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标题: 求助：Gromacs在真空环境下nvt遇到Segmentation fault (core dumped) [打印本页]

作者
Author: zlinbm 时间: 2023-9-30 12:33
标题: 求助：Gromacs在真空环境下nvt遇到Segmentation fault (core dumped)
想用GROMACS在真空环境下跑一下RAPTA（结构如图1）的模拟（数据来源J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 33, 10921–10928）。但是苯环原子没有保持在一个平面上（图2），最后整个分子也裂开了（图3）。能量最小化时，最大作用力一直都作用在7-10，12，14原子；72原子我也不了解是什么（图4）。我试过跑dt=0.001fs是成功的，但是我老师那边想让我修改一下itp文件使结构能在0.002fs上跑成功。想请教有哪位老师知道我的itp文件出现了什么问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-30 14:49
参考此文创建拓扑文件
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

作者
Author: zlinbm 时间: 2023-9-30 16:58
Sob老师您好，我之前也和导师谈过用Sobtop和mSeminario的方法，他让我先尝试这根据这篇文献（J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 33, 10921–10928）的参数去跑一下。我在itp里也尝试用improper dihedral去限制苯环的原子，但结果也不大理想，苯环还是会变形。

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