9-25 16:13

wzkchem5 发表于 2023-9-25 16:02
但凡说输入错误，必须给完整的报错信息

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
            25-Sep-2023
******************************************
%NProcShared=18
Will use up to 18 processors via shared memory.
%mem=36GB
----------------------------------------------------------------------
#p Integral=Grid=UltraFineGrid scrf(smd,solvent=Dichloromethane) oniom
(B3LYP/def2TZVP:PM7)
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
methane) oniom(B3LYP/def2TZVP:PM7)
                           '
Last state= "ONIOM2"
TCursr= 193786 LCursr=       86
Error termination via Lnk1e in /public/software/apps/g09-D01/g09/g09/l1.exe at Mon Sep 25 14:25:46 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2023-9-25 16:40

sobereva 发表于 2023-9-25 11:17
不如用半经验方法PM6D3或者PM7作为ONIOM的低层方法。结合GFN-FF作为低层你还得去折腾我写的Gaussian-xtb的 ...

老师，我把我的输入文件和输出文件上传了，不知道哪里有错误

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-26 03:05

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-9-25 16:40
老师，我把我的输入文件和输出文件上传了，不知道哪里有错误

G16才开始支持PM7

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