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标题: 求助无机小分子的charmm力场模拟问题 [打印本页]

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-10-23 19:07
标题: 求助无机小分子的charmm力场模拟问题
各位老师好，我准备在charmm36力场下模拟膜蛋白体系，但是模拟体系里需要加入无机小分子（过氧化氢、羟基、硝酸根等），有些问题相咨询一下，十分感谢各位

1、有没有可以生成这种无机小分子charmm力场的拓扑文件的方法？或者能生成无机小分子的amber力场的拓扑文件的方法？
2、我咨询到一种方法，因为这种无机小分子比较简单，可以在膜蛋白使用的力场文件里面添加无机小分子的各项力场参数然后就可以在这种力场下模拟无机小分子了，这种方法可行吗？
3、如果2可行的话，这种无机小分子的力场参数怎么获得呢？添加到力场文件里面的时候有什么添加规则或者可以参考的添加方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-24 04:02
建议用AMBER力场描述蛋白质、Lipid或slipid力场描述磷脂、GAFF描述小分子，彼此完全兼容

sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）可以对各种体系非常便利地创建基于GAFF的拓扑文件，把网页完整阅读一遍自然就知道怎么做了

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-10-24 09:14
本帖最后由 Riggs-蹊于 2023-10-24 10:02 编辑

sobereva 发表于 2023-10-24 04:02
建议用AMBER力场描述蛋白质、Lipid或slipid力场描述磷脂、GAFF描述小分子，彼此完全兼容

sobtop（http:/ ...

感谢老师的回答，我之前也考虑过用amber+gaff，只是担心gaff主要是用来模拟有机小分子的，所以才没用。想问一下老师，用gaff来模拟我的无机小分子物质的话会被质疑吗？谢谢老师回答

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-10-24 16:52

Riggs-蹊发表于 2023-10-24 09:14
感谢老师的回答，我之前也考虑过用amber+gaff，只是担心gaff主要是用来模拟有机小分子的，所以才没用。想 ...

你提到的过氧化氢、羟基、硝酸根这些无机小分子GAFF力场完全可以描述，建议使用sobtop生成

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-10-24 17:01

LiuSX 发表于 2023-10-24 16:52
你提到的过氧化氢、羟基、硝酸根这些无机小分子GAFF力场完全可以描述，建议使用sobtop生成

好的，谢谢老师回答，十分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-25 00:45

Riggs-蹊发表于 2023-10-24 09:14
感谢老师的回答，我之前也考虑过用amber+gaff，只是担心gaff主要是用来模拟有机小分子的，所以才没用。想 ...

具体来说，GAFF的LJ参数用于这些体系没问题，但有可以进一步优化的余地（对精度不较真不必在意）。GAFF的成键相关参数用于这些体系可以凑合，而如果让sobtop基于Hessian矩阵计算力常数，原理上来说会更好点。原子电荷一般建议用Multiwfn算RESP2(0.5)电荷，和GAFF是完全兼容的，也可以说是GAFF的最佳搭配。

即便体系里有的元素是GAFF不支持的，在sobtop里都可以仅对这些元素用UFF的参数，如下文的情况
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-10-25 15:03

sobereva 发表于 2023-10-25 00:45
具体来说，GAFF的LJ参数用于这些体系没问题，但有可以进一步优化的余地（对精度不较真不必在意）。GAFF的 ...

好的，明白了，谢谢老师帮助

作者
Author: Catherine.Fu 时间: 2023-11-27 17:17
楼主请问有水分子在charmm力场下的基本文件嘛，求个文件包

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-11-27 21:49

Catherine.Fu 发表于 2023-11-27 17:17
楼主请问有水分子在charmm力场下的基本文件嘛，求个文件包

很多水模型在gmx都已经有了（例如spc，spce，tip3p，tip4p，tip5p等），直接用gmx内置的charmm27力场里的文件就可以。如果是tip4p/2005或者opc之类的，直接搜文献，把相应的参数修改过来就行。

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-12-2 21:25

Catherine.Fu 发表于 2023-11-27 17:17
楼主请问有水分子在charmm力场下的基本文件嘛，求个文件包

不好意思，最近没看，我用的是charmmgui构建的，你可以生成一下然后用里面的水分子力场文件

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