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标题: 求助，ORCA优化182原子的有机分子结构报错，orca_scf_mpi [打印本页]

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-19 11:19
标题: 求助，ORCA优化182原子的有机分子结构报错，orca_scf_mpi
本帖最后由 kaiyuan 于 2023-10-19 12:28 编辑

各位老师好，我这边用用社长写的RESP2_ORCA.sh计算RESP2电荷，在结构优化阶段报错，请问有什么建议吗？
分子为含有182个原子的有机分子，含C N O Br。
10个核并行，32G内存，不设置%maxcore。
标准输出：

[:244226] *** Process received signal ***
[:244226] Signal: Segmentation fault (11)
[:244226] Signal code: Address not mapped (1)
[:244226] Failing at address: (nil)
[:244226] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520)[0x14de09042520]
[:244226] [ 1] /usr/local/orca504/liborca_tools_5_0_4_mpi.so.5(_ZN8TSMDData24calculateAtomSurfaceAreaEv+0x194)[0x14de11389124]
[:244226] [ 2] /usr/local/orca504/liborca_tools_5_0_4_mpi.so.5(_ZN8TSMDData10calcSMDCDSEv+0x35c)[0x14de11388f6c]
[:244226] [ 3] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x54ef43]
[:244226] [ 4] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x42bd56]
[:244226] [ 5] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x432a3a]
[:244226] [ 6] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x433134]
[:244226] [ 7] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x29d90)[0x14de09029d90]
[:244226] [ 8] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0x80)[0x14de09029e40]
[:244226] [ 9] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x425252]
[:244226] *** End of error message ***
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 0 on node  exited on signal 11 (Segmentation fault).
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

不小心覆盖掉opt.out了....正在重新跑
只记得有显示 diagonal Hessian elements are negative 以及 negative homo - lumo gap
然后在下一步程序崩溃

更新：
16核并行，opt.out:
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.000104
5    dE -2.335589e-11    5.700156e-06                         (NR MIcro)
5    dE -2.493590e-11    1.494171e-06                         (NR MIcro)
5    dE -2.508607e-11    8.312452e-07                         (NR MIcro)
WARNING: 1 diagonal Hessian elements are negative!
6    -6768.172464356899    2.442498e-06                         (NR MAcro)
WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.000104

            *****************************************************
            *                   SUCCESS                      *
            *          SCF CONVERGED AFTER  72 CYCLES       *
            *****************************************************

ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 16  /usr/local/orca504/orca_scf_mpi opt.gbw b opt
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-19 14:37
报错原因说得很清楚了，_ZN8TSMDData24calculateAtomSurfaceAreaEv，说明是SMD溶剂模型计算原子表面积的时候崩溃。
这里原则上不应该崩溃，如果崩溃可能是因为OMP_STACKSIZE设得不够

作者
Author: yuyangzap 时间: 2023-10-19 15:43
先把内存加够了再说，orca很多崩溃都是内存不足

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-19 15:58

wzkchem5 发表于 2023-10-19 14:37
报错原因说得很清楚了，_ZN8TSMDData24calculateAtomSurfaceAreaEv，说明是SMD溶剂模型计算原子表面积的时 ...

请问OMP_STACKSIZE设多大比较合适？我设成1000M，然后12核并行，maxcore为2000，还是出现类似错误。

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-19 16:00

yuyangzap 发表于 2023-10-19 15:43
先把内存加够了再说，orca很多崩溃都是内存不足

请问是设置maxcore吗？我不设置的情况下12/16核会吃60%左右（机器内存共32G），峰值会吃满。

作者
Author: 元无虚空 时间: 2023-10-19 21:23
体系这么大有好几个柔性支链确定不先用半经验或者力场来搞个构象搜索再来优化？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-19 23:36

kaiyuan 发表于 2023-10-19 08:58
请问OMP_STACKSIZE设多大比较合适？我设成1000M，然后12核并行，maxcore为2000，还是出现类似错误。

如果机器内存允许，设到4000M没啥问题。如果内存不允许，可以降低核数试试，因为不管OMP_STACKSIZE还是maxcore都是每个核用的内存。保险起见要求(OMP_STACKSIZE+maxcore)*nprocs小于总物理内存的80%，但这个可能不是严格必需的，因为程序OpenMP并行的部分和MPI并行部分的内存使用并不是同时达到峰值

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-20 07:55
对于算有机体系原子电荷的目的，结构优化用半经验或GFN-xTB通常就够了，没必要花很多时间对两百左右甚至更大体系做DFT的结构优化

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-20 20:09

wzkchem5 发表于 2023-10-19 23:36
如果机器内存允许，设到4000M没啥问题。如果内存不允许，可以降低核数试试，因为不管OMP_STACKSIZE还是ma ...

好的，谢谢，机器内存还是有点小...

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-20 20:17

sobereva 发表于 2023-10-20 07:55
对于算有机体系原子电荷的目的，结构优化用半经验或GFN-xTB通常就够了，没必要花很多时间对两百左右甚至更 ...

谢谢社长，装了一下xtb，然后用ORCA调用xtb优化结构，但是不太清楚关键词该怎么写（没怎么接触过量化），用了以下关键词，但是会出现lambda equations have not converged，或者优化后的结构明显不合理（原子间距离明显过近），请问是我输入文件写的不合理吗？
! XTB2 opt
! ALPB(water)
%maxcore 2000
%pal nprocs 24 end
%geom Convergence loose end

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-20 22:54
折腾了一会感觉搞不定，准备简化体系了
目前的体系中的分子有三个长的支链，是为了得到RESP电荷来跑后续的分子动力学模拟，最终要跑MD的体系中含一个蛋白共价连接100个单体
准备分别截出一个单体封端进行计算

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-20 23:18

kaiyuan 发表于 2023-10-20 13:17
谢谢社长，装了一下xtb，然后用ORCA调用xtb优化结构，但是不太清楚关键词该怎么写（没怎么接触过量化）， ...

大分子的半经验优化应该用L-Opt而非Opt，Opt是在内坐标下用RFO算法优化，迭代步数少，但每步预测新结构耗时多，且有一定概率fail；L-Opt是在直角坐标下用L-BFGS算法优化，迭代步数多，但每步预测新结构耗时极少，且几乎不会fail（尤其不受三原子共线等因素影响）。因此对于大体系，用非常便宜的方法优化时（即计算能量、梯度，比从当前能量梯度预测下一步结构还要快），应当用L-Opt

作者
Author: kaiyuan 时间: 2023-10-20 23:38

wzkchem5 发表于 2023-10-20 23:18
大分子的半经验优化应该用L-Opt而非Opt，Opt是在内坐标下用RFO算法优化，迭代步数少，但每步预测新结构耗 ...

十分感谢，调整之后优化成功了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-21 02:58

kaiyuan 发表于 2023-10-20 20:17
谢谢社长，装了一下xtb，然后用ORCA调用xtb优化结构，但是不太清楚关键词该怎么写（没怎么接触过量化）， ...

直接用xtb程序优化就完了，借用其它程序来调用只会严重降低效率，自取其辱。倘若是优化过渡态，再说用别的程序调用的事
xtb基本用法这里都说了
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

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